Ajouter des marqueurs internes ou des marqueurs aux extrémités
Il existe deux méthodes de marquage d’ADN par les enzymes : aux extrémités ou en interne le long de la molécule. Des marqueurs détectables, comme des fluorophores ou des nucléotides modifiés, peuvent être introduits avec l’ajout de groupes 5’ et 3’ par action enzymatique, et avec l’introduction de marqueurs internes par intégration directe ou par des techniques de post-marquage avec une enzyme adaptée.
Stratégies d’enzyme pour l’ajout de marqueurs aux acides nucléiques
Le marquage par action enzymatique est nécessaire pour bon nombre d’études visant à comprendre les fonctions et les dynamiques des acides nucléiques in vitro et dans les cellules. Pour chaque site sur lequel des nucléotides marqués peuvent être ajoutés à l’ADN ou à l’ARN, il existe une enzyme adaptée capable de catalyser cet ajout.
| Enzyme | Activité | Marquage | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Marquage d’extrémité |
Intégration directe |
Par amorçage aléatoire |
Marqueur de brèche | Translation de cassure |
||
| P7060L Klenow Fragment À venir |
ADN polymérase avec synthèse 5’→3’ |
✘ Non | ✔ Oui | ✔ Oui | ✘ Non | ✘ Non |
| P7010 Klenow (3’→5’ exo-) |
ADN polymérase avec synthèse 5’→3’ |
✔ Oui (ADNdb 3’) | ✔ Oui | ✔ Oui | ✘ Non | ✘ Non |
| P7260L T7 DNA polymerase Bientôt disponible |
ADN polymérase avec synthèse 5’→3’ et activité exonucléase de l’ADNsb et ADNdb 3’→5’ [L’activité exonucléase de l’ADN double brin nécessite de la thiorédoxine.] |
✔ Oui (ADNdb 5’) | ✔ Oui | ✘ Non | ✔ Oui | ✘ Non |
| P7050L DNA polymerase I |
ADN polymérase avec synthèse 5’→3’ et activité exonucléase 5’→3’ et 3’→5’ |
✘ Non | ✘ Non | ✘ Non | ✘ Non | ✔ Oui |
| RP810 TaqNova Stoffel DNA Polymerase BLIRT |
Dérivés du fragment de Stoffel de la Taq ADN polymérase dépourvus d’activité exonucléase 5’→3’ |
✘ Non | ✔ Oui | ✘ Non | ✘ Non | ✘ Non |
| P7620L TaqIT DNA polymerase Bientôt disponible |
La TaqIT est un dérivé dépourvu d’activité exonucléase 5’→3’ de la Taq ADN polymérase (Stoffel) |
✘ Non | ✔ Oui | ✘ Non | ✘ Non | ✘ Non |
| P7070L Terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) Bientôt disponible |
Catalyse l’ajout de dNTP à l’extrémité hydroxyle 3' des molécules d’ADN ; étend le surplomb 5’ à extrémité franche de l’ADNsb et de l’ARN |
✔ Oui (ADNsb 3’) | ✘ Non | ✘ Non | ✘ Non | ✘ Non |
| P7180L T7 RNA polymerase À venir |
Synthétise l’ARN dans le sens 5’→3’ à partir de l’ADN matriciel |
✘ Non | ✔ Oui (ARN) | ✘ Non | ✘ Non | ✘ Non |
| P7460L Poly(A) polymerase Bientôt disponible |
Catalyse l’ajout d’AMP à partir d’ATP au groupe hydroxyle 3’ de l’ARN pour l’ARN avec queue poly(A) |
✔ Oui (ARN 3’) | ✘ Non | ✘ Non | ✘ Non | ✘ Non |
| L6050L T4 RNA ligase 1 Bientôt disponible |
Ligature les molécules d’ARN et d’ADNsb |
3’ (ARN et ADNsb) | ✘ Non | ✘ Non | ✘ Non | ✘ Non |
| Y9040L T4 polynucleotide kinase (PNK) |
Catalyse le transfert du phosphate γ à partir de l’ATP vers l’extrémité 5´ des polynucléotides ou vers les mononucléotides contenant un groupe hydroxyle 5´ |
5’ (ADNsb, ADNdb et ARN) |
✘ Non | ✘ Non | ✘ Non | ✘ Non |
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Questions fréquentes (FAQ) sur le marquage d’acides nucléiques
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