two scientists in a laboratory working on computer screens
次世代シークエンシング

SARS-CoV-2のゲノムサーベイランスへのNGSソリューション

新しいウイルス変異株に対応する為には解析に要する時間が重要

COVID-19パンデミックにおける最新の展開は、アルファ、ベータ、ガンマ、デルタ、ミュー、オミクロン系統などの、新型SARS-CoV-2の懸念される変異株Variants of Concern（VOC）が出現したことです。新しい変異株の、免疫応答を回避して、ワクチンの効能を低下させる能力は、未だ脅威であり続けています。そのため、既存のSARS-CoV-2変異株のカタログを作成すると共に、新しい変異株の同定を行うために、できるだけ迅速に遺伝子配列決定をする必要性に迫られています。そのような研究者たちによるSARS-CoV-2ゲノムサーベイランスへの取り組みを加速するための助けとして、当社はウイルスゲノムの増幅およびNGSライブラリー調製のための2つのオーダーメイドのソリューションを開発しました。

NGS solutions for Omicron bubble

目的に合ったゲノムサーベイランスのソリューション

サンプルの配列決定がより速くできれば、出回っている変異株の全体像をいっそう迅速に描くことができます。ゲノムサーベイランスのソリューションをぜひお試しください。

ハイスループットNGSソリューション

Product Kitbox
QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Kit works with all known Variants of Concern, including Omicron

Accelerate SARS-CoV-2 variant sequencing with a 50% faster, high-throughput NGS solution. The QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Kit provides superior viral genome coverage using a 4-hour, automatable workflow, with a 50% reduction in plasticware use, and support for up to 768-sample multiplexing in a single flow cell lane. The higher-density amplicon tiling of the QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Kit ensures robust performance across all VOCs, including detection of the Omicron and Delta variants, without the need for primer redesign strategies or primer booster kits.

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New! QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Enhancer Kit

QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Enhancer Kitは、QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Kitと組み合わせることで、ゲノムのカバレッジを改善する効果があります。

利点

  • より合理化されたワークフロー：ライブラリーの増幅に先立つ正規化／定量化の必要がありません
  • 向上したゲノムカバレッジと均一性：コピー数が極めて少ないウイルスゲノムにおいて95%を超えるカバレッジ
  • 必要とされるリード数の低減：サンプルあたりの推奨されるクラスターを1/4に低減し、シークエンシングのコストを節約しながらマルチプレックス解析の拡大が可能

（日本は対象外のため削除）†

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当社の製品で–あなたのワークフローをより一層向上させてください！
（日本は対象外のため削除）
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ブログおよびリソース

Davida Dmyth working in lab
NGSにより下水からSARS-CoV-2変異株を検出

Davida Smyth博士が、蔓延しているSARS-CoV-2変異株を検出し、さらに廃水サンプルから新しい突然変異を検出することに、全ゲノムNGSがどのように貢献したのかを説明しています。

ブログを見る
ホワイトペーパー：実際のCOVIDサンプルからVOCsを特定

カターニア大学（University of Catania）でNicolò Mussoと彼のチームがQIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Kitを使用して、どのようにさまざまな品質のCOVID陽性RNA、250サンプル分を分析し、アルファ、ガンマ、デルタ変異株など当時市中で流行していたVOCの多くを検出出来たかご覧ください。

ホワイトペーパーをダウンロード
Coronavirus poster
Corona virus, COVID-19, virus with antibodies
変異株、サーベイランス、ワクチンの効能：COVID-19パンデミックの中での思わぬ展開
全ゲノムシークエンシングは、オミクロン変異株の出現を伴ってCOVID-19パンデミックが拡大を続ける中で、拡散する変異株の罹患率測定に用いられています。当社のブログでは、SARS-CoV-2変異株検出、下水検査、ワクチン回避変異株、その他について深く掘り下げています。
ご覧ください
Why choose the QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Kit?

Use our ultrafast, high-throughput, single-box NGS solution if you want to maximize efficiency, ramp up your sequencing capability and ensure superior coverage to accelerate variant detection. You can now take advantage of the QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Enhancer Kit, a new addition that – when used in combination with the QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Kit – further streamlines the workflow and boosts coverage while requiring fewer reads per sample.

4-hour
enrichment and library prep workflow that can be automated, allowing you to go from purified RNA to sequence – no need for fragmentation, tagmentation or ligation steps.
~250 bp
amplicons generated for superior uniformity and better coverage across the SARS-CoV-2 genome and better sequencing performance compared with the most widely-used amplicon-based options.
Up to 768
samples can be multiplexed to improve scalability and efficiency.
50%
reduction in plasticware usage.

最適化されたARTICベースのNGSソリューション

QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel

Expedite SARS-CoV-2 variant detection and real-time genomic surveillance with our scalable, single-day workflow, which is faster and has lower-input requirements than hybrid capture solutions. Based on optimized publicly available ARTIC V3 designs, the QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel provides targeted enrichment of the complete viral genome, allowing you to:

  • Achieve high coverage, even at low copy number due to reduced primer dropouts and primer-dimer effects
  • Multiplex up to 384 samples in a single run on high-throughput Illumina platforms
  • Track and visualize phylogenetic divergence with integrated bioinformatics analysis pipelines
A winning combination for improved scalability

Combine the QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel with the QIAseq FX DNA Library UDI Kit to multiplex up to 384 samples in a single run.

QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel
QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel
Targeted whole genome library preparation of SARS-CoV-2 for genomic surveillance and variant detection
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QIAseq FX DNA Library UDI Kit
QIAseq FX DNA Library UDI Kit
All-enzymatic whole genome and hybrid capture library preparation for Illumina instruments with minimal bias
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Get started with a trial kit

QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel Kit

Request trial kit

QIAseq FX DNA Library UDI Kit

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ライブラリー調製の自動化
NGSライブラリー調製の自動化は、どのような貢献が期待できるでしょうか？
詳細

特集記事

Genomics, QIAseq NGS Solutions, Dr. Mette Christiansen, Aarhus University hospital, COVID-1
種を飛び越えたCOVID-19変異のシークエンシング

2020年までに、デンマークでは200人以上がミンクからCOVID-19に感染したとされます。その一方で、ウイルスはそのときまでにそれらの動物の中で変異を続けてきた結果、いくつかの変異株が生まれました。オーフス大学病院（Aarhus University Hospital）のMolecular Medicine（MOMA、分子医学)、Diagnostic NGS Core Facility（診断用NGSコア施設）のMette Christiansen博士は、すべての陽性の症例をシークエンシングすることで、流行している変異株の全容解明にいかに役立ったのか説明しています。QIAGENのNGSテクノロジーがどのようにこの取り組みを促進させたのかご紹介させてください。

記事を読む

出版物

Acute SARS-CoV-2 alpha variant infection leading to placental insufficiency and fetal distress

Explore how SARS-CoV-2 whole genome sequencing using the QIAseq Direct SARS-CoV-2 Kit helped identify a mutated strain of the SARS-CoV-2 alpha variant in a study on the links between acute SARS-CoV-2 alpha variant infection and placental insufficiency and fetal distress.

Reference: Dumont, S., Balduyck, J., Reynders, M., Vanwalleghem, L. and Lebbe, B. (2021) Acute SARS-CoV-2 alpha variant infection leading to placental insufficiency and fetal distress.

QIAseq technology shown to be among the most effective for SARS-CoV-2 whole genome sequencing

A recent study evaluating different SARS-CoV-2 whole genome sequencing methods revealed that the QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel enabled preferential amplification of the SARS-CoV-2 genome by up to 100-fold and ensured high coverage.

Reference: Liu et al. (2020) A benchmarking study of SARS-CoV-2 whole-genome sequencing protocols using COVID-19 patient samples.

Tracking mutations in SARS-CoV-2 RNA using QIAseq technology

Discover how the QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel helped reveal a bird’s eye view on the accumulation of mutations in the SARS-CoV-2 genome in this study from Eastern India.

Reference: Maitra, A. et al. (2020) Mutations in SARS-CoV-2 viral RNA identified in Eastern India: Possible implications for the ongoing outbreak in India and impact on viral structure and host susceptibility

Altered microRNA expression in COVID-19 patients enables identification of SARS-CoV-2 infection

Read about how the QIAseq miRNA Library Kit and QIAseq miRNA NGS 48 Index IL helped determine altered miRNA expression in COVID-19 patients leading to the development of a development of a robust miRNA biomarker signature of COVID-19.

Reference: Farr, R. et al. (2021) Altered microRNA expression in COVID-19 patients enables identification of SARS-CoV-2 infection
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進行中のサーベイランス、監視および検査の取り組みを補完するため、ウイルスのシークエンシングを増やすことを呼びかける
世界保健機関、事務局長

ウェビナーをご覧ください

SARS-CoV-2サーベイランスを超えて：次世代シークエンシングは、下水ベースの疫学をいかにしてサポートできるか？
SARS-CoV-2サーベイランスを超えて：次世代シークエンシングは、下水ベースの疫学をいかにしてサポートできるか？
講演者：Davida Smyth, Ph.D., Associate Professor of Microbiology Texas A&M University San Antonio, Texas
登録はこちら
新しいハイスループットNGSソリューションにより、SARS-CoV-2ゲノムサーベイランスを加速する
新しいハイスループットNGSソリューションにより、SARS-CoV-2ゲノムサーベイランスを加速する
講演者：Brian Dugan, M.S., Associate Director, Global Product Management, Genomics, QIAGEN and Fernando Spilki, Ph.D., Feevale University, Novo Hamburgo, Brazil
登録はこちら
新たに出現したSARS-CoV-2のB.1.1.7およびB.1.351株のハイスループットゲノムサーベイランスを可能にする
新たに出現したSARS-CoV-2のB.1.1.7およびB.1.351株のハイスループットゲノムサーベイランスを可能にする
講演者： Brian Dugan, M.S., Associate Director, Global Product Management, Genomics, QIAGEN and Shawn Prince, B.S., Senior Field Application Scientist, Bioinformatics, QIAGEN
登録はこちら
SARS-CoV-2メタトランスクリプトミクスへの洞察を深める
当社の革新的なNGSソリューションがいかにして、SARS-CoV-2メタトランスクリプトミクス研究におけるRNAシークエンシングの感度を向上させることができるのかご紹介します。
新しい発見

より深い情報

SARS-CoV-2全ゲノムシークエンシングサービス
SARS-CoV-2全ゲノムシークエンシングサービス
当社の総合的なSARS-CoV-2全ゲノムシークエンシングサービスを利用することで、SARS-CoV-2ゲノムサーベイランスの取り組みを強化できるかもしれません。QIAGENから期待される専門技術とカスタム受託サービスをご利用いただくことで、お客様の貴重な時間を有効活用頂けます。
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簡単なSARS-CoV-2配列データ解析
簡単なSARS-CoV-2配列データ解析
統合されたバイオインフォマティクス製品でSARS-CoV-2シークエンシングデータを解明しましょう。直観的で使いやすいQIAGEN CLC Genomics Workbenchは、複数の変異株由来のリードを同時に可視化および比較することを可能にします。新しいQIAGEN CoV-2 Insights Serviceは、検出されているSARS-CoV-2変異株と系統樹、分析、報告のための低コストで高度な拡張性を持つクラウドインフラストラクチャーを提供できる受託サービスです。SARS-CoV-2ゲノムサーベイランス向けの当社の総合的バイオインフォマティクスソリューションにより、系統発生学的分析からメタゲノム解析に至るまで、影響力のある洞察を加速させましょう。
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写真はすべてCOVID-19が流行する前に撮影されたものです
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