Enzymes, NGS, Caucasian female in wheelchair pipetting with a Black male and Asian female in background. Laboratory setting
分子生物学用酵素

反応系のクリーンアップ＆収量改善

この優れた清掃係は、磨き、切り取り、きれいに整えます

試薬や反応物が残っていると、ダウンストリームプロセスの妨げになることがあります。次のステップに進む前に、適切な酵素調製物を用いてサンプルをクリーンアップしてください。あまり知られていない添加剤で増幅と転写をスピードアップし、強化します。 

開裂用酵素と残留試薬のクリーンアップ

エキソヌクレアーゼI、DNase I、RNase A、プロテアーゼによるDNAサンプルの酵素クリーンアップ により、SNP解析、次世代シークエンシング、サンガーDNAシークエンシング、その他のダウンストリーム解析前に残存するプライマーやヌクレオチド、酵素を除去します。 

TAGZyme DAPase酵素 とTAGZymeシステムにて、固有のDAPaseストップポイントを含むタンパク質（TAGZyme pQE-2ベクターを用いて発現）、またはエンジニアリンググルタミンストップポイントを含むタンパク質からHis-tagを除去します。

酵素   活性 アプリケーション
X8010L
Exonuclease I		 近日発売 エキソヌクレアーゼIは一本鎖DNAを3’→5’
方向に切断し、5’-モノ/ジヌクレオチドを遊離して、
二本鎖DNA分子と5’-末端
はそのまま残します。消化は、
3’-末端のリン酸の存在によって阻害されます。

  • SNP解析やサンガーDNAシークエンシングの前に、PCR反応で一本鎖プライマーを除去
  • ネステッドPCR反応用の一本鎖プライマーを除去
  • 直線状の一本鎖DNAを除去し、二本
    鎖DNAをサンプルに残す
79254
RNase-free DNase
（1500 Kunitz単位）
DNAを非特異的に開裂し、末端が5’-リン酸化
および3’-ヒドロキシ化した
ジ、トリ、オリゴヌクレオチド生成物を放出するエンドヌクレアーゼ。ssDNA、dsDNA、
クロマチン、RNA：DNAハイブリッドに作用します

  • RNAクリーンアップと濃縮前のRNA溶液から汚染DNAを除去
  • タンパク質サンプルからDNAを除去
  • 標識塩基を
    DNAに組み込むための最初のステップとしてのDNAニッキング
  • DNA-タンパク質相互作用解析（フットプリンティングアッセイ）
19101
RNase A
ssRNAをCおよびU残基で分解するエンドリボヌクレアーゼ
  • プラスミドとゲノム
    DNA調製物から汚染RNAを除去
  • 組換えタンパク質調製物からRNAを除去
  • DNAやRNAの一塩基突然変異のマッピング
    （RNase保護アッセイ）
19131
Proteinase K
QIAGENの Proteinase Kは、
腐生菌Tritirachium albumから分離したサブチリシン型プロテアーゼです。
  • DNAおよびRNA分離手法におけるプロテアーゼ消化
  • Proteinase Kは高い比活性を有し、
    幅広い温度とpH値で安定であり、
    EDTAに阻害されず、短い消化時間に適しています。
19155
Protease
QIAGEN のProteaseは、
組換えBacillus株から分離したセリンプロテアーゼで、
Proteinase Kの経済的な代替品です
さまざまなソースから天然DNAおよびRNAを分離する際のプロテアーゼ消化
34362
TAGzyme DAPase
Enyzme
TAGZyme DAPase（組み換えジペプチジルペプチダーゼI）
  • TAGZyme pQEベクターを使用して発現した
    「ストップポイント」まで、N末端Hisタグからジペプチドを順次除去します
  • Hisタグフリータンパク質の生産：
    • タンパク質の構造解析用
    • 治療用タンパク質

収量を改善

増幅反応やシークエンシング反応に、DNA結合タンパク質を使用すると、テンプレートの収量と品質が向上する可能性があります。バクテリオファージT4（T4gp32）由来のDNA結合タンパク質であるT4ジーン32タンパク質は、多くの多様なテンプレートでPCR増幅効率を高めます。また、E. coliの一本鎖DNA結合タンパク質（SSB）をDNAシークエンシング反応に用いると、シークエンシングランの分解能が向上します。

RNA調製物の反応に不可欠な無機ピロホスファターゼで処理すると、in vitro転写速度をあげることができます。この酵素はピロリン酸を2つのリン酸分子に開裂し、ピロリン酸がマグネシウムで沈殿するのを防ぎます。

試薬   活性 アプリケーション
Y9030L
E. coli ssDNA結合
タンパク質		 近日発売 一本鎖DNAに高い特異性で結合、
熱安定性
  • プライマー隔離に有用
  • PCRの特異性向上に有用
  • 問題のある
    DNAテンプレートのシークエンシング有効化に有用
Y9130L
T4 Gene 32 Protein		 近日発売
 ssDNA領域を安定化

一部のDNAポリメラーゼのプロセシビティを向上
Y9380L
E. coli pyrophosphatase		 近日発売

無機ピロリン酸の加水分解を触媒し、オルトリン酸を生成する無機ピロホスファターゼ*
  • 転写反応のRNA収量を増加
  • DNA複製を促進
Y9370L
Thermostable
pyrophosphatase		 近日発売
 熱安定性ピロホスファターゼは、
無機ピロリン酸塩を加水分解したものを触媒してオルトリン酸を生成する Sulfolobus acidocaldarius 由来の
組換え酵素です†

PCRにおけるDNA複製の促進に有用

UDG鎖の開裂

UDGを介した鎖開裂は、分子バイオテクノロジーの重要なツールであり、化学的または酵素的に合成した一本鎖および二本鎖DNAを、デオキシウリジンの1回または複数回の取り込みによって制御し、位置特異的に開裂することができます。 

NGSの前にアーチファクトを除去
NGSの前にアーチファクトを除去
UDG処理は、FFPE腫瘍組織からウラシル（脱アミノ化シトシン）アーチファクトを除去し、次世代シークエンシング前の古いDNAのアーチファクトを低減します。 
PCR時の「キャリーオーバー」コンタミネーションを除去
PCR時の「キャリーオーバー」コンタミネーションを除去
熱不安定UDGは、一次反応でdUTPをdTTPに置き換えることによって、PCR産物が分解されやすくなった場合のPCR“キャリーオーバー”を排除します。
ウラシル残基にギャップを生成
ウラシル残基にギャップを生成
10x Uracil Cleavage System酵素混合物は、デオキシウリジン残基の特定の位置に一塩基ギャップを生成できます。
UDG処理は、シークエンスのアーチファクトを低減し、PCRキャリーオーバーを排除し、DNAに特異的ギャップを生成できます。
 酵素   活性 アプリケーション

19160, G5010L
Uracil DNA
Glycosylase (UDG)

G5020L
Thermolabile UDG

 近日発売
 ウラシルDNAグリコシラーゼ（UDG）は、塩基除去
修復に関与し、ウラシルを含むDNAに脱塩基部位を形成し、
ウラシルを含むDNAを分解します

  • UDGによるDNAの前処理は、次世代シークエンシングやその他の
    方法による
    突然変異の検出の際におけるDNAアーチファクトを低減し、実際の突然変異の検出能力には影響を及ぼしません。

  • FFPE
    プレップからウラシル（脱アミノ化シトシン）アーチファクトを除去します

  • 熱不安定UDGは、
    一次PCR反応ミックスでdUTPの代わりにdTTPを使用する場合、PCR“キャリーオーバー”
    コンタミネーションの除去に使用できます。

Y9180L
10X Uracil Cleavage
System		 近日発売
 このシステムは、ウラシル
DNAグリコシラーゼとエンドヌクレアーゼVIIIの2つの酵素成分で構成されています。合成DNA
断片がデオキシウラシルを含む反応にこの酵素
を連続的に添加すると、ウラシル残基の位置に一塩基のギャップ
が生成されます
  • in vitroでウラシルヌクレオチドギャップを酵素的に生成
  • UDGは
    RNA基質からウラシルを切り出さないDNA特異的な酵素です。デオキシウリジン
    ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドへのターゲット取り込みは、DNA：RNAハイブリッドからDNAのセクション
    またはDNAテンプレートを特異的に開裂するための
    酵素システムで使用できます。
Y9080L
Endonuclease VIII		 近日発売
 エンドヌクレアーゼVIIIは、N-グリコシラーゼ
（酸化的塩基損傷の除去）とAPリアーゼ（
その後のホスホジエステル骨格の開裂）の両方の機能を持ち、5’末端と3’末端に
リン酸基を残します。酸化的に生成されたDNA損傷の塩基
除去修復に関与しています 
  • 二本鎖DNAから損傷したピリミジンを切除します
  • 単細胞ゲル
    電気泳動によるDNA損傷の測定に使用（コメットアッセイ）
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アーチファクトの低減と反応クリーンアップに関してよくある質問

UDGとエンドヌクレアーゼで処理すると、どのようにDNAにギャップができるのですか？

ウラシルDNAグリコシラーゼはウラシル塩基を認識し、N-グリコシド結合を開裂してDNAからウラシルを除去し、その結果、脱塩基部位（AP部位）が形成されます。in vivoで、UDGは、脱塩基部位に対してはるかに高い親和性を示す特異的エンドヌクレアーゼに置き換わるまで、AP部位に結合したままです。エンドヌクレアーゼVIIIやエンドヌクレアーゼIIIのような酵素は、AP部位のホスホジエステル骨格3’や5’の開裂を触媒するAP-リアーゼ活性を有しており、塩基を含まないデオキシリボースを放出し、単一ヌクレオチドギャップを生成します。

E. coli一本鎖DNA結合タンパク質は、どのようにしてDNAの収量を向上させるのですか？

一本鎖DNA結合タンパク質（SSB）は、一本鎖DNAに優先的に結合し、18.9 kDaの4つの同一サブユニットの四量体を形成し、8～16ヌクレオチドを保護しますが、二本鎖DNAとはあまり結合しません。自然界では、SSBはDNAの複製だけでなく、組換えや修復機能にも関与しています。in vitroで、SSBはDNAの二次構造を緩和し、酵素のプロセシビティを高めることにより、ある種のDNAポリメラーゼを介した反応を刺激することが明らかにされています。
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