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Cat. No. / ID: 51704
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全メタゲノムのショットガンシークエンシング実験において宿主ゲノムに由来するリードの割合が高い場合、高性能なバイオインフォマティックス・ツールを利用した場合でさえ、細菌データベースの適切なアセンブリに時間も人手もかかってしまいます。QIAamp DNA Microbiome Kit は、全メタゲノムのショットガンシークエンシング用にサンプル中の宿主DNA を除去した細菌由来のDNA が濃縮されたサンプルを提供します。ヒト口腔スワブからQIAampDNA Microbiome Kit、あるいは他の2 社製品を用いてDNA 調製し、分離したDNA を用いて全メタゲノムのショットガンシークエンシングを実施したリード結果を比較しました。 ヒトDNAに由来するリードの割合は、QIAamp DNA Microbiome Kit を用いて調製したサンプルのシークエンシングにおいて5%以下であり、他社の宿主由来のDNA 除去がないキットで90%以上、DNA 除去を含むキットで35%という結果と比較して大幅に抑えられました。 次の実験では、サンプルに既知の培養細菌を添加しました。宿主由来のDNA 除去がない製品に比べて、本キットでは添加した細菌のDNA がより正確な組成比で回収できました(図 効果的な宿主由来のDNA 除去による全メタゲノム・ショットガンシークエンシング結果の向上)。
16S rDNA シークエンシングにおける増幅改善
16S rDNA シークエンシングは細菌群における相対的な構成パターンを同定するために一般的に使用されています。3種類の他社精製キットと比較した場合、QIAamp DNA Microbiome Kitは、口腔スワブから精製したDNA におけるV4 領域の最も効果的な増幅を実現します(図 16S rDNA の効率的な増幅およびシークエンシング)。QIAamp DNA Microbiome Kit を用いて精製した2 サンプルから増幅したV4 領域のシークエンシング結果は、ヒト口腔マイクロバイオームで予測した細菌の構成パターンを示しました。
至適化済みの細胞溶解でサンプル調製によるバイアスを最小限化
QIAamp DNA Microbiome Kitは混合サンプルからマイクロバイオーム由来のDNAを精製および濃縮し、以下のような高感度なダウンストリーム・アプリケーションに使用できます: