QIAamp DNA FFPE Advanced Kits

ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織からの次世代DNA分離向け

Products

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitsは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。

QIAamp DNA FFPE Advanced Kit (50)

Cat. No. / ID: 56604

For 50 preps: QIAamp UCP MinElute Columns, collection tubes, Deparaffinization Solution, Proteinase K, RNase A, RNase-free water and buffers

HK$3,590.00

数量

QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kit (50)

Cat. No. / ID: 56704

For 50 preps: Uracil-N-glycosylase, QIAamp UCP MinElute columns, collection tubes, Deparaffinization Solution, Proteinase K, RNase A, RNase-free water and buffers

HK$4,040.00

数量

Uracil-N-Glycosylase (2 x 1 ml)

Cat. No. / ID: 19160

50 preps: For use with QIAGEN DNA FFPE UNG kits

HK$1,980.00

数量

特徴

増幅可能なDNAの高回収率
キシレンなどの溶媒不要でパラフィン除去
DNA精製時のウラシル（シトシンの脱アミノ化）－ウラシル-N-グリコシラーゼ（UNG）を使用したアーチファクト除去ステップ
PCR、デジタルPCR（dPCR）、次世代シーケンサー（NGS）にすぐに使えるDNA精製

製品詳細

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitのキシレンフリー、洗浄不要の脱パラフィン、二重溶解プロトコール、UCP（ウルトラクリーン下での生産）スピンカラム技術により、FFPE組織から高品質なDNAの回収率を向上させます。

NGS解析向けに回収したDNAを最適化するために、キットのオプションであるUNG処理で核酸の C→U 置換を除去。

QIAamp DNA FFPE Advancedプロトコールは、QIAcube Connectで自動化できます。

パフォーマンス

FFPEのDNA定量の特徴の1つは、さまざまな方法が異なる結果を生み、高いUV-visや蛍光分析値が必ずしも良好なPCRパフォーマンスを意味しないことです。

リアルタイムPCRまたは定量PCR（qPCR）は、FFPEのダウンストリームに最もよく使われるアプリケーションの1つであり、QIAamp DNA FFPE Advanced Kitは、qPCR用に最適化されています。

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitは、UV-visまたは蛍光測定で得られた値に関わりなく、qPCR定量測定で他の製品よりも優れたPCRパフォーマンスを一貫して示しました（図「 PCRパフォーマンス用に最適化」を参照）。

QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kitは、NGS解析で使用するDNAの精製に適しています。FFPEサンプルではありがちな、シトシンの脱アミノ化で生じる人為的なC→T/G→A置換に対処しているからです。（「人為的 C→T/G→A 置換」を参照）。

QIAamp DNA FFPE Advanced UNGプロトコールは、DNA分離時にUNGを使用したウラシル処理を行うことでNGSにおける一塩基変異（SNV）の偽陽性報告を低減します（図「人為的 C→T | G→A 置換の劇的な減少」を参照）。

図参照

Optimized for PCR performance.

Artificial C→T/G→A transitions.

Dramatic reduction in artifactual C→T | G→A transitions.

原理

FFPE組織からDNAを精製する上で3つの大きな課題があります。

FFPE組織からDNAを精製する上で3つの大きな課題があります。
ホルマリンによる架橋のため、DNAが増幅されないこと
脱アミノ酸シトシンのアーチファクトは、変異解析用のNGSに誤った結果をもたらす

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitは、2つの方法で限られたサンプルからDNA収量を最大限、引き出します：

2段階の溶解手順を実施して、溶解しにくいサンプルからも高レベルのDNA抽出を実現
溶媒によるパラフィン除去を、Deparaffinization Solutionに交換し、初期溶解前の洗浄段階が不要となり、希少なサンプルを失うリスクを最小限に

架橋の除去により、増幅可能なDNAの収率をさらに向上させます（図「 PCRパフォーマンス用に最適化」を参照）。

2回目の溶解前にオプションでUNG処理を行うことにより、シトシンの脱アミノ化によるアーチファクトを除去し、NGS解析に特に適したDNAを得ることができます（表「 NGS用にプライミング」ならびに図「信頼性の高いdPCRとNGSの結果」、「人為的 C→T | G→A 置換の劇的減少」を参照）。

図参照

Optimized for PCR performance.

Primed for NGS.

Reliable dPCR and NGS results.

Dramatic reduction in artifactual C→T | G→A transitions.

操作手順

QIAamp DNA FFPE Advancedの手順は、簡易化された脱パラフィンステップ、2つの溶解ステップとして脱架橋処理とオプションのアーチファクト除去、そして標準的な結合－洗浄－溶出ステップで構成されています（図「 QIAamp DNA FFPE Advancedワークフロー」を参照）。

図参照

QIAamp DNA FFPE Advanced workflow.

アプリケーション

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitを使用したFFPEからのDNA精製は、PCR、dPCR、NGSにすぐに使用することができます。または−30～−15℃で保存することも可能です。

裏付けデータと数値

QIAamp DNA FFPE Advanced workflow.

The QIAamp DNA FFPE Advanced procedure removes paraffin without the tediousness of multiple wash steps, by using Deparaffinization Solution instead of xylene or any other solvent.

Lysis is done with Proteinase K. Cross-links are removed by heat incubation at 90°C for 1 hour. Artifacts can be removed with UNG.

RNA is then digested, and the sample is lysed a second time to increase DNA recovery.

DNA is bound with the QIAamp UCP MinElute spin column. Contaminants are washed off using Buffer AW1, Buffer AW2 and ethanol, and DNA is eluted in Buffer ATE.

Specifications

Features	Specifications
ApplicationsJA	PCR, digital PCR, next-generation sequencing
Elution volume	20–100 µl
Format	Spin column
Main sample type	Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue samples
Processing	Manual or automated with the QIAcube Connect
Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or protein	Genomic DNA
Sample amount	Tissue sections, each with a thickness of 5–10 µm, for a total volume of 4 mm³
Technology	Silica technology

リソース

Sample to Insight solutions for successful molecular analysis

Critical factors for molecular analysis of FFPE samples

For QIAamp DNA FFPE Advanced Kit (cat. no. 56604)

For QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kit (cat. no. 56704)

Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.

FAQ

DNA from FFPE samples is often fragmented, yielding DNA with a broad size distribution depending on multiple factors such as fixation and storage conditions.

The QIAamp DNA FFPE Advanced Kits provide an optimized workflow for extraction of DNA for use in short amplicon PCR, dPCR and next-generation sequencing analysis using targeted DNA panels.
In case FFFPE samples are of high quality and allow the extraction of more intact DNA we offer a supplementary protocol for downstream applications that require larger DNA fragments. These applications include for instance large amplicon PCR (>0,5kb) and long read DNA sequencing.
High DNA integrity can be presumed if formalin fixation was less than 24 hours and the sample has been stored at low temperature (4-8°C or - 20°C) or for a short period of time (e.g. up to a few weeks). For these samples the Supplementary Protocol “extraction of more intact DNA from FFPE tissue material using the QIAamp DNA FFPE Advanced Kits with Buffer LF” is suitable as it protects and best preserves the DNA size distribution present in the original FFPE sample during DNA extraction.
Please contact TechService to inquire about the supplementary protocol and the availability of Buffer LF.

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A temperature range of 56°C - 68°C works fine for the second Proteinase K lysis step. However, we recommend following the instructions in the QIAamp DNA FFPE Advanced Handbooks and perform the second lysis step at 65°C.

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Buffer FTB provides optimized lysis conditions, and additionally allows the specific removal of deaminated cytosine residues by the enzyme Uracil-N-Glycosylase (UNG) in the QIAamp DNA FFPE Advanced UNG workflow.

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The 2nd Proteinase K step improves lysis efficiency and yields, in particular for difficult-to-lyse tissue material. Hence, omission of this step may result in decreased yields.

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Size distribution of the extracted DNA can vary significantly and first and foremost strongly depends on the DNA quality present in the original FFPE sample. Formalin-fixation, paraffin-embedding and storage conditions are factors that affect the DNA size distribution and may cause significant fragmentation of nucleic acids. To limit the extent of nucleic acid fragmentation, be sure to:

Fix tissue samples in 4%–10% formalin as quickly as possible after surgical removal.
Use a fixation time of 14–24 h (longer fixation times lead to more severe DNA fragmentation, resulting in poor performance in downstream assays).
Thoroughly dehydrate samples prior to embedding (residual formalin can inhibit proteinase K digestion)
Store FFPE tissue samples at 4-8°C

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After 90°C incubation for cross-link removal sample lysates can be stored at 4-8°C for up to one week and at -20°C or -80°c for up to 4 weeks. The upper blue phase of Deparaffinization Solution should be removed before storage. Before proceeding with the workflow after storage thaw frozen samples at room temperature for 30 minutes or allow refrigerated (4-8°C) samples to equilibrate to room temperature for 15-30 minutes.

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If it is more convenient either the first or the second Proteinase K lysis step in the QIAamp DNA FFPE Advanced workflow can be performed overnight. This will not affect the DNA quality but also not increase yields.

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