PCR의 새로운 절댓값 – 디지털 PCR

요약하면, 디지털 PCR은 희귀 서열, 복제수 변이, 미생물 표적의 검출, 액체 생검을 포함한 희귀 돌연변이 정량화, 단세포 분석, 바이러스 부하 측정, 유전자 발현 분석, 차세대 염기서열 분석(Next-Generation Sequencing, NGS) 라이브러리 및 기타 다양한 항목의 정량화에 사용됩니다.

PCR과 디지털 PCR의 차이점은 end-point 또는 기존 PCR은 정성 또는 반정량 분석을 제공하는 반면 dPCR은 절대 정량화를 제공한다는 것입니다. 디지털 PCR은 더 빠르고 정확하며 재현 가능하고 멀티플렉싱 기능을 제공하지만 초기에 더 많은 투자가 필요합니다.

디지털 PCR의 장점으로는 표준 또는 참조 곡선이 없는 절대 표적 정량화, PCR 억제제에 대한 높은 내성, 특히 여러 실험실에서 작은 변화를 감지하는 데 필요한 높은 정밀도, 높은 민감도, 낮은 검출 한계, 높은 재현성이 포함됩니다.

디지털 PCR의 단점은 qPCR보다 동적 범위가 약간 좁다는 것입니다. 이 방법은 대형 앰플리콘에는 적합하지 않습니다.

QIAcuity 기기 소프트웨어는 밀봉되지 않은 플레이트를 읽고 처리할 수 없습니다. 연습 실행을 하려면 밀봉된 플레이트를 사용하고 QIAcuity Software Suite에서 이 플레이트를 설정하세요.

디지털 PCR의 정확도는 dPCR 시스템 및 응용 분야에 따라 다릅니다. dPCR vs qPCR의 정밀도 및 민감도에 대한 비교 연구에서는 dPCR에서 복제물의 표준 편차가 3배까지 감소하는 것으로 나타났습니다. 돌연변이 검출 민감도 측면에서 qPCR은 돌연변이율 10%에서, dPCR은 돌연변이율 0.1%에서 신뢰할 수 있는 정량화를 수행하지 못합니다.

바이너리(binary) 켜기/끄기 또는 예/아니요 결과를 얻을 수 있기 때문에 디지털 PCR이라고 합니다. 디지털 분석에서는 가능성의 범위가 아닌 두 가지 신호를 통해 구분만 가능합니다. 따라서 결과가 50가지 회색 음영이 아니라 검정 또는 흰색으로 나뉩니다. 특히 디지털 PCR의 경우 센서는 양성 분획과 음성 분획을 구분하여 표적이 해당 분획에 있는지에 대해 예 또는 아니요로 응답을 제공합니다.

QIAGEN의 QIAcuity 디지털 PCR 시스템은 나노플레이트 기반 기술로 개발되어 미세 방울 디지털 PCR(ddPCR) 기술에 비해 상당한 이점을 제공합니다. dPCR 나노플레이트에 통합된 고정 분획 방식은 ddPCR 방법에서 관찰되는 크기 변이와 병합이 발생하지 않도록 합니다. 또한 나노플레이트내 샘플의 모든 파티션들을 동시에 판독함으로써 판독 속도가 더 빨라집니다. 나노플레이트는 qPCR처럼 사용자 친화적이며 피펫팅하기에 용이할 뿐만 아니라 front-end 자동화 또한 가능합니다. 가장 중요한 것은, 올바르게 밀봉된 나노플레이트는 샘플의 증발과 웰 간 오염을 방지한다는 것입니다. 분획, 서모사이클링 및 이미징 기능이 모두 완전히 자동화된 기기에 통합되어 있어 두 시간 이내에 결과를 제공합니다. 이에 비해 다른 몇몇 디지털 PCR 시스템의 경우 네 시간 이상이 소요됩니다. 또한 확장 가능한 구성과 더 높은 멀티플렉스 기능은 QIAcuity 디지털 PCR을 모든 종류의 실험실 및 애플리케이션 분야의 요구 사항에 쉽게 적용할 수 있습니다. QIAcuity Software Suite를 사용하여 디지털 PCR 실험, 샘플 및 반응 혼합물을 정의하고 나노플레이트에 할당한 다음 QIAcuity 기기로 전송할 수 있습니다. 실행 후 데이터를 분석하고 보고서를 생성하며 원격 분석을 위해 데이터를 내보낼 수 있습니다.

QIAcuity 기기 소프트웨어는 밀봉이 없는 플레이트는 판독 및 처리할 수 없습니다. 연습 실행을 하려면 밀봉된 플레이트를 사용하고 QIAcuity Software Suite에서 이 플레이트를 설정하세요.

QIAGEN의 QIAcuity 디지털 PCR 시스템은 나노플레이트 기반 기술로 개발되어 미세 방울 디지털 PCR(ddPCR) 기술에 비해 상당한 이점을 제공합니다. dPCR 나노플레이트에 통합된 고정 분획 방식은 ddPCR 방법에서 관찰되는 크기 변이와 병합이 발생하지 않도록 합니다. 또한 나노플레이트내 샘플의 모든 파티션들을 동시에 판독함으로써 판독 속도가 더 빨라집니다. 나노플레이트는 qPCR처럼 사용자 친화적이며 피펫팅하기에 용이할 뿐만 아니라 front-end 자동화 또한 가능합니다. 가장 중요한 것은, 올바르게 밀봉된 나노플레이트는 샘플의 증발과 웰 간 오염을 방지한다는 것입니다. 분획, 서모사이클링 및 이미징 기능이 모두 완전히 자동화된 기기에 통합되어 있어 두 시간 이내에 결과를 제공합니다. 이에 비해 다른 몇몇 디지털 PCR 시스템의 경우 네 시간 이상이 소요됩니다. 또한 확장 가능한 구성과 더 높은 멀티플렉스 기능은 QIAcuity 디지털 PCR을 모든 종류의 실험실 및 애플리케이션 분야의 요구 사항에 쉽게 적용할 수 있습니다. QIAcuity Software Suite를 사용하여 디지털 PCR 실험, 샘플 및 반응 혼합물을 정의하고 나노플레이트에 할당한 다음 QIAcuity 기기로 전송할 수 있습니다. 실행 후 데이터를 분석하고 보고서를 생성하며 원격 분석을 위해 데이터를 내보낼 수 있습니다.

QIAcuity Eight-plate dPCR 기기를 사용하는 경우, 24-웰 나노플레이트에서 최대 312개의 샘플, 96-웰 나노플레이트에서 최대 1248개의 샘플을 분석할 수 있습니다. 자세한 정보는 여기에서 찾아볼 수 있습니다.