Choisir la PCR digitale ou la PCR quantitative – Découvrez les avantages et voyez si cela répond à vos objectifs de recherche
Lorsqu’on compare les technologies de dPCR et de qPCR, la principale différence est la précision. Si les deux technologies proposent une détection et une quantification particulièrement sensibles et fiables des acides nucléiques, leur principale différence est comparable à celle de la radio analogique par rapport à la radio numérique, d’après le Dr Jim Huggett, Principal Scientist, National Measurement Laboratory. « Avec une radio analogique, il faut d’abord tourner le bouton pour trouver la station souhaitée sans trop d’interférences. La qualité dépend de la réception et le signal subit des interférences parasites. Ça, c’est la PCR quantitative. Elle est fiable mais nécessite une optimisation pour un résultat correct, et même après, il faut faire face à un bruit de fond. Avec la radio numérique, il suffit de demander la station pour la trouver, avec un signal net, ou pas. Ça, c’est la PCR digitale, qui offre des résultats binaires précis. Elle compte littéralement les molécules d’ADN présentes ou absentes. La clarté des résultats associée à un faible taux d’erreur lui confèrent un niveau incroyablement élevé de précision. La PCR digitale est parfaitement adaptée pour mesurer des différences quantitatives plus faibles. »
Comparer et décider : qPCR vs. dPCR
Real-Time PCR/qPCR | PCR digitale |
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Quantitative, relative ou absolue mais les courbes étalon ou les échantillons de référence sont nécessaires |
Quantitative, absolue et aucun étalon ni aucune référence n’est nécessaire |
PCR d'un volume d'échantillon important
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Fractionnement d’échantillon
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Mesure l’amplification par PCR à chaque cycle | Mesure à la fin des cycles de PCR |
Détecte un taux de mutation de > 1 % | Détecte un taux de mutation de ≥ 0,1% (rapport signal/bruit élevé) |
Protocoles bien établis | Précision supérieure pour une reproductibilité supérieure parmi les laboratoires |
Quand utiliser la dPCR plutôt que la qPCR ?
Concernant leur recherche en biologie moléculaire et en génomique impliquant la quantification des acides nucléiques, les scientifiques se trouvent souvent à la croisée des chemins. Quelle technique de quantification choisir pour réaliser leurs objectifs de recherche avec efficacité : la PCR digitale (dPCR), plus précise et plus fiable, ou la Real-Time PCR quantitative (qPCR), plus normalisée et plus familière ? Les deux technologies présentent des similitudes mais aussi des avantages et des limites, le choix dépend ainsi de l’application.
La grille d’applications ci-dessous indique le niveau d’adéquation de chaque technologie avec certaines des applications les plus courantes.
La PCR digitale en gouttelettes (ddPCR), l’une des premières formes de PCR digitale, présentait déjà des avantages par rapport à la qPCR pour la plupart des applications susmentionnées. Dans le match ddPCR vs qPCR, la qPCR se révèle adaptée aux applications qui nécessitent une plage dynamique importante, tandis que la ddPCR est plus adaptée aux applications qui nécessitent une précision supérieure ou l’analyse de l’abondance des fractions.
L’évolution de la ddPCR en dPCR sur nanoplaques a élargi la portée de cette technologie afin d’intégrer davantage d’applications. La procédure de dPCR sur nanoplaques est nettement plus rapide grâce à la lecture simultanée de toutes les fractions d’échantillon, à l’automatisation frontale et à une configuration facile des plaques de type qPCR. Cette rapidité en fait une technologie adaptée au dépistage et aux applications à haut débit sans rogner sur la précision, l’exactitude et la sensibilité.