illustration of people in lab coats working on dna

PCR

細胞株エンジニアリング

CRISPRおよびその他細胞エンジニアリング技術の進歩にもかかわらず、出発細胞から改良細胞を得るまでの道のりは依然として長く、扱いにくいものです。細胞株開発ワークフローを改善・加速させながら、ゲノムに対する意図しない変化を発見できる方法があるとしたらどう思いますか？

概要

細胞株エンジニアリングの脆弱性
  • 遺伝子編集技術の成功率は低いことから、編集に成功したクローンのスクリーニングと編集の特性解析には完了まで数か月を要することがあります。
  • 遺伝子編集、ウイルス形質導入、またはルーチンのトランスフェクションでさえも染色体再構築や構造変異などのオフターゲットの影響を生じさせる可能性があり、核型分析やFISH法などの古典的な手法では見過ごされることがしばしばあります。
1週間を要するもの：
1週間を要するもの：
  • トランスフェクション
  • 形質導入
  • CRISPR遺伝子編集
数か月を要するもの：
数か月を要するもの：
  • クローン選別
  • サンガーシークエンシング
  • qPCRバリデーション
  • 遺伝子発現解析
CRISPR and Quantinova Kits
数週間を要するもの：
数週間を要するもの：
  • ゲノム完全性評価
  • オフターゲット解析
  • RNAシークエンシング
Epitect HI-C Kit
品質のためにスピードを犠牲にしないでください – クローン選別および細胞株特性解析ワークフローで品質とスピードの両方を実現します
Cell line developement benefits illustration

クローン選別と濃縮

CRISPRスクリーニングに何週間もかかりきりになっていませんか？

CRISPR遺伝子編集の特性解析から不要な作業を削減しましょう。動画でその方法をご覧ください。


CRISPR遺伝子編集をより迅速かつ容易に特性解析する方法
目的のクローンに3倍の速さで到達

わずか10 cells/µL から3日間でCRISPR遺伝子編集を特性解析

フライヤーをチェックする
hands in blue gloves marking petri dish
遺伝子発現解析 – QuantiNova PCRを用いて転写産物レベルで遺伝子編集をバリデーション
person working in lab
細胞から直接qPCRを実施

最小限の時間と労力で目的のクローンを同定します。

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クローン選抜ワークフローをスピードアップしませんか？
専用ページでQIAprep&amp CRISPR KitおよびQuantiNova one-step RT-qPCRソリューションの詳細をご覧ください。
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細胞株特性解析

5日以内にゲノムの真の状態を明らかに
改変細胞内の意図しないゲノムの変化を見つけるシンプルでありながらエレガントなアプローチを動画でご覧ください。
細胞株開発の初期段階で染色体変異を特定
核型分析やFISH法ではなくEpiTect Hi-Cを選ぶ理由 

従来の方法と比較して、 EpiTect Hi-Cは10倍鮮明なゲノム画像を提供して、染色体再配列や構造変異などゲノム情報のブラインドスポットを明らかにします。  詳しくはフライヤーをご覧ください。 

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beware of blind spots illustration
細胞内に潜む意図しない変化の先を行く
EpiTect Hi-Cについては専用ページをご覧ください。
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FAQ

CRISPRスクリーニング
コーティングされた培養皿の上で培養細胞を処理するときに考慮すべきことはありますか？ポリ-L-リジンなどのコーティング剤を除去または低減するには追加の精製手順が必要ですか？
QIAprep&amp CRISPRキットを用いたサンプル調製とターゲット増幅はコーティング剤の影響を受けません。QIAprep&amp CRISPRおよびCRISPR-Q Custom KitsハンドブックのAppendix Cに追加情報と試験済みのコーテイング剤の一覧が記載されています。
ポリブレンを用いて形質導入した細胞を取り扱う際に考慮すべきことはありますか？
QIAprep&amp CRISPR Kitに含まれるAllTaq PCRケミストリーは阻害物質に対して非常に堅牢です。サンプル調製に影響が及ぶことはなく、PCR反応は最大1 µg/mLの阻害物質耐性があります。
新しいCRISPR PCR AssaysをQIAcuityでのデジタルPCR（dPCR）に使用できますか？データまたはプロトコールはありますか？
CRISPR-Q Custom PCR AssayはdPCR用ではありません。標準的なサイクラーを使用する従来のPCR分析用で、PCR生成物はQIAxcelまたはゲル上で分析します。CRISPR-Q Custom PCR Assayには切断部位を挟む2つのプライマーが含まれます。目的は、クローンの迅速なPCRチェックと次に続くサンガーシークエンシングのためのテンプレートの調製です。サンガーシークエンシングには、対応するCRISPR-Q Sanger Primerを使用します。編集イベントをチェックするためのdPCRはサンガーシークエンシングの代替案であり、イベントに特異的なものになります。
EpiTect Hi-C
EpiTect Hi-Cワークフローに停止点はありますか？
はい。Hi-Cワークフローパート1のHi-C消化、Hi-C末端標識、Hi-Cライゲーション、またはクロマチン脱架橋結合手順の後、サンプルを-25℃～-15℃で保管して後日手順を再開することができます。
サンプルに対して推奨範囲を外れる量の材料を投入するとどのような影響がありますか？
サンプルあたり5 x 103個および2.5 x 106個（30 ng–15 µg DNAに相当）の範囲を超えるヒト細胞またはマウス細胞を投入すると、結果として得られる次世代シークエンシング（NGS）ライブラリの品質に影響が及ぶ危険があり、内向き（FR）シーケンスリードバイアス、末端の未ライゲーション、再ライゲーションされた隣接する制限酵素断片を含むリードペアの割合が増える可能性があります。
以前に架橋、凍結した細胞（ChIPまたはChIP-seq実験用など）をEpiTect Hi-Cプロトコールの投入材料として使用できますか？
はい。ただし、細胞は1%ホルムアルデヒドで架橋したもので、冷凍期間は6ヶ月以下でなければなりません。
どのプラットフォームでシークエンシングを実行できますか？
EpiTect Hi-Cシークエンシングライブラリはすべてのイルミナシークエンシングプラットフォームで使用できます。
EpiTect Hi-C実験の結果の解析に自身のパイプラインを使用できますか？
はい。自身での解析には次の追加情報が必要です。EpiTect Hi-C Kitで使用するエンドヌクレアーゼはGATC部位で切断します。Hi-Cライゲーションの後に生成されるHi-C結合モチーフ（またはタグ）はGATCGATC配列で構成されます。
EpiTect Hi-C NGSライブラリのシーケンスリード長はいくつにするべきですか？
IlluminaシークエンサーでのEpiTect Hi-Cライブラリのシークエンスに使用できるリード長は36–150 bpです。しかし、リード長に伴いマッピング性は向上することから、最適な結果を得るには2 x 150 bpのシークエンシングリードをお勧めします。
EpiTect Hi-C Kitの付属サービスとしてデータ解析を提供していますか？
はい。QIAGENのHi-C Analysis（qiagen.com）のGeneGlobe Data Analysis Centerにオンラインでアクセスして、EpiTect Hi-C Data Analysis Portalでデータを解析できます。
QuantiNova RT-PCR Kit
QuantiNova RT-qPCR Kitを使用して直接溶解した培養細胞を解析するために特別な機器が必要ですか？
一般的な実験室機器とリアルタイムサイクラーがその手順に適しています。SYBR Green法またはプローブ法によるmRNAの検出に適切なアッセイは、GeneGlobeのQuantiNova LNA Assays からお選びいただけます。
ダイレクトPCRで編集した遺伝子の発現レベルを確認するにはいくつの細胞が必要ですか？
QuantiNova one-step RT-qPCRキットは1細胞からでもmRNAを検出できます。しかし、適切な細胞数を選択するには、編集した対象遺伝子の予測含有量を考慮する必要があります。1つのPCR反応容器につき最大2000個の細胞を推奨します。
どの細胞株が直接溶解とRT-qPCRに適していますか？
さまざまな細胞株が記載のダイレクトPCRプロトコールで問題なく使用されています。一般に使用されるすべての細胞株はこの手順に適していると考えられます。
直接溶解やRT-qPCRを実行する前に細胞を洗浄する必要がありますか？
はい。細胞外物質ならびに死細胞由来の細胞破片および細胞内物質（RNA、RNase、プロテアーゼなど）が細胞培養用培地に放出されてRT-PCRに干渉する可能性があります。細胞培養用培地で細胞を洗浄してこれらを除去することを強く推奨します。
RT-PCR反応液を氷上にセットアップする必要がありますか？
いいえ。QuantiNova qRT-PCR Kitは2段階の1ステップqRT-PCRを採用しています。室温では逆転写酵素とTaqポリメラーゼの両方が不活性状態であり、性能を妨げることなく簡便に室温でのセットアップが可能です。