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Cat. No. / ID: 51704
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在宏基因组鸟枪法测序实验中,宿主基因组Reads比例较高,使得即便拥有精密的生物信息学工具,建立微生物数据库,也十分耗时费力。通过去除样品中的宿主DNA,QIAamp DNA Microbiome Kit能够为宏基因组鸟枪法测序研究提供富集的细菌DNA。我们选用QIAamp DNA Microbiome Kit或其他两个供应商的同类试剂盒,以人类口腔拭子制备样品,再将分离得到的DNA进行宏基因组鸟枪法测序实验,之后对Reads进行比较。使用QIAamp DNA Microbiome Kit制备的样品测序结果仅含有少于5%的人源reads,显著低于未包含宿主DNA去除步骤的另一试剂盒(人源Reads超过90%),同时也低于包含该去除步骤的另一试剂盒(35%的人源Reads)。在第二项实验当中,我们向样品中掺入了已知的细菌培养物。相比另一无宿主DNA去除步骤的解决方案,该试剂盒处理的样品中所含的细菌DNA得到了更高精度的还原。
实现16S rDNA测序应用的更高效扩增
16S rDNA测序法通常被用来确定微生物群落的相对组成。相比其他3种纯化试剂盒,QIAamp DNA Microbiome Kit能够以最高的效率扩增来源于口腔拭子的纯化DNA的V4区域。针对两个样品使用QIAamp DNA Microbiome Kit进行DNA纯化而得到的V4区域扩增片段的测序结果,也揭示了预期的人类口腔微生物组的代表性细菌组成。
优化的细胞裂解步骤,最大限度降低样品制备的人为偏差QIAamp DNA Microbiome Kit能够从混合样品中纯化和富集细菌微生物组DNA,适用于以下敏感的下游应用: