QIAamp DNA FFPE Advanced Kit – FFPE Tissue DNA Extraction

QIAamp DNA FFPE Advanced Kits의 크실렌 무첨가, 무세척 파라핀 제거, 이중 용해 프로토콜, UCP(초고순도 생산) 스핀 컬럼 기술을 통해 FFPE 조직에서 고품질 DNA 회수율을 높이십시오.

키트의 선택 사항인 UNG 다이제스트로 C→U 핵산 전환을 제거해 NGS 분석용으로 회수한 DNA를 최적화하십시오.

QIAcube Connect에서 QIAamp DNA FFPE Advanced 프로토콜을 자동화할 수도 있습니다.>

FFPE DNA 정량화의 한 가지 특징은 방법에 따라 결과가 달라지고 높은 UV-vis 값이나 형광 측정값이 반드시 좋은 PCR 성능을 의미하지는 않는다는 점입니다.

Real-time PCR 또는 정량 PCR(quantitative PCR, qPCR)이 FFPE에서 가장 일반적인 다운스트림 응용 분야 중 하나이므로 QIAamp DNA FFPE Advanced Kits는 qPCR에 최적화되어 있습니다.

UV-vis에서 입수한 값이든 형광 측정에서 얻은 값이든 관계없이 QIAamp DNA FFPE Advanced Kit는 테스트된 다른 제품보다 qPCR 정량에서 일관되게 더 나은 PCR 성능을 보였습니다(그림 ' PCR 성능에 최적화' 참조).

QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kit는 시토신 탈아민화로 인해 FFPE 물질에서 흔히 발생하는 인공적인 C→T/G→A 전환 문제를 해결하므로 NGS 분석에 사용되는 DNA 정제에도 적합합니다(참조: ' 인공적인 C→T/G→A 전환').

DNA 분리 중 UNG 기반 우라실 분해를 통해 QIAamp DNA FFPE Advanced UNG 프로토콜은 NGS에서 단일 뉴클레오티드 변형(Single-Nucleotide Variant, SNV)에 대한 위양성 보고를 줄입니다(그림 ' 인공적인 C→T | G→A 전환의 극적인 감소' 참조).

FFPE 조직에서 DNA를 준비하는 데는 세 가지 주요한 문제가 있습니다.

• 제한된 투입 물질과 손상된 DNA로 인한 낮은 수율
• 포르말린 유도 가교 결합(crosslink)으로 인한 증폭 불가 DNA
• 탈아민화된 시토신 인공물은 돌연변이 분석용 NGS에서 잘못된 결과를 초래할 수 있음

QIAamp DNA FFPE Advanced Kit는 샘플 투입이 제한된 상황에서 두 가지 방법으로 DNA 수율을 극대화합니다.

• 용해가 잘 되지 않는 샘플에서도 높은 DNA 추출율을 보장하는 2단계 용해 절차 구현
• 용매 기반 파라핀 제거를 파라핀 제거 솔루션 사용으로 대체하여 초기 용해 전 모든 세척 단계를 없애고 희소한 샘플 재료가 손실될 위험을 최소화합니다

가교 결합(crosslink) 제거가 증폭 가능한 DNA의 회수율을 더욱 높입니다(그림 ' PCR 성능에 최적화' 참조).

2차 용해 전의 선택적 단계인 UNG 처리를 통해 탈아민화된 시토신 인공물이 제거되어 DNA가 NGS 분석에 특히 적합해집니다(표 ' NGS를 위한 준비' 및 그림 ' 신뢰할 수 있는 dPCR 및 NGS 결과' 및 ' 인공적인 C→T | G→A 전환의 극적인 감소' 참조).

QIAamp DNA FFPE Advanced 절차는 단순화된 파라핀 제거 단계, 중간의 탈가교 결합(de-crosslinking) 및 선택적 아티팩트 제거를 포함한 두 가지 용해 단계, 표준 결합-세척-용출 단계로 구성됩니다(그림 ' QIAamp DNA FFPE Advanced 워크플로' 참조).

QIAamp DNA FFPE Advanced Kit를 사용하여 FFPE에서 추출한 DNA는 PCR이나 dPCR 또는 NGS에 바로 사용하거나 아니면 −30~−15°C에 보관해 둘 수 있습니다.