QIAcuity Probe PCR Kit

Zur Verwendung mit den QIAcuity digitalen PCR-Geräten

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QIAcuity Probe PCR Kit (1 ml) icon_0368_ls_gen_eco_friendly-s

Kat.-Nr. / ID.   250101

1 ml 4-fach konzentrierter QIAcuity Probe Mastermix, 2 x 1,9 ml Wasser
Volumen
1 ml
25 ml
QIAcuity Probe PCR Kit ist für molekularbiologische Anwendungen vorgesehen. Dieses Produkt ist nicht für die Diagnose, Prävention oder Behandlung einer Krankheit bestimmt.

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Eigenschaften

  • Für Einzelplex- und bis zu 5-plex-Reaktionen
  • 4-fach konzentrierter Master-Mix zum Laden von mehr Proben
  • Optimiert für den mikrofluidischen Einsatz mit QIAcuity Nanoplates
  • Weniger unspezifische PCR-Amplifikation
  • REACH-Konformität

Angaben zum Produkt

Das QIAcuity Probe PCR Kit enthält einen 4-fach konzentrierten, gebrauchsfertigen Master-Mix, der für den mikrofluidischen Einsatz in den QIAcuity Nanoplates optimiert ist. Das Kit steigert die Spezifität und Effizienz der sondenbasierten digitalen PCR und ermöglicht eine genaue Einzelplex- oder bis zu 5-plex-Analyse. Der QIAcuity Probe Master Mix wurde optimiert, um die Spezifität zu steigern und so eine genaue Quantifizierung von gDNA oder cDNA auf den QIAcuity dPCR-Geräten zu ermöglichen.

Das Kit wird zusammen mit dem QIAcuity Digital PCR System und den QIAcuity Nanoplates eingesetzt.

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Leistung

Überlegene Leistung
Die QIAcuity Master-Mixe für die Hydrolysesonden-basierte dPCR nutzen die neuesten Versionen der hochwertigen DNA-Polymerase von QIAGEN. Die einzigartige Kombination von QIAGENs proprietärer und bewährter Puffertechnologie, die für die Nanoplatten-Mikrofluidik optimiert wurde, mit der neuen QuantiNova DNA Polymerase liefert äußerst beständige Ergebnisse hinsichtlich der Sensitivität, Reproduzierbarkeit und Effizienz.

Sondenbasierter Nachweis von Einzel- bis 5-plex mit dem QIAcuity Probe PCR Kit
Der spezielle Master-Mix im QIAcuity Probe PCR Kit ermöglicht die genaue Quantifizierung von bis zu 5 Zielen mit sehr unterschiedlicher Abundanz in einem Well der QIAcuity Nanoplate. Das spart Zeit und Geld und reduziert die Menge des benötigten Probenmaterials. Darüber hinaus sind die mit der Duplex- oder Multiplex-PCR gewonnenen Daten vergleichbar mit denen einer Einzelplex-PCR.

Reaktionsstabilität von bis zu 100 Stunden
Die QIAcuity PCR-Mixe können bis zu 100 Stunden bei 30 °C gelagert werden, ohne dass dies die Leistung der nachfolgenden Reaktionen beeinträchtigt. Die auch nach längerer Lagerung ohne Kühlmittel bei Raumtemperatur gegebene hervorragende Stabilität ermöglicht den Einsatz des QIAcuity Probe PCR Kit für die Arbeit mit Hochdurchsatzreaktionen und Plattenstapeln.

Prinzip

Durch seinen neuartigen, Antikörper-vermittelten Hot-Start-Mechanismus bietet das QIAcuity Probe PCR Kit Einzel- oder Multiplex-cDNA- und -gDNA-Analysen höchster Spezifität. Bei niedrigen Temperaturen wird die QuantiNova DNA Polymerase durch QuantiNova Antibody und QuantiNova Guard, ein neuartiges, den Komplex stabilisierendes Additiv, in einem inaktiven Zustand gehalten. Dies verbessert die Stringenz des Hot-Starts und verhindert die Extension von unspezifisch hybridisierten Primern und Primer-Dimeren. Innerhalb von 2 Minuten nach Temperaturerhöhung auf 95 °C werden QuantiNova Antibody und QuantiNova Guard denaturiert und die QuantiNova DNA Polymerase wird aktiviert, was die PCR-Amplifikation ermöglicht.

Das Prinzip der dPCR-Reaktion in den Nanoplatten finden Sie hier beschrieben.

Verfahren

Genau wie bei qPCR-Experimenten umfasst die Probenvorbereitung die Überführung von Master-Mix, Sonden und Primern in eine 96- oder 24-Well-Nanoplatte, gefolgt von der Zugabe der Proben. Das System integriert Partitionierung, Thermocycling und Bildgebung in nur einem vollautomatischen Gerät, mit dem Sie in weniger als 2 Stunden von der Probe zum Ergebnis gelangen. Mit der Software Suite lassen sich Auswertungen durchführen, die die Konzentration der Zielsequenz in Kopien pro Mikroliter sowie Qualitätskontrollen wie positive Proben und NTC liefern. Diese Auswertung kann auch auf Remote-Computer innerhalb desselben lokalen Netzwerks (LAN) ausgedehnt werden.

Anwendungen

In Kombination mit dem QIAcuity Digital PCR System und den QIAcuity Nanoplates ermöglicht das QIAcuity Probe PCR Kit die quantitative Analyse von cDNA-Zielen und gDNA für den Einsatz in Anwendungen wie:

  • Nachweis seltener Mutationen
  • Analyse von Kopienzahlvariationen
  • Genexpressionsanalyse
  • Pathogennachweis
  • Genotypisierung
  • miRNA-Forschung
  • Zell- und Gentherapie
  • Quantifizierung von Rest-DNA 
  • Abwasserüberwachung

Ergänzende Daten und Abbildungen

FAQ

Is it possible to change voltage set-up from 110V to 230V on the QIAcuity instruments?

This is not needed. The QIAcuity is equipped with a flexible power supply technology and operates within a range of 100–240V AC, 50/60 Hz, 1500 VA (max). 

FAQ-3761
Can I see error codes on the instrument touchscreen?

The instrument software GUI shows error codes including a description and information how to resolve the error. The instrument touchscreen shows an alarm icon in the upper right corner that turns red in case of an instrument failure. Accessing the System Status in the Tool tab allows users to clear errors. Rebooting of the instrument is required to complete the removal of the error.  Please do not skip this step. You may always contact QIAGEN Technical Services in case of any question. 

FAQ-3763
What is the scope of a regular maintenance of the QIAcuity?

The user manual contains instructions on how to perform a regular cleaning and decontamination, and how to replace air filters on the QIAcuity instruments. A regular maintenance reduces the dust in the instrument and therefore minimizes the presence of dust particles on the nanoplate, which might interfere with the plate analysis.

FAQ-3765
What is the impact of not applying the latest VPF? Can I reanalyze previously obtained results after installing the latest VPF?

If you had run a nanoplate for which the installed VPF misses the specific factor, the software will notify you. If you then analyze without the specific VPF, the impact depends on the variation of the partition volume of the new Nanoplate batch compared to the latest. Typically this variation is ±6–7% (approx. 5% CV over the entire plate). The analysis may be repeated after updating the VPF file. After installing the latest VPF and re-analysis of the run, a copy of the plate is generated in the QIAcuity Software Suite including the new results. 

FAQ-3769
Can I see on the QIAcuity Software Suite report file if the VPF (Volume Precision Factor) has been used or not?

Yes, the report includes a notification if the matching VPF was missing and, therefore, not applied to the analysis. If the matching VPF was applied there is no notification on the report. 

FAQ-3770
Is it necessary to reanalyze a plate with VPF (Volume Precision Factor) that was already processed using a QIAcuity instrument that was purchased in 2020?

If you had analyzed your nanoplates without VFP, the impact depends on the variation of the partition volume of the new nanoplate batch compared to the latest. The VPF reduces the CV from approximately 5% to 2%. We recommend to reanalyze results in case the data originated from different wells (e.g., copy number variations or gene expression data sets for which the reference sample was measured in a different well). Results obtained across different plates should also be r-analyzed. A reanalysis is not required for assay data that were analyzed within the same well (e.g., mutation rate determination using two channels within the same well).

FAQ-3771
Can I prepare a dPCR reaction directly in QIAcuity Nanoplate?

A standard PCR plate is required to set up dPCR reaction before transferring it to the nanoplate to ensure a proper mixing of the reaction mix before partitioning. 

FAQ-3774
Can I use a custom master mix instead of a QIAGEN master mix?

QIAGEN master mixes are optimized for nanoplate microfluidics and are recommended to be used with our dPCR system. They also include an optimized reference dye required for proper analysis.

FAQ-3777
How to prepare DNA prior to dPCR?

All DNA samples used in reaction mixes should show similar quality and quantity, which can easily be assessed using UV spectrophotometry. DNA samples with an average length of ≥20 kb (e.g., genomic DNA purified via spin column with silica membrane) should be fragmented by restriction digestion before partitioning. Enzymatic fragmentation of larger DNA ensures an even distribution of template throughout the QIAcuity Nanoplate, which in turn leads to an accurate and precise quantification.

FAQ-3778
What are the storage conditions and expiry date of QIAcuity consumables?

The QIAcuity Probe PCR Kit should be stored immediately upon receipt at –30 to –15°C in a constant-temperature freezer and protected from light. The QIAcuity Probe PCR master mix can also be stored protected from light at 2–8°C. Components are stable for 12 months, unless otherwise indicated on the label. 
The QIAcuity EG PCR Kit should be stored immediately upon receipt at –30 to –15°C in a constant-temperature freezer and protected from light. The QIAcuity EG PCR master mix can also be stored protected from light at 2–8°C. Components are stable for 6 months, unless otherwise indicated on the label. 
The QIAcuity Nanoplates does not have expiry date and are stable for at least 1 year when stored at RT. 

FAQ-3780
Can I use the QIAcuity Nanoplate in more than one runs?

The plate is designed for a single use run. For example, even if only 30 samples are loaded into the 96-well plate, a whole plate will be sealed by the roller. It can't be unsealed and used for another run. The QIAcuity Software won’t allow to set up a separate experiment for the same nanoplate to avoid that previously processed plates being not partitioned a second time.

FAQ-3781
Can I optimize a dPCR assay on the QIAcuity using gradient temperature?

An essential temperature gradient functionality was introduced with software version 2.5. When updating older software versions to 2.5, each QIAcuity instrument will offer the temperature gradient and may be used to find the best cycling temperature for new dPCR assays. When running a QIAcuity Four or a QIAcuity Eight, all plates may have their own temperature profile, including the option for a temperature gradient.

FAQ-3783
What is the VPF (Volume Precision Factor)?

The VPF provides a set of well-specific and molding form-specific factors used to specify the exact reaction volume of a nanoplate, thus increasing the concentration calculation of each well. 

FAQ-3784
When and how often do I need a new VPF (Volume Precision Factor)?

 In general, nanoplates provide partitions of fixed sizes that enable a very precise way of sample concentration calculation. If a new molding form is used for nanoplate manufacturing, potential variation of partition sizes can be addressed by applying the molding form-specific VPF. Thus, each time a new molding form is used, a new VPF is created and made available. Currently, the VPF is updated once every 3–6 months.

FAQ-3785
Is a standard curve needed in dPCR?

In dPCR we measure the absolute concentration of targets at endpoint reaction. Concentrations of unknowns can be determined based on dPCR results observed (number of negatives, number of positives, and partition volume analyzed).

FAQ-3786