Enzymes, NGS, Black male pipetting in front of computer screen in a laboratory environment
Enzymes pour la biologie moléculaire

Analyse d’ARN

Tout pour l’ARN : amplifier, séquencer, lier et marquer

Il y a tout un ensemble d’enzymes permettant de manipuler l’ARN pour l’analyse en aval de l’expression génique. Les transcriptases inverses génèrent un ADN complémentaire (ADNc) d’après une transcription. L’ADNc peut être marqué ou amplifié à des fins de clonage ou d’études quantitatives. Les ARN ligases relient les bases, les marqueurs et les adaptateurs, les ARN polymérases ajoutent les ribonucléotides et les ribonucléases les éliminent. 

Détectez et manipulez l’ARN par amplification

Les transcriptases inverses sont des enzymes capables de polymériser un brin d’ADN (ADNc) qui est complémentaire d’un ARN matriciel d’origine. L’ARN est susceptible d’être dégradé par les RNases, le recours à une enzyme transcriptase inverse pour produire un ADNc permet d’éviter de manipuler l’ARNm. L’ADNc devient une matrice stable dans de nombreuses applications en aval destinées à l’étude de l’ARN, notamment l’analyse de l’expression génique. Vous pouvez utiliser la PCR classique, la qPCR, la RT-qPCR en une étape ou des méthodes isothermes pour l’amplification de l’ADNc matriciel. L’amplification peut être suivie d’un clonage avec des protocoles d’enzyme classiques ou d’un clonage indépendant de la ligature utilisant l’activité de l’exonucléase 3’→5’ de l’ADN polymérase T4. 

Toutes les enzymes transcriptases inverses (ADN polymérases ARN-dépendantes) peuvent être utilisées pour :

    RNase H (+/-)
 Applications spécialisées
P7600L
EnzScript		 Prochainement  Moins Pour les ADNc longs et les banques contenant un pourcentage élevé d’ADNc pleine longueur ;
applications nécessitant un changement de matrice, comme le séquençage d’ARN (RNA-Seq)
P7720L
StableScript		 Prochainement

Moins

Pour les ADNc longs ; meilleure processivité, résistance aux inhibiteurs et thermostabilité
(température optimale 55 °C)
205111
Omniscript Kit
 Plus Marquage pour les puces à ADN ; spécialement conçu pour la transcription inverse
quelle que soit la quantité d’ARN ; tampon optimisé ; étape RNase H inutile

ARN polymérases et ligases

Les ARN polymérases, ou plus spécifiquement les ARN polymérases ADN-dépendantes, sont des enzymes qui synthétisent l’ARN à partir d’un ADN matriciel. L’enzyme polymérase, poly(A), utilise l’ARN simple brin comme amorce pour ajouter une queue poly(A) à l’ARN en catalysant l’intégration de résidus d’adénine aux terminaisons 3’ de l’ARN. 

Les ARN ligases T4 sont des enzymes utiles pour analyser l’ARN, notamment en amont de procédures telles que le séquençage d’ARN à haut débit et les puces à ADN. Les ARN ligases T4 1 et 2 sont des enzymes capables de marquer, circulariser ou réaliser une ligature intermoléculaire de l’ARN en liant les polynucléotides adjacents 3'-OH et 5'-PO4. La fixation des adaptateurs aux extrémités 3' de l’ARN avec l’ARN ligase T4 1 est une première étape utile pour la quantification de l’ARN et la découverte par RT-PCR et séquençage à haut débit.

    Action Applications
P7180L
ARN polymérase T7		 Prochainement  Synthétise l’ARN dans le sens 5’→ 3’ à partir de l’ADN matriciel ;
spécifique au promoteur T7
  • Synthèse in vitro de l’ARNm
  • Marquage des sondes d’ARN
  • Génération d’ARN pour l’étude de l’ARN
  • Contrôle de l’expression par l’ARN antisens
  • Synthèse de l’ARNg
P7460L
Polymérase poly(A)		 Prochainement

Catalyse l’ajout d’AMP à partir d’ATP au 3’-OH de l’ARN
pour l’ARN avec queue poly(A)
  • Marquage de l’extrémité 3' de l’ARN avec ATP ou cordycépine
  • Queue poly(A) de l’ARN
  • La queue poly(A) améliore la traduction de l’ARN transféré
    dans les cellules eucaryotes
 L6050L
ARN ligase T4 1		 Prochainement ARN ligase simple brin ; relie également les molécules d’ADN
simple brin
  • Ligature d’ARN ou ADN simple brin
  • Marquage de l’extrémité 3’ de l’ARN ou ADN simple brin
L6080L
ARN ligase T4 2 		 Prochainement Ligature les césures sur l’ARNdb ; capable de ligaturer le 3’-OH de l’ARN
au 5’-PO4 de l’ADN en hybrides double brin
  • Liaison matricielle de plusieurs oligonucléotides
  • Synthèse des ARN contenant des modifications
    ou des marqueurs propres au site
  • Ligature des césures de l’ARNdb
  • Ligature du 3’-OH de l’ARN au 5’-PO4 de l’ADN
    en ADN/ARN double brin

L6070L
ARN ligase T4 2
(tronquée) 

 Prochainement Catalyse la formation d’une liaison phosphodiester entre
un phosphate 5’ pré-adénylation (ADN ou ARN)
et l’hydroxyle 3’ de l’ARN
  • Ligatures des lieurs avec l’ADN 5’ pré-adénylation
    à l’ARN hydroxyle 3’
  • Clonage et séquençage des ARN de petite taille

Digérer l’ARN et protéger l’ARN

Le dosage de protection de la ribonucléase (RPA) avec l’enzyme RNase A est une technique qui permet de déterminer le nombre relatif ou absolu de transcriptions et de cartographier les terminaisons d’ARNm ainsi que les limites intron/exon.

Les substitutions d’une base peuvent être détectées et localisées par une méthode enzymatique simple qui implique le clivage RNase A des mésappariements d’une base dans des hétéroduplex ARN:ADN.

    Action Applications
19101
RNase A		    Endoribonucléase qui dégrade l’ARNsb sur les résidus C et U*
  • Déterminer le nombre relatif ou absolu de transcriptions
  • Cartographier les terminaisons d’ARNm ainsi que les limites intron/exon (RPA)
  • Cartographier les mutations d’une base dans l’ADN ou l’ARN
  • Extraction de l’ARN à partir de préparations d’ADN plasmidique et génomique
  • Extraction de l’ARN à partir de préparations de protéine recombinante
Y9220L
RNase H		 Prochainement Endoribonucléase qui hydrolyse les liaisons phosphodiester
de l’ARN hybridées à l’ADN		 L’activité de la RNase H dégrade l’ARN matriciel d’un complexe ADN:ARN,
libérant ainsi l’ADNc simple brin comme matrice pour la synthèse du
second brin d’ADNc
Y9240L
Inhibiteur de la RNase		 Prochainement Inhibiteur non compétitif d’origine porcine de la RNase A, B, C ;
n’inhibe pas l’activité de la RNase H.		 Protège l’ARN de toute dégradation ; communément utilisé de façon préventive
dans les manipulations enzymatiques de l’ARN
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FAQ sur l’analyse d’ARN

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