La novedad absoluta en PCR – PCR digital

En pocas palabras, la PCR digital se usa para detectar secuencias poco frecuentes, variaciones en el número de copias y elementos diana microbianos; para cuantificar mutaciones poco frecuentes, incluidas biopsias líquidas; análisis de célula única; medición de cargas víricas; analisis la expresión génica; cuantificación de genotecas de secuenciación de última generación (NGS), etc.

La diferencia entre PCR y PCR digital es que la PCR convencional ofrece un análisis cualitativo o semicuantitativo, mientras que la dPCR ofrece cuantificación absoluta. La PCR digital es más rápida, más precisa y reproducible, ofrece capacidades de multiplexado, pero también requiere una inversión inicial mayor.

Los beneficios de la PCR digital incluyen la cuantificación absoluta de elementos diana sin curvas estándar ni curvas de referencia, alta tolerancia a los inhibidores de PCR, la alta precisión necesaria para detectar cambios pequeños, alta sensibilidad, bajo límite de detección y alta reproducibilidad, especialmente en diferentes laboratorios.

Las desventajas de la PCR digital incluyen un intervalo dinámico ligeramente más acotado que la qPCR. El método no es el más adecuado para amplicones de gran tamaño.

El software del instrumento QIAcuity no permite llevar a cabo lecturas ni procesamientos de placas sin sellar. Si desea llevar a cabo un procesamiento en seco, utilice una placa sellada y configúrela en el QIAcuity Software Suite.

La exactitud de la PCR digital varía entre los sistemas y aplicaciones de dPCR. En un estudio comparativo de la precisión y la sensibilidad de la dPCR frente a la qPCR se demostró que la dPCR reduce la desviación estándar de las réplicas hasta tres veces más. En cuanto a la sensibilidad en la detección de mutaciones, la qPCR pierde cuantificación fiable en un índice de mutación del 10 % y la dPCR en un índice de mutación del 0,1 %.

Se denomina PCR digital porque permite obtener resultados binarios de activación/desactivación o sí/no. Los ensayos digitales solo pueden distinguir entre dos señales en lugar de un abanico de posibilidades. Por lo tanto, las cosas son blanco o negro, no 50 tonos de gris. En la PCR digital en particular, el sensor distingue entre una partición positiva y una negativa ofreciendo una respuesta de sí o no en cuanto a si el elemento diana está presente en la división.

Nuestros sistemas de PCR digital QIAcuity se han desarrollado a partir de una tecnología basada en nanoplacas, lo que ofrece algunas ventajas significativas con respecto a la tecnología de PCR digital por gotas (ddPCR). Las particiones fijas que se integran a la nanoplaca de la PCR digital evitan que varíen de tamaño y se fusionen, como ocurre en el método de la ddPCR. Además, la lectura simultánea de todas las divisiones de la muestra en las nanoplacas agiliza la revisión de resultados. Las nanoplacas no solo son sencillas de usar y cargar, como lo son las de las qPCR, sino que también son compatibles con la automatización de las fases iniciales. Y lo que es más importante, gracias a que las nanoplacas están correctamente selladas se evita que se evapore la muestra y la contaminación cruzada entre pocillos. La partición de la reacción, termociclado y creación de imágenes están integradas en un instrumento totalmente automatizado que proporciona resultados en menos de dos horas, mucho menos que las cuatro horas requeridas por otros sistemas de PCR digital. Además, las configuraciones escalables y la mayor capacidad de multiplexado hacen que sea sencillo adaptar la PCR digital QIAcuity a todos los tipos de laboratorios y los requisitos de aplicaciones. Con el uso del QIAcuity Software Suite, se pueden definir los experimentos de PCR digital, las muestras y las mezclas de reacción, asignarlos a las nanoplacas y transferirlos al instrumento QIAcuity. Tras la ejecución, los datos se pueden analizar, utilizar en la creación de informes y exportar para un análisis remoto.

El software del instrumento QIAcuity no permite llevar a cabo lecturas ni procesamientos de placas sin sellar. Si desea llevar a cabo un procesamiento en seco, utilice una placa sellada y configúrela en el QIAcuity Software Suite.

Nuestros sistemas de PCR digital QIAcuity se han desarrollado a partir de una tecnología basada en nanoplacas, lo que ofrece algunas ventajas significativas con respecto a la tecnología de PCR digital por gotículas (ddPCR). Las divisiones fijas que se integran a la nanoplaca de la PCR digital evitan que varíen de tamaño y se fusionen, como ocurre en el método de la ddPCR. Además, la lectura simultánea de todas las divisiones de la muestra en las nanoplacas agiliza la revisión de resultados. Las nanoplacas no solo son sencillas de usar y de pipetear, como lo son las de las qPCR, sino que también son compatibles con la automatización de la parte inicial. Y lo que es más importante, gracias a las nanoplacas que están correctamente selladas se evita que se evapore la muestra y la contaminación cruzada entre pocillos. Las funciones de división, termociclado y creación de imágenes están integradas en un instrumento totalmente automatizado que proporciona resultados en menos de dos horas, mucho menos que las cuatro horas requeridas por otros sistemas de PCR digital. Además, las configuraciones escalables y la mayor capacidad de multiplexado hacen que sea sencillo adaptar la PCR digital QIAcuity a todos los tipos de laboratorios y los requisitos de aplicaciones. Con el uso de la solución QIAcuity Software Suite, se pueden definir los experimentos de PCR digital, las muestras y las mezclas de reacción, asignarlos a las nanoplacas y transferirlos al instrumento QIAcuity. Tras la ejecución, los datos se pueden analizar, utilizar en la creación de informes y exportar para un análisis remoto.

Con el QIAcuity Eight-plate dPCR Instrument, puede analizar hasta 312 muestras en nanoplacas de 24 pocillos y hasta 1248 muestras en nanoplacas de 96 pocillos. Obtenga más información aquí.