Enzymes, NGS, Caucasian female in wheelchair pipetting with a Black male and Asian female in background. Laboratory setting
Enzyme für die Molekularbiologie

Reaktions-Cleanup & Steigerung der Ausbeute

Diese Referenzenzyme glätten, schneiden und entfernen

Reagenzien- und Reaktantenrückstände können nachgeschaltete Prozesse beeinträchtigen. Mit der richtigen Enzympräparation können Sie Ihre Proben vor dem nächsten Schritt aufreinigen. Beschleunigen und optimieren Sie die Amplifikation und Transkription mit einigen Zusätzen.

Enzyme zur Spaltung und Entfernung von Reagenzienrückständen

Die enzymatische Aufreinigung  von DNA-Proben mit Exonuklease I, DNase I, RNase A und Proteasen entfernt Rückstände von Primern, Nukleotiden und Enzymen vor der SNP-Analyse, Next-Generation-Sequenzierung, Sanger-DNA-Sequenzierung und anderen nachgeschalteten Analysen. 

Das TAGZyme-DAPase-Enzym und das TAGZyme-System werden für die Entfernung von His-Tags von Proteinen verwendet, die einen intrinsischen DAPase-Stopp-Punkt aufweisen (exprimiert mit dem TAGZyme pQE-2-Vektor) sowie von Proteinen mit einem eingebauten Glutamin-Stopp-Punkt.

Enzym   Aktivität Anwendung
X8010L
Exonuklease I		 Demnächst erhältlich Die Exonuklease I spaltet Einzelstrang-DNA in 3’→5’-Richtung,
wobei 5’-Mono-/Dinukleotide freigesetzt werden
und Doppelstrang-DNA-Moleküle sowie das 5’-Ende intakt bleiben;
der Verdau wird durch das Vorliegen
eines 3’-terminalen Phosphats gehemmt
  • Entfernung von Einzelstrang-Primern in PCR-Reaktionen vor
    der SNP-Analyse oder Sanger-DNA-Sequenzierung
  • Entfernung von Einzelstrang-Primern für Nested-PCR-Reaktionen
  • Entfernung linearer Einzelstrang-DNA, Doppelstrang-
    DNA bleibt in der Probe zurück
79254
RNase-free DNase Set
(1500 Kunitz units)
Endonuklease zur unspezifischen Spaltung von DNA unter Freisetzung von
Di-, Tri- und Oligonukleotidprodukten mit 5’-phosphorylierten
und 3’-hydroxylierten Enden; wirkt auf ssDNA und dsDNA,
Chromatin und RNA:DNA-Hybride
  • Entfernung kontaminierender DNA aus RNA-Lösungen vor
    der RNA-Aufreinigung und -Konzentration
  • Entfernung von DNA aus Proteinproben
  • Nicking von DNA als erster Schritt zum Einbau von markierten Basen
    in die DNA
  • DNA-Protein-Interaktionsanalyse (Footprinting-Assay)
19101
RNase A
Endoribonuklease, die ssRNA an C- und U-Resten abbaut
  • Entfernung von kontaminierender RNA aus Plasmid- und genomischen
    DNA-Präparationen
  • Entfernung von RNA aus rekombinanten Proteinpräparationen
  • Kartierung von Einzelbasenmutationen in DNA oder RNA
    (RNase-Schutzassay)
19131
Proteinase K
QIAGEN Proteinase K ist eine Protease vom Subtilisin-Typ, isoliert
aus dem saprophytischen Pilz Tritirachium album
  • Proteaseverdau bei DNA- und RNA-Isolierungsverfahren
  • Proteinase K besitzt eine hochspezifische Aktivität, ist über
    einen breiten Temperatur- und pH-Bereich stabil, wird nicht
    durch EDTA gehemmt und eignet sich für kurze Verdauzeiten
19155
Protease
QIAGEN Protease ist eine Serinprotease, isoliert aus einem
rekombinanten Bacillus-Stamm;
eine günstige Alternative zu Proteinase K		 Proteaseverdau bei der Isolierung nativer DNA und RNA
aus einer Vielzahl von Quellen
34362
TAGZyme DAPase
Enzyme
TAGZyme DAPase (rekombinante Dipeptidylpeptidase I)
  • Sequenzielle Entfernung von Dipeptiden von N-terminalen His-Tags
    bis zum „Stopp-Punkt“ exprimiert mit TAGZyme pQE-Vektoren
  • Herstellung von Proteinen ohne His-Tag für:
    • Proteinstrukturaufklärung
    • Therapeutische Proteine

Steigerung der Ausbeute

Durch die Verwendung von DNA-bindenden Proteinen in Amplifikations- und Sequenzierungsreaktionen kann eine höhere Ausbeute und Qualität der Templates erreicht werden. Das DNA-bindende Protein, das Gen 32-Protein aus dem Bakteriophagen T4 (T4gp32), erhöht die PCR-Amplifikationseffizienz mit einer Reihe unterschiedlicher Templates. Darüber hinaus erhöht der Einsatz von E. coli-Einzelstrang-DNA-Bindungsprotein (SSB) in DNA-Sequenzierungsreaktionen die Auflösung der Sequenzierungsläufe.

Die Behandlung mit anorganischer Pyrophosphatase, einem wesentlichen Bestandteil der Reaktionen zur RNA-Vorbereitung, erhöht die Rate der In-vitro-Transkription. Dieses Enzym spaltet Pyrophosphat in zwei Phosphatmoleküle und verhindert die Ausfällung von Pyrophosphat mit Magnesium.

Reagenz   Aktivität Anwendung
Y9030L
E. coli-ssDNA-
Bindungsprotein		 Demnächst erhältlich Bindet hochspezifisch an Einzelstrang-DNA;
thermostabil
  • Geeignet für die Primer-Sequestrierung
  • Geeignet zur Steigerung der PCR-Spezifität
  • Geeignet für die Sequenzierung von problematischen
    DNA-Templates
Y9130L
T4 Gen 32 Protein		 Demnächst erhältlich
 Stabilisiert ssDNA-Regionen

Steigert die Prozessivität einiger DNA-Polymerasen
Y9380L
E. coli-Pyrophosphatase		 Demnächst erhältlich
Eine anorganische Pyrophosphatase, die die Hydrolyse von
anorganischem Pyrophosphat zu Orthophosphat* katalysiert
  • Steigert die RNA-Ausbeute bei der Transkriptionsreaktion
  • Verstärkt die DNA-Replikation
Y9370L
Thermostable
Pyrophosphatase		 Demnächst erhältlich
 Bei der thermostabilen Pyrophosphatase handelt es sich
um ein rekombinantes Enzym aus  Sulfolobus acidocaldarius , das die Hydrolyse von
anorganischem Pyrophosphat unter Bildung von Orthophosphat katalysiert†

Geeignet für die Verstärkung der DNA-Replikation bei der PCR

UDG-Strangspaltung

Die UDG-vermittelte Strangspaltung ist ein wichtiges Instrument in der molekularen Biotechnologie, das eine kontrollierte und ortsspezifische Spaltung von Einzel- und Doppelstrang-DNA ermöglicht, die chemisch oder enzymatisch mit einfachem oder mehrfachem Einbau von Desoxyuridin synthetisiert wurde. 

Entfernung von Artefakten vor NGS
Entfernung von Artefakten vor NGS
Die UDG-Behandlung beseitigt Uracil-Artefakte (desaminiertes Cytosin) aus FFPE-Tumorgewebe und reduziert Artefakte in alter DNA vor der Next-Generation-Sequenzierung. 
Beseitigung der Kontamination durch „Verschleppung“ bei der PCR
Beseitigung der Kontamination durch „Verschleppung“ bei der PCR
Thermolabile UDG verhindert die PCR-„Verschleppung“, da PCR-Produkte durch den Austausch von dTTP durch dUTP in der Primärreaktion anfällig für den Abbau werden.
Bildung von Lücken an Uracil-Resten
Bildung von Lücken an Uracil-Resten
Die 10X Uracil Cleavage System-Enzymmischung kann Einzel-Nukleotid-Lücken an den spezifischen Stellen der Desoxyuridin-Reste erzeugen.
UDG-Behandlungen können Sequenzierartefakte reduzieren, PCR-Verschleppungen verhindern und spezifische Lücken in der DNA erzeugen.
 Enzym   Aktivität Anwendung

19160, G5010L
Uracil DNA
Glycosylase (UDG)

G5020L
Thermolabile UDG

 Demnächst erhältlich
 Uracil-DNA-Glykosylase (UDG) ist an der Basen-Exzisionsreparatur
beteiligt; UDG erzeugt abasische Stellen in Uracil-haltiger DNA
und baut Uracil-haltige DNA ab

  • Die DNA-Vorbehandlung mit UDG reduziert DNA-Artefakte
    beim Mutationsnachweis durch Next-Generation-Sequenzierung und andere
    Verfahren, ohne die Fähigkeit zum Nachweis echter Mutationen zu beeinträchtigen

  • Beseitigt Uracil-Artefakte (desaminiertes Cytosin) aus
    FFPE-Präparationen

  • Thermolabile UDG kann PCR-„Verschleppungen“
    verhindern, wenn in der primären PCR-Reaktionsmischung dUTP durch
    dTTP ersetzt wird

Y9180L
10X Uracil Cleavage
System		 Demnächst erhältlich
 Das System besteht aus zwei Enzymkomponenten,
Uracil-DNA-Glykosylase und Endonuklease VIII. Wenn die Enzyme
nacheinander zu einer Reaktion hinzugefügt werden, bei der ein synthetisches
DNA-Fragment ein Desoxyuracil aufweist, entsteht an der Stelle des Uracil-Rückstands
eine Einzel-Nukleotid-Lücke
  • Erzeugt enzymatisch Uracil-Nukleotid-Lücken in vitro
  • UDG ist ein DNA-spezifisches Enzym, das Uracil
    nicht aus RNA-Substraten abspaltet. Der gezielte Einbau von Desoxyuridin-Nukleotiden
    in Oligonukleotide kann mit dem
    Enzymsystem zur spezifischen Spaltung von DNA-Abschnitten
    oder DNA-Templates aus DNA:RNA-Hybriden genutzt werden.
Y9080L
Endonuclease VIII		 Demnächst erhältlich
 Die Endonuklease VIII fungiert sowohl als N-Glykosylase
(durch Herausschneiden oxidativer Basenläsionen) als auch als
AP-Lyase (durch anschließende Spaltung des Phosphodiester-Rückgrats),
wobei endständige Phosphate an den 5’- und 3’-Enden zurückbleiben; beteiligt sich an der
Basen-Exzisionsreparatur oxidativ bedingter DNA-Schäden 
  • Schneidet beschädigte Pyrimidine aus Duplex-DNA
  • Zur Messung von DNA-Schäden mittels
    Einzelzellen-Gelelektrophorese (Comet-Assay)
Suchen Sie nach weiteren Enzymen?
Melden Sie sich jetzt an und informieren Sie sich frühzeitig über unser in Kürze erhältliches Gesamtportfolio!
Jetzt anmelden

Häufige Fragen zur Reduzierung von Artefakten und zur Reaktionsaufreinigung

Wie entstehen durch die Behandlung mit UDG und Endonuklease Lücken in der DNA?

Uracil-DNA-Glykosylase erkennt eine Uracil-Base und entfernt Uracil aus der DNA durch Spaltung der N-glykosidischen Bindung; dies führt zur Bildung einer abasischen Stelle (AP-Stelle). In vivo bleibt UDG an die AP-Stelle gebunden, bis es durch spezifische Endonukleasen ersetzt wird, die eine viel höhere Affinität zu abasischen Stellen aufweisen. Solche Enzyme, wie die Endonuklease VIII oder die Endonuklease III, haben eine AP-Lyase-Aktivität, die die Spaltung des Phosphodiester-Rückgrats 3’ und/oder 5’ der AP-Stelle katalysiert, wodurch die basenfreie Desoxyribose freigesetzt wird und somit eine Einzel-Nukleotid-Lücke entsteht.

Wie verbessert das E. coli-Einzelstrang-DNA-Bindungsprotein die DNA-Ausbeute?

Das Einzelstrang-DNA-Bindungsprotein (Single-Stranded DNA Binding Protein, SSB) bindet bevorzugt Einzelstrang-DNA und bildet dabei ein Tetramer aus vier identischen Untereinheiten à 18,9 kDa, das 8–16 Nukleotide schützt, während es an Doppelstrang-DNA nicht gut bindet. In der Natur ist SSB an der DNA-Replikation sowie an Rekombinations- und Reparaturfunktionen beteiligt. In vitro hat sich gezeigt, dass SSB bestimmte durch DNA-Polymerase vermittelte Reaktionen stimuliert, indem es die DNA-Sekundärstruktur entspannt und die Prozessivität des Enzyms erhöht.
Haben Sie noch Fragen? 
Benötigen Sie weitergehende Informationen zu unseren Enzymen? 
Bauen Sie ein neues Labor auf?  Die nächstgelegene Vertriebsvertretung freut sich auf Ihre Kontaktaufnahme.
Kontaktieren Sie uns