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therascreen RAS Extension Pyro Kit (24)
Cat. No. / ID: 971590
For 24 reactions: Sequencing Primers, PCR Primers, Unmethylated Control DNA, PyroMark PCR MasterMix, CoralLoad Concentrate, and therascreen Buffers and Reagents
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The therascreen RAS Ext Pyro Kit is intended for in vitro diagnostic use.
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Features
- 符合欧盟体外诊断98/79/EC指令的检测标准
- 覆盖KRAS第59、61、117以及146号密码子的突变检测
- 覆盖NRAS第12、13、59、61、117以及146号密码子的突变检测
- 附带数据分析软件可用于复杂序列信息的结果解读
- 较短周期内便可获得可靠的结果报告
Product Details
therascreen RAS Extension Pyro Kit是一款用于人类KRAS基因3号、4号外显子以及NRAS基因2号、3号、4号外显子中突变鉴定的分子检测试剂盒。该试剂盒中含有用于KRAS、NRAS致癌基因扩增所需的引物和试剂，以及在PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪上利用焦磷酸技术进行实时定量突变分析所需的引物及试剂。
Performance
该试剂盒中LOB和LOD设置是依据“临床及实验室标准机构指南（CLSI）”中的EP 17A相关条款“最低检测及定量标准设置方法”以及EP17-A2相关条款“用于临床实验室测量方法的检测能力评估-第二版”而相应设定的。therascreen RAS Extension Pyro Kit相应的突变检测LOD最低检测范围在1.8%至8.8%之间。
线性度
试剂盒的相关线性标准是依据CLSI指南中EP6-A2相关条款“一种用于定量检测线性标准的统计学方法评估”而制定的。所有涉及的检测产品在5%–50%的突变范围内可将检测的非线性度控制在5%的标准单位内。
精准度
相关检测精准度的数据结果是通过在3个不同层面对上述各有3组重复的不同质粒混合物进行分析而获得的，反映了相关检测的整体变化波动情况。
- 可重复性（同一检测引物在不同批次间的数据波动性）是基于对数据的线性分析而计算出来的（通过在一天内使用不同批次的therascreen RAS Extension Pyro Kit进行3轮不同检测实验而获得）。
- 中间精准度（实验室内部的数据波动性）是通过在3天时间内分别使用同一实验室中的不同操作者、不同PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪以及不同therascreen RAS Extension Pyro Kit而进行的3轮不同检测实验而得到的结果。
- 数据重现性（不同实验室间的数据波动性）是基于使用了不同批次therascreen RAS Extension Pyro Kit在两个独立实验室中产出的数据而计算出来。
相关精准度数据在therascreen RAS Extension Pyro Kit说明书内进行了详细的阐述。
Principle
therascreen RAS Extension Pyro Kit是一款利用PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪对于人类KRAS基因3号、4号外显子以及NRAS基因2号、3号、4号外显子中突变位点进行鉴定分析的分子检测试剂盒。RAS系列基因所编码的一系列蛋白在EGFR信号转导通路中扮演了重要的作用，而这一系列基因中的发生的相关突变则会影响到相关编码蛋白对于下游通路的刺激。
该试剂盒可检测以下突变：
| 密码子 | 核酸置换 | 氨基酸置换 |
|---|---|---|
| KRAS codon 59 (GCA) | 175G>A | A59T |
| 176C>G | A59G | |
| KRAS codon 61 (CAA) | 183A>C | Q61H |
| 182A>T | Q61L | |
| 182A>G | Q61R | |
| 183A>T | Q61H | |
| 181C>G | Q61E | |
| KRAS codon 117 (AAA) | 351A>C | K117N |
| 351A>T | K117N | |
| KRAS codon 146 (GCA) | 436G>A | A146T |
| 436G>C | A146P | |
| 437C>T | A146V | |
| NRAS codon 12 (GGT) | 34G>A | G12S |
| 34G>T | G12C | |
| 34G>C | G12R | |
| 35G>A | G12D | |
| 35G>T | G12V | |
| 35G>C | G12A | |
| NRAS codon 13 (GGT) | 37G>A | G13S |
| 37G>T | G13C | |
| 37G>C | G13R | |
| 38G>A | G13D | |
| 38G>T | G13V | |
| 38G>C | G13A | |
| NRAS codon 59 (GGT) | 175G>A | A59T |
| 176C>G | A59G | |
| NRAS codon 61 (CAA) | 181C>A | Q61K |
| 182A>G | Q61R | |
| 182A>T | Q61L | |
| 183A>T | Q61H | |
| 183A>C | Q61H | |
| 183A>G | Q61Q | |
| NRAS codon 117 (AAG) | 351G>C | K117N |
| 351G>T | K117N | |
| NRAS codon 146 (GCC) | 436G>A | A146T |
| 436G>C | A146P | |
| 437C>T | A146V |
Procedure
关于焦磷酸测序技术的详细信息，请访问“焦磷酸技术资源中心”
therascreen RAS Extension Pyro Kit由覆盖了不同目标区域的8种检测引物而组成（参见图1. therascreen RAS Extension Pyro Kit中的检测引物以及图2. 对某野生型样本使用KRAS 146检测引物并分析得到的焦磷酸测序峰图）。相关的区域在实验过程中会被单独的利用PCR进行扩增及测序，相关突变位点周围区域的测序结果可作为定量分析的对照及质控数据。
在利用针对不同区域的扩增引物进行扩增后，扩增产品将会被固定在相应的“链霉亲和琼脂糖微珠”(Streptavidin Sepharose High Performance beads)上而成为单链DNA,再利用PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪结合相应的程序文件、测序引物对于上述的单链DNA进行测序分析，并使用相应的RAS Extension Plug-in Report分析报告软件对于结果进行分析。该分析报告软件可确保对于所有的突变位点都会自动使用相应正确的“最低检测限”（LOD）以及测序方法。（参见图3. RAS Extension Plug-in Report分析报告软件菜单及图4. RAS Extension Plug-in Report分析报告软件）。然而，相应的检测结果也可以使用PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪自带的数据分析工具进行分析，得到的相应结果在反应结束后可针对一些罕见突变进行相应的调整。
Applications
therascreen RAS Extension Pyro Kit是一款基于焦磷酸技术而对于人类KRAS基因第59、61、117以及146号密码子突变以及NRAS基因第12、13、59、61、117以及146号密码子突变进行定量检测分析的试剂盒，所使用的DNA来自于人类转移性结直肠癌（mCRC）福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本。
therascreen RAS Extension Pyro Kit将有助于鉴定出适合抗EGFR治疗药物如西妥昔单抗和帕尼单抗进行治疗的转移性结直肠癌患者。
therascreen RAS Extension Pyro Kit将有助于鉴定出适合抗EGFR治疗药物如西妥昔单抗和帕尼单抗进行治疗的转移性结直肠癌患者。
Resources
Kit Handbooks (1)
Safety Data Sheets (1)
Software User Guides (1)
Analysis Software (1)