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QuantiNova LNA PCR Assays 正在为基于数字 PCR 的基因表达分析设定着新标准。从范围广大的预设计检测中做出选择,准确灵敏地检测任何人类、小鼠或大鼠 mRNA 或 lncRNA——从一般性转录物检测到特定转录物异构体区分。LNA 加持使得我们能够设计更短的引物,这些引物可灵活地定位到靶标上。因此,我们能够针对特定转录物检测或靶标区分优化我们的设计。此外,出色的设计验证可确保检测的最佳性能和稳健性。对于数字 PCR,我们使用 QIAcuity EG PCR Kit 和 QIAcuity 仪器对这些检测进行了优化,创建了一个简单快速的仅需 2 小时的绝对定量工作流。
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QuantiNova LNA PCR Assays 专为高特异性靶标扩增而设计。定量可通过两种 PCR 方法进行:使用常规qPCR 和使用 QIAcuity 仪器及 QIAcuity EG PCR Kit 的数字 PCR(请参见图示“将 QuantiNova LNA PCR Assays 用于数字 PCR”)。使用 QuantiTect Reverse Transcription Kit 完成 cDNA 后,数字 PCR 可提供高度精确的靶标定量,可在最低浓度水平检测到甚至是最微小的表达差异。主要检测中的一部分检测在 QIAcuity 仪器上经过实验验证。
QuantiNova LNA PCR Assays 在开发中采用了最严格的设计标准和经实验验证的算法。这些严苛的检测筛查过程确保了每个引物对都可实现最高的特异性和有效性,可获取最可靠和准确的结果。Tm 归一化和 LNA 加持使得引物具有比标准 DNA 引物更高的结合亲和力,从而大大提高了检测灵敏度和特异性。
更高的灵敏度确保了低至一个 RNA 分子的扩增效率,能够更轻松地检出低丰度靶标,比如从较少的起始材料中获得的 lncRNA。因巧妙的 LNA 定位而带来的更高特异性可让您获得较高的信噪比,从而可区分仅有单个核苷酸不同的序列并消除非特异性扩增和引物二聚体形成。
LNA 碱基的高结合亲和力可增强引物在转录物上的定位灵活性,从而使我们能够对难以分析的靶标通过智慧地定位设计检测。这将可带来更好的靶标区分力和可靠的定量,甚至对富含 AU 的靶标、低丰度转录本、二级结构含量高的靶标以及高度复杂的样本也是如此。
二十年的 LNA 设计经验使我们能够开发和优化最精密的 LNA 设计算法,其中整合了 50 多个不同的参数——所有参数都根据最严苛的性能标准经过全面的实验验证——以确保成功的为靶标检测设计出最优检测。我们针对每个转录本选出最多 3 个不同的检测设计,并对所有常用的 mRNA 和 lncRNA 靶标检测进行了完整的湿实验验证。QuantiNova LNA PCR Assays 简单有效,让您无需在优化上花费时间和金钱。
通过 dPCR 进行绝对定量,推荐QuantiNova LNA PCR Assays 与 QIAcuity EG PCR Kit(采用基于 EvaGreen 的荧光检测)搭配使用。EvaGreen 是一种嵌合染料,可结合到双链 DNA(与 SYBR® Green 相似)上并在与 DNA 结合后发出荧光。使用基于 EvaGreen 染料法的 dPCR 既方便又可节省花费,因为您仅需要引物组来扩增和检测产物。它还可在 dPCR 反应中提供更高的分辨率,dPCR 反应在 dPCR 纳米板中被微分化成数千个反应分区,因此,dPCR 反应中所需的引物浓度仅为 qPCR 中所需浓度的一半。
我们使用我们的专有算法设计了 130 万个以上的 QuantiNova LNA PCR Assays,以提供最灵敏、准确和有效的 mRNA 和 lncRNA 分析。这些预设计的检测可覆盖 Ensembl 数据库中人类、小鼠和大鼠基因的大多数转录物,从而可让您以前所未有的深度进行基于 PCR 的基因表达研究。大多数检测在可能的情况下都有内含子跨越且仅检测 RNA。未跨越内含子的检测均被指明为如此,且如果靶标中有一个外显子,则可使用 QuantiTect Reverse Transcription Kit 通过集成的 gDNA 去除步骤轻松消除不需要的信号。
无论您所需的分析水平是什么——一般转录物检测、特定转录物检测或转录物异构体区分,预设的 QuantiNova LNA PCR Assays 都可让您准确、灵敏地检测人类、小鼠或大鼠 mRNA 或 lncRNA。
大多数人类、小鼠和大鼠基因仅有一个转录物,但对于那些有多个转录物的基因,我们使用相同的算法为每个转录物选出了最多三个检测。这些检测的设计和引物定位各有不同以满足不同的使用要求。我们的检测选择向导可帮您快速地从每个类别中找到最佳检测试剂盒。在为您的靶标搜索检测后,请查阅结果并寻找与您的预期用途相匹配的推荐检测试剂盒:
请参见表格了解更多详细信息。
基因覆盖检测 | 转录物特异性检测 | ||
QIAGEN 的推荐检测 | 标记为“Best coverage”(最佳覆盖) | 标记为“Best transcript assay”(最佳转录物检测) | 标记为“Best transcript-specific assay”(最佳转录物特异性检测) |
检测的设计及覆盖性描述 | 覆盖给定基因的大多数 生物学相关转录物 |
经过高度优化,可特异性地 检测感兴趣的转录物,针对更多的转录本亚型 |
具有剪接变体转录物特异性 |
什么情况下选择 | 用于一般转录本筛选和确定感兴趣的基因是否在样本中表达; 用于 对一个基因检测尽可能多的 转录物和异构体 |
适用于检测特定转录物 | 适用于区分某个转录物的 特定异构体 |
QIAcuity Software Suite 是用于分析 dPCR 数据的软件,其中含有一项基因表达测试,可向您提供倍数改变和倍数调控结果及可供发表的图表。
我们提供范围广大的经过功能验证的人类、小鼠和大鼠参比基因检测试剂盒,以供用于确保高品质的数据归一化并确保获得可靠的结果。这些分析的目标是内源性编码RNA、长链非编码RNA和小核仁RNA分子,它们通常在各种组织中组成性表达。
归一化可去除与所研究的生物学改变无关的技术性和生物性样本间差异。恰当的归一化对于 real-time PCR 实验中的正确分析和结果解读至关重要。最为常见的做法是使用表达稳定的参比基因进行归一化。
一般而言,建议在设置您的实际 mRNA/lncRNA 表达分析之前测试数个候选的内源性对照参比基因。这些候选基因应该从被研究的全部样本中被期望稳定表达的基因中选择。它们可以是根据文献或现有数据(例如,NGS 或 qPCR panel筛查)选出的表达稳定的 mRNA 或 lncRNA。QuantiNova LNA PCR 系统为倾向于稳定表达的rna提供了有效的内参基因分析,因此是作为内参基因的很好的候选基因。
每项研究的所有候选参考基因都应经过经验验证。对大量 mRNA/lncRNA 进行图谱分析时的一项 PCR 检测板归一化方案是针对全体均值(所有有表达的 mRNA/lncRNA 的平均值)进行归一化。在高调率(表达基因)的样本中,这可能是一个很好的选择,但在低调率的样本中应谨慎使用。在一般基因表达水平发生变化的样本中,这也不是一个好的选择。
在进行逆转录反应时使用 QuantiTect Reverse Transcription Kit(目录编号:205311、205313、205314)可使您获得最佳结果。不建议使用 QuantiNova Reverse Transcription Kit。随后通过 dPCR 使用 QIAcuity EG PCR Kit 的预混液结合您选择的 QuantiNova LNA PCR Assay 对获得的 cDNA 进行定量。
重要提示:在检测产品名称后括号内的反应次数与qPCR的使用有关。数字 PCR 仅需要一半的引物浓度,但反应体积不同。使用 QIAcuity Nanoplate 26K,您可构建所示数目的反应次数;使用 Nanoplate 8.5K,您可构建 3.3 倍于所示数目的反应次数。请参阅 QIAcuity 使用手册了解 dPCR 说明。
QuantiNova LNA PCR Assays 在常温下装运。现货检测可在 1-5 天内交付。在早期获取期间,预计交货时间会较长。
逆转录:QuantiTect Reverse Transcription Kit(目录编号:205311、205313、205314)
dPCR 预混液:QIAcuity EG PCR Kit
检测:
QuantiNova LNA PCR Assays 非常适合的应用包括: