Nettoyage enzymatique | Élimination des résidus et artefacts indésirables

Les nettoyeurs parfaits

Les réactifs et les réactants résiduels peuvent compromettre les processus en aval. Utilisez la bonne préparation enzymatique pour nettoyer vos échantillons avant de passer à l’étape suivante. Accélérez et optimisez l’amplification et la transcription grâce à des additifs bien connus.

Enzymes pour le clivage et le nettoyage des réactifs résiduels

Le nettoyage enzymatique des échantillons d’ADN à l’exonucléase I, la DNase I, la RNase A et aux protéases permet d’éliminer les amorces, les nucléotides et les enzymes avant une analyse des SNP, un séquençage à haut débit, un séquençage d’ADN de Sanger ou d’autres analyses en aval.

L’enzyme DAPase TAGZyme et le système TAGZyme sont utilisés pour l’extraction de l’étiquette His à partir de protéines contenant un point d’arrêt de la DAPase intrinsèque (exprimé avec le vecteur pQE-2 TAGZyme) ou à partir de protéines contenant un point d’arrêt de la glutamine défini.

Enzyme		Activité	Application
X8010L Exonucléase I	Prochainement	L’exonucléase I clive l’ADN simple brin dans le sens 3’→5’, libérant ainsi les mono/dinucléotides 5’ et laissant les molécules d’ADN double brin et la terminaison 5’ intactes ; la digestion est inhibée par la présence de phosphate terminal 3’	Éliminer les amorces simple brin des réactions par PCR avant une analyse des SNP ou un séquençage d’ADN de Sanger Éliminer les amorces simple brin pour les réactions par PCR imbriquées Éliminer l’ADN simple brin linéaire, laissant ainsi l’ADN double brin dans l’échantillon
79254 DNase sans RNase (1 500 unités Kunitz)		L’endonucléase qui ne clive pas spécifiquement l’ADN pour libérer des di-, tri- et oligonucléotides avec l’extrémité phosphorylée 5’ et l’extrémité hydroxylée 3’, agit sur l’ADNsb et l’ADNdb, la chromatine et les hybrides ARN:ADN	Éliminer l’ADN contaminant des solutions d’ARN avant le nettoyage et la concentration de l’ARN Éliminer l’ADN des échantillons de protéines Couper l’ADN avant d’intégrer des bases marquées dans l’ADN Analyse de l’interaction ADN-protéine (Dosage d’empreinte)
19101 RNase A		Endoribonucléase qui dégrade l’ARNsb sur les résidus C et U	Éliminer l’ARN contaminant des préparations d’ADN plasmidique et génomique Éliminer l’ARN des préparations de protéine recombinante Cartographier les mutations d’une base dans l’ADN ou l’ARN (Dosage de protection de la RNase)
19131 Protéinase K		La QIAGEN Protéinase K est une protéase de type subtilisine isolée à partir du champignon saprophyte Tritirachium album	Digestion de la protéase dans l’ADN et procédures d’isolement d’ARN La protéinase K présente une forte activité spécifique ; stable sur une large gamme de températures et de valeurs de pH ; non inhibée par l’EDTA ; adaptée aux temps de digestion courts
19155 Protéase		La QIAGEN Protéase est une sérine protéase isolée à partir d’une souche recombinante de Bacillus ; une alternative économique à la protéinase K	Digestion de la protéase dans l’isolement de l’ADN et de l’ARN natif à partir de diverses sources
34362 Enzyme DAPase TAGzyme		DAPase TAGZyme (dipeptidyl peptidase I recombinante)	Éliminer les dipeptides dans l’ordre, des étiquettes His N-terminales jusqu’au « point d’arrêt » exprimé avec le vecteur pQE TAGZyme Production de protéines sans étiquette His pour : Détermination de la structure de la protéine Protéines thérapeutiques

Améliorer le rendement

Vous pouvez améliorer le rendement et la qualité des matrices en utilisant des protéines de liaison à l’ADN dans les réactions d’amplification et de séquençage. La protéine de liaison à l’ADN, la protéine du gène 32 issue du bactériophage T4 (T4gp32), accroît l’efficacité de l’amplification par PCR avec un certain nombre de matrices diverses. En outre, l’utilisation de la protéine de liaison à l’ADN simple brin (SSB) E. coli dans les réactions de séquençage d’ADN accroît la résolution des cycles de séquençage.

Un meilleur taux de transcription in vitro est possible grâce à un traitement à la pyrophosphatase inorganique, un composant essentiel des réactions pour la préparation d’ARN. Cette enzyme clive le pyrophosphate en deux molécules de phosphate et empêche la précipitation du pyrophosphate avec le magnésium.

Réactif		Activité	Application
Y9030L Protéine de liaison à l’ADNsb E. coli	Prochainement	Se lie avec une grande spécificité à l’ADN simple brin ; thermostable	Utile pour retenir les amorces Utile pour améliorer la spécificité de la PCR Utile pour permettre le séquençage d’ADN matriciels problématiques
Y9130L Protéine du gène 32 T4	Prochainement	Stabilise les régions de l’ADNsb	Augmente la processivité de certaines ADN polymérases
Y9380L Pyrophosphatase E. coli	Prochainement	Pyrophosphatase inorganique capable de catalyser l’hydrolyse du pyrophosphate inorganique pour former de l’orthophosphate*	Augmente le rendement d’ARN dans une réaction de transcription Améliorer la réplication de l’ADN
Y9370L Pyrophosphatase thermostable	Prochainement	La pyrophosphatase thermostable est une enzyme recombinante issue de Sulfolobus acidocaldarius qui catalyse l’hydrolyse du pyrophosphate inorganique pour produire de l’orthophosphate†	Utile pour améliorer la réplication de l’ADN en PCR

Clivage de brin UDG

Le clivage de brin par UDG est un outil important en biotechnologie moléculaire, il permet le clivage contrôlé et localisé d’ADN simple brin et double brin synthétisé de façon chimique ou enzymatique avec une ou plusieurs intégrations de désoxyuridine (dUTP).

Les traitements par UDG peuvent réduire les artefacts de la séquence, éliminer les transferts de PCR et générer des brèches spécifiques dans l’ADN.

Enzyme		Activité	Application
19160, G5010L Uracile-ADN glycosylase (UDG) G5020L UDG thermolabile	Prochainement	L’uracile-ADN glycosylase (UDG) intervient dans la réparation par excision de base ; l’UDG crée des sites abasiques dans l’ADN contenant l’uracile ; dégrade l’ADN contenant l’uracile	Le prétraitement de l’ADN à l’UDG réduit les artefacts dans l’ADN pendant la détection des mutations par séquençage à haut débit et autres méthodes, sans que cela compromette la capacité à détecter les véritables mutations Élimine les artefacts de l’uracile (cytosine désaminée) des préparations FFPE L’UDG thermolabile peut être utilisé pour éliminer la contamination par « transfert » de PCR lorsque la dTTP est remplacée par la dUTP dans le mélange réactionnel de PCR primaire
Y9180L 10X Uracil Cleavage System	Prochainement	Ce système comprend deux composants d’enzyme : l’uracile -ADN glycosylase et l’endonucléase VIII. Lorsque les enzymes sont ajoutées dans l’ordre à une réaction dans laquelle un fragment d’ADN synthétique contient un désoxyuracile, une brèche mononucléotidique se forme à l’emplacement du résidu d’uracile	Génère de façon enzymatique des brèches nucléotidiques d’uracile in vitro L’UDG est une enzyme spécifique à l’ADN qui ne retire pas l’uracile des substrats d’ARN. L’intégration ciblée de nucléotides de la désoxyuridine dans les oligonucléotides peut être utilisée avec le système enzymatique pour le clivage spécifique de sections d’ADN, ou ADN matriciel, à partir d’hybrides ADN:ARN.
Y9080L Endonucléase VIII	Prochainement	L’endonucléase VIII fonctionne comme glycosylase N (en détachant les lésions de base oxydatives) et comme lyase AP (en clivant ensuite la chaîne principale de phosphodiester), laissant les phosphates terminaux aux extrémités 5’ et 3’ ; elle participe à la réparation de l’excision de base des dommages à l’ADN liés à l’oxydation	Retire les pyrimidines endommagées de l’ADN double brin Utilisé pour mesurer les dommages à l’ADN par électrophorèse sur gel unicellulaire (Dosage « comète »)

Enzyme

Activité

Application

19160, G5010L
Uracile-ADN
glycosylase (UDG)

G5020L
UDG thermolabile

Prochainement

L’uracile-ADN glycosylase (UDG) intervient dans la réparation
par excision de base ; l’UDG crée des sites abasiques dans l’ADN contenant l’uracile ;
dégrade l’ADN contenant l’uracile

Le prétraitement de l’ADN à l’UDG réduit les artefacts dans l’ADN pendant
la détection des mutations par séquençage à haut débit et autres
méthodes, sans que cela compromette la capacité à détecter les véritables mutations
Élimine les artefacts de l’uracile (cytosine désaminée) des préparations
FFPE
L’UDG thermolabile peut être utilisé pour éliminer la contamination par « transfert »
de PCR lorsque la dTTP est remplacée par la dUTP dans le
mélange réactionnel de PCR primaire

Y9180L
10X Uracil Cleavage
System

Prochainement

Ce système comprend deux composants d’enzyme : l’uracile
-ADN glycosylase et l’endonucléase VIII. Lorsque les enzymes
sont ajoutées dans l’ordre à une réaction dans laquelle un fragment d’ADN
synthétique contient un désoxyuracile, une brèche mononucléotidique
se forme à l’emplacement du résidu d’uracile

Génère de façon enzymatique des brèches nucléotidiques d’uracile in vitro
L’UDG est une enzyme spécifique à l’ADN qui ne retire pas l’uracile
des substrats d’ARN. L’intégration ciblée de nucléotides
de la désoxyuridine dans les oligonucléotides peut être utilisée avec le
système enzymatique pour le clivage spécifique de sections d’ADN,
ou ADN matriciel, à partir d’hybrides ADN:ARN.

Y9080L
Endonucléase VIII

Prochainement

L’endonucléase VIII fonctionne comme glycosylase N
(en détachant les lésions de base oxydatives) et comme lyase AP (en
clivant ensuite la chaîne principale de phosphodiester), laissant
les phosphates terminaux aux extrémités 5’ et 3’ ; elle participe à la réparation
de l’excision de base des dommages à l’ADN liés à l’oxydation

Retire les pyrimidines endommagées de l’ADN double brin
Utilisé pour mesurer les dommages à l’ADN par électrophorèse
sur gel unicellulaire (Dosage « comète »)

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