Révélez les mécanismes épigénétiques dans des échantillons problématiques

Il n’y a pas que la séquence d’ADN en génétique

La séquence génétique ne représente pas à elle seule l’ensemble de l’expression génique ni de la fonction cellulaire. Des mécanismes épigénétiques, parmi lesquels la méthylation de l’ADN, peuvent influencer l’activité des gènes sans modifier la séquence d’ADN. La méthylation de l’ADN est une modification covalente héréditaire stable de l’ADN, elle concerne principalement les dinucléotides CpG mais est également détectée sur des sites autres que CpG. La méthylation est associée à des processus de développement normaux et aux modifications que l’on observe au cours de l’oncogenèse et d’autres processus pathologiques, comme l’inactivation du gène suppresseur de tumeur ou du gène de réparation de l’ADN. L’interrogation du degré de méthylation de l’ADN peut se révéler difficile dans les échantillons FFPE et les biopsies liquides . Cela impose le recours à des solutions fiables qui fonctionnent avec des échantillons de faible quantité de départ. Les solutions Sample to Insight de QIAGEN pour les applications d’épigénétique résolvent ces problèmes pour fournir des données fiables et pertinentes.

Vous voyez un véritable variant ou un faux positif ?

Chaque molécule d’ADN traitée au bisulfite est marquée par un identifiant moléculaire unique (UMI) avant l’amplification. En cours d’analyse, les doubles et faux positifs de la PCR sont supprimés pour offrir un profil de méthylation précis.

Pouvez-vous couvrir chaque région, même les régions riches en GC ?

La technologie d’extension d’amorce unique (SPE) utilise une seule amorce spécifique plus une amorce universelle pour chaque amplicon, contrairement à l’approche classique à 2 amorces.

Vous obtenez ainsi :

• Un risque moindre de dimères d’amorces et de décrochages
• Une uniformité plus importante
• Une complexité supérieure de la banque
• Un seul pool d’amorces requis

Vous augmentez le contenu de vos panels ciblés ? La SPE ne nécessite pas de nouvelle conception d’amorce !

Un tube, une journée : de l’ADNg au méthylome

• Économiser des échantillons précieux : l’exigence de faible volume de départ préserve les échantillons restreints
• Gagner du temps : vous passez de l’ADN génomique à la banque de NGS en une journée avec le protocole à tube unique
• Se fier aux résultats : un traitement au bisulfite hautement spécifique et uniforme permet de convertir les cytosines non méthylées en uracile
• Analyse des données intégrée : des procédures de bio-informatique prédéfinies et personnalisables pour chaque chercheur

Explorez nos QIAseq Targeted Methyl et Custom Panels.

Nos panels compatibles Illumina incluent :

• Panel de cancer du sein humain
• Panel de cancer colorectal humain
• Panel d’immuno-oncologie
• Panel d’infiltration des lymphocytes T humains