QIAcuity Probe PCR Kit

Pour utilisation avec les instruments de PCR numérique QIAcuity

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QIAcuity Probe PCR Kit (1 ml) icon_0368_ls_gen_eco_friendly-s

N° de réf. / ID.   250101

1 ml de QIAcuity Probe Mastermix à la concentration 4x, 2 × 1,9 ml d’eau
Volume
1 ml
25 ml
Le QIAcuity Probe PCR Kit est destiné aux applications de biologie moléculaire. Ce produit n’est pas conçu pour le diagnostic, la prévention ou le traitement des maladies.

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Caractéristiques

  • Des réactions simplex aux réactions 5-plex
  • Master Mix à la concentration 4x pour charger plus d’échantillons
  • Optimisé pour les applications microfluidiques dans les QIAcuity Nanoplates
  • Moins d’amplification par PCR non spécifique
  • Conforme à REACH

Détails produit

Le QIAcuity Probe PCR Kit contient un Master Mix à la concentration 4x, prêt à l’emploi et optimisé pour les applications microfluidiques dans les QIAcuity Nanoplates. Ce kit améliore la spécificité et l’efficacité de la PCR numérique à base de sonde pour assurer l’exactitude des analyses simplex à 5-plex. Le QIAcuity Probe Master Mix est optimisé pour augmenter la spécificité pour une quantification précise de l’ADNg ou de l’ADNc sur les instruments de dPCR QIAcuity.

Ce kit fonctionne conjointement avec le QIAcuity Digital PCR System et les QIAcuity Nanoplates.

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Performances

Des performances supérieures
Les QIAcuity Master Mixes pour la dPCR à base de sonde d’hydrolyse font appel aux dernières versions d’ADN polymérase QIAGEN de haute qualité. La combinaison unique entre la nouvelle ADN polymérase QuantiNova et la technologie de tampon exclusive et éprouvée de QIAGEN, optimisée pour la microfluidique des nanoplaques, fournit des résultats très homogènes en termes de sensibilité, reproductibilité et efficacité.

Détection à base de sonde simplex à 5-plex grâce au QIAcuity Probe PCR Kit
Le mélange principal spécial inclus dans le QIAcuity Probe PCR Kit permet de quantifier avec exactitude jusqu’à 5 cibles présentant des abondances très différentes dans un puits de la QIAcuity Nanoplate. Cela permet d’économiser du temps et de l’argent et de réduire la quantité d’échantillon nécessaire. De plus, les données de PCR duplex ou multiplex obtenues sont comparables à celles obtenues dans une PCR simplex.

Jusqu’à 100 heures de stabilité des réactions
Les mélanges de PCR QIAcuity peuvent être stockés à 30 C pendant 100 heures sans compromettre les performances des réactions subséquentes. Cette stabilité exceptionnelle, même après un stockage prolongé à température ambiante en l’absence d’agent refroidissant, rend le QIAcuity Probe PCR Kit idéal pour la configuration de réactions et la manipulation de piles de plaques haut débit.

Principe

Le QIAcuity Probe PCR Kit permet d’effectuer des analyses simplex ou multiplex d’ADNc ou d’ADNg avec la plus grande spécificité grâce à un nouveau mécanisme hot start médié par anticorps. Aux basses températures, la QuantiNova DNA Polymerase est conservée dans un état inactif par le QuantiNova Antibody et un nouvel additif, le QuantiNova Guard qui stabilise le complexe. Cela améliore la rigueur du hot start et prévient l’élongation de dimères d’amorces et d’amorces hybridées de façon non spécifique. Dans les 2 minutes qui suivent l’augmentation de la température à 95 C, le QuantiNova Antibody et le QuantiNova Guard sont dénaturés et la QuantiNova DNA Polymerase est activée, permettant l’amplification par PCR.

Vous trouverez ici une description du principe de la réaction de dPCR sur nanoplaque.

Procédure

Comme dans les expériences de qPCR, la préparation des échantillons comprend le transfert du master mix, des sondes et des amorces sur une nanoplaque de 96 ou 24 puits, suivi de l’addition des échantillons. Le système intègre le fractionnement, le thermocyclage et l’imagerie dans un seul instrument entièrement automatisé qui permet aux utilisateurs d’obtenir des résultats en moins de 2 heures. Il est possible d’effectuer l’analyse à l’aide de la suite logicielle, qui donne la concentration de la séquence cible en copies par microlitre et permet le contrôle qualité pour les échantillons positifs ou NTC. Cette analyse peut également être effectuée sur des ordinateurs à distance au sein du même réseau local (Local Area Network, LAN).

Applications

Associé au QIAcuity Digital PCR System et aux QIAcuity Nanoplates, le QIAcuity Probe PCR Kit permet de faire l’analyse quantitative des cibles d’ADNc et d’ADNg pour une utilisation dans les applications telles que :

  • La détection des mutations rares
  • L’analyse des variations du nombre de copies
  • L’analyse de l’expression génique
  • La détection des agents pathogènes
  • Le génotypage
  • La recherche sur les miARN
  • La thérapie génique et cellulaire
  • La quantification de l’ADN résiduel 
  • La surveillance des eaux usées

Données et illustrations utiles

FAQ

Is it possible to change voltage set-up from 110V to 230V on the QIAcuity instruments?

This is not needed. The QIAcuity is equipped with a flexible power supply technology and operates within a range of 100–240V AC, 50/60 Hz, 1500 VA (max). 

FAQ-3761
Can I see error codes on the instrument touchscreen?

The instrument software GUI shows error codes including a description and information how to resolve the error. The instrument touchscreen shows an alarm icon in the upper right corner that turns red in case of an instrument failure. Accessing the System Status in the Tool tab allows users to clear errors. Rebooting of the instrument is required to complete the removal of the error.  Please do not skip this step. You may always contact QIAGEN Technical Services in case of any question. 

FAQ-3763
What is the scope of a regular maintenance of the QIAcuity?

The user manual contains instructions on how to perform a regular cleaning and decontamination, and how to replace air filters on the QIAcuity instruments. A regular maintenance reduces the dust in the instrument and therefore minimizes the presence of dust particles on the nanoplate, which might interfere with the plate analysis.

FAQ-3765
What is the impact of not applying the latest VPF? Can I reanalyze previously obtained results after installing the latest VPF?

If you had run a nanoplate for which the installed VPF misses the specific factor, the software will notify you. If you then analyze without the specific VPF, the impact depends on the variation of the partition volume of the new Nanoplate batch compared to the latest. Typically this variation is ±6–7% (approx. 5% CV over the entire plate). The analysis may be repeated after updating the VPF file. After installing the latest VPF and re-analysis of the run, a copy of the plate is generated in the QIAcuity Software Suite including the new results. 

FAQ-3769
Can I see on the QIAcuity Software Suite report file if the VPF (Volume Precision Factor) has been used or not?

Yes, the report includes a notification if the matching VPF was missing and, therefore, not applied to the analysis. If the matching VPF was applied there is no notification on the report. 

FAQ-3770
Is it necessary to reanalyze a plate with VPF (Volume Precision Factor) that was already processed using a QIAcuity instrument that was purchased in 2020?

If you had analyzed your nanoplates without VFP, the impact depends on the variation of the partition volume of the new nanoplate batch compared to the latest. The VPF reduces the CV from approximately 5% to 2%. We recommend to reanalyze results in case the data originated from different wells (e.g., copy number variations or gene expression data sets for which the reference sample was measured in a different well). Results obtained across different plates should also be r-analyzed. A reanalysis is not required for assay data that were analyzed within the same well (e.g., mutation rate determination using two channels within the same well).

FAQ-3771
Can I prepare a dPCR reaction directly in QIAcuity Nanoplate?

A standard PCR plate is required to set up dPCR reaction before transferring it to the nanoplate to ensure a proper mixing of the reaction mix before partitioning. 

FAQ-3774
Can I use a custom master mix instead of a QIAGEN master mix?

QIAGEN master mixes are optimized for nanoplate microfluidics and are recommended to be used with our dPCR system. They also include an optimized reference dye required for proper analysis.

FAQ-3777
How to prepare DNA prior to dPCR?

All DNA samples used in reaction mixes should show similar quality and quantity, which can easily be assessed using UV spectrophotometry. DNA samples with an average length of ≥20 kb (e.g., genomic DNA purified via spin column with silica membrane) should be fragmented by restriction digestion before partitioning. Enzymatic fragmentation of larger DNA ensures an even distribution of template throughout the QIAcuity Nanoplate, which in turn leads to an accurate and precise quantification.

FAQ-3778
What are the storage conditions and expiry date of QIAcuity consumables?

The QIAcuity Probe PCR Kit should be stored immediately upon receipt at –30 to –15°C in a constant-temperature freezer and protected from light. The QIAcuity Probe PCR master mix can also be stored protected from light at 2–8°C. Components are stable for 12 months, unless otherwise indicated on the label. 
The QIAcuity EG PCR Kit should be stored immediately upon receipt at –30 to –15°C in a constant-temperature freezer and protected from light. The QIAcuity EG PCR master mix can also be stored protected from light at 2–8°C. Components are stable for 6 months, unless otherwise indicated on the label. 
The QIAcuity Nanoplates does not have expiry date and are stable for at least 1 year when stored at RT. 

FAQ-3780
Can I use the QIAcuity Nanoplate in more than one runs?

The plate is designed for a single use run. For example, even if only 30 samples are loaded into the 96-well plate, a whole plate will be sealed by the roller. It can't be unsealed and used for another run. The QIAcuity Software won’t allow to set up a separate experiment for the same nanoplate to avoid that previously processed plates being not partitioned a second time.

FAQ-3781
Can I optimize a dPCR assay on the QIAcuity using gradient temperature?

An essential temperature gradient functionality was introduced with software version 2.5. When updating older software versions to 2.5, each QIAcuity instrument will offer the temperature gradient and may be used to find the best cycling temperature for new dPCR assays. When running a QIAcuity Four or a QIAcuity Eight, all plates may have their own temperature profile, including the option for a temperature gradient.

FAQ-3783
What is the VPF (Volume Precision Factor)?

The VPF provides a set of well-specific and molding form-specific factors used to specify the exact reaction volume of a nanoplate, thus increasing the concentration calculation of each well. 

FAQ-3784
When and how often do I need a new VPF (Volume Precision Factor)?

 In general, nanoplates provide partitions of fixed sizes that enable a very precise way of sample concentration calculation. If a new molding form is used for nanoplate manufacturing, potential variation of partition sizes can be addressed by applying the molding form-specific VPF. Thus, each time a new molding form is used, a new VPF is created and made available. Currently, the VPF is updated once every 3–6 months.

FAQ-3785
Is a standard curve needed in dPCR?

In dPCR we measure the absolute concentration of targets at endpoint reaction. Concentrations of unknowns can be determined based on dPCR results observed (number of negatives, number of positives, and partition volume analyzed).

FAQ-3786