QIAamp DNA FFPE Advanced Kit – FFPE Tissue DNA Extraction

Aumente su recuperación de ADN de alta calidad a partir de tejido FFPE con los QIAamp DNA FFPE Advanced Kits que no utilizan xileno, permiten la desparafinación sin lavado, aplican un protocolo de doble lisis y emplean una tecnología de columna de centrifugación con UCP (Ultra-Clean Production).

Elimine las transiciones de C a U de ácidos nucleicos gracias al uso opcional de enzimas UNG del kit con el fin de optimizar el ADN recuperado para los análisis de NGS.

También puede automatizar los protocolos de QIAamp DNA FFPE Advanced en QIAcube Connect.>

Una característica de la cuantificación del ADN en FFPE es que cada método proporciona un resultado, y unos valores elevados en espectroscopia UV-visible o en espectroscopia de fluorescencia no implican necesariamente un buen rendimiento de PCR.

Dado que el uso más habitual de las muestras en FFPE es en real-time PCR o PCR cuantitativas (qPCR), los QIAamp DNA FFPE Advanced Kits están optimizados para qPCR.

Independientemente de los valores obtenidos en las mediciones con espectroscopia UV-visible o de fluorescencia, los QIAamp DNA FFPE Advanced Kits mostraron un mejor rendimiento en PCR bajo cuantificación de qPCR en comparación con el resto de los productos que se sometieron a las pruebas (consulte la figura “ Optimización para rendimiento en PCR”).

El QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kit también se puede utilizar para purificar el ADN que se utilizará en análisis de NGS, dado que aborda el problema de las transiciones artificiales de C a T y de G a A, que se dan habitualmente en las muestras de material en FFPE debido a la citosina desaminada (consulte “ Transiciones artificiales de C a T y de G a A”).

A través de la digestión de uracilo basado en UNG durante el aislamiento del ADN, el protocolo del QIAamp DNA FFPE Advanced UNG reduce los falsos positivos de variantes de un solo nucleótido (single-nucleotide variants, SNV) en NGS (consulte la figura “ Reducción drástica en las transiciones artificiales de C a T y de G a A”).

Hay tres desafíos principales a la hora de preparar el ADN de los tejidos en FFPE:

• Bajos rendimientos debido a una cantidad limitada de material de muestra, lo que puede perjudicar al ADN
• ADN no amplificable debido a la reticulación inducida por formalina
• Artefactos de citosina desaminada que pueden provocar resultados falsos en NGS para análisis de mutación

Los QIAamp DNA FFPE Advanced Kits maximizan los rendimientos de ADN a partir de muestras limitadas de dos formas:

• Implementando un procedimiento de lisis de dos pasos que garantiza una alta extracción de ADN, incluso a partir de muestras de difícil lisado.
• Sustituyendo la eliminación de parafina basada en disolventes por la Deparaffinization Solution, que elimina todos los pasos de lavado antes de la lisis inicial, con lo que se minimiza el riesgo de perder material de una muestra que ya es escasa.

La eliminación de reticulación aumenta la recuperación de ADN amplificable (consulte la figura “ Optimización para rendimiento en PCR”).

El tratamiento de UNG opcional anterior a la segunda lisis elimina los artefactos de citosina desaminada, lo que hace que el ADN sea especialmente adecuado para los análisis de NGS (consulte la tabla “ Cebado para NGS”, así como las figuras “ Resultados de dPCR y NGS fiables” y “ Reducción drástica en las transiciones artificiales de C a T y de G a A”).

El procedimiento de QIAamp DNA FFPE Advanced consta de un paso de desparafinación simplificado, dos pasos de lisis entre la desreticulación y la eliminación opcional de artefactos, y el paso estándar de unión, lavado y elución (consulte la figura “ Flujo de trabajo de QIAamp DNA FFPE Advanced”).

El ADN de muestras en FFPE que utiliza los QIAamp DNA FFPE Advanced Kits puede utilizarse inmediatamente para PCR, dPCR o NGS, o puede almacenarse a una temperatura entre −30 y −15 °C.