Isolement d’ARN de haute qualité à partir du sol
L’isolement d’ARN du sol est l’une des applications les plus difficiles en biologie moléculaire environnementale. Outre le problème constant posé par la dégradation, les rendements en ARN ont tendance à être faibles.
La contamination possible de l’ARN par l’acide humique et les inhibiteurs contenus dans le sol est également problématique. La pureté est essentielle dans les applications de l’ARN. Il faut que l’ARN soit concentré lorsqu’il est ajouté à la réaction, et il faut éviter la présence d’inhibiteurs.
Les faibles rendements en ARN, généralement situés entre 10 et 20 % du rendement en ADN, signifient que pour isoler un échantillon à des fins de recherche, il faut travailler avec une plus grande quantité d’échantillon à l’aide de tubes de plus grande taille (15 ml) et d’une centrifugeuse de plus grande capacité. Puisqu’il est préférable d’éviter la dilution de l’ARN pour la transcription inverse dans la recherche de gènes à faible nombre de copies, il est essentiel de parvenir à éliminer les inhibiteurs.
Pour surmonter ces difficultés, QIAGEN® propose le RNeasy® PowerSoil® Total RNA Kit qui a été spécifiquement développé pour faciliter l’extraction d’ARN du sol.
Le protocole est une combinaison de méthodes soigneusement testée : l’Inhibitor Removal Technology (IRT®) pour l’élimination des inhibiteurs, l’extraction au phénol-chloroforme pour une lyse microbienne complète et l’échange d’anions pour une purification de haute qualité. Le résultat final est l’isolement d’un ARN purifié au volume souhaité, offrant une utilisation optimale dans la RT-PCR.
Du sol de forêt loameux aux sédiments fluviaux, chaque sol possède une texture, un taux d’humidité et une charge microbienne différents. Grâce au RNeasy PowerSoil Total RNA Kit, vous pouvez adapter votre processus d’extraction à chacun d’entre eux.
Dix conseils pour l’isolement de l’ARN
Voici dix conseils pour l’isolement de l’ARN afin d’éviter les problèmes et d’optimiser les résultats en suivant les étapes du protocole du RNeasy PowerSoil Total RNA Kit.