数字 PCR

纳米微孔板 dPCR 应用

纳米微孔板数字 PCR 的热门应用

由于数字 PCR 具有出色的灵敏性、准确性和绝对定量能力,该技术可检测低丰度靶标、复杂混合物中的靶标、等位基因突变及靶标基因的微小倍数差异,可适用于广泛的样本类型和应用领域,包括但不限于:

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Wastewater
由于废水的组成具有很高的异质性,需要采用一种能够从混杂的非靶标核酸分子背景中检测出非常少量的病毒 RNA 的方法。数字 PCR 可以以较高的精确度检测和定量废水中存在的低浓度 SARS-CoV-2 RNA,并且与 qPCR 结果有着良好的相关性。此外,数字PCR可以准确地区分和量化样本中变异病毒产生的突变,还可以精确定量野生型和突变型基因组的拷贝数。

dPCR如何在具有挑战性的样品中检测靶标序列

从环境采样到液体活检,qPCR 可以帮助量化少量的基因靶标。但是对于靶标分子浓度较低的复杂样品,dPCR可能是更好的选择,特别是基于纳米微孔板的新系统。

由于靶标分子的独立扩展,数字 PCR 可让您以更高的灵敏性对罕见事件/序列变异进行检测及绝对定量。此外,在野生型背景中检测低频率靶标(等位基因变异,SNP)时,微分区机制可提高信噪比,降低假阳性率。

数字 PCR 用于罕见突变检测的的新兴应用包括:

  • 识别低于当前检测水平的癌症残留
  • 检测癌症中的新突变及重复
  • 监测罕见的耐药突变
Rare mutation
Copy variation

数字PCR可以很容易地检测到微小的倍数差异变化,如CNV在4到5个拷贝小于1.2倍的变化,而不需要标准曲线。该技术的精确性和灵敏性使得该系统可区分拷贝数的细微变化,而准确性源于其对扩增效率的变化和抑制剂的存在不敏感性。数字 PCR 用于检测拷贝数变异的新兴应用领域包括癌症研究(癌症生物标志物的筛选和监测)、神经系统疾病相关研究以及种群研究。

在基因表达分析的很多方面,数字 PCR 更高的精确性可提供更高的分辨率。有了它,研究人员可监测更细微的表达水平变化,甚至是不到两倍的变化。在对罕见靶标或来自非常有限的起始材料的 RNA 进行定量时,数字 PCR 还可以提供更高的灵敏度。

数字PCR在基因表达分析中的新兴应用包括:

gene expression analysis
group of dividing cells

数字 PCR 技术实现了一系列的基因治疗应用,包括腺相关病毒 (AAV) 载体基因组滴度和慢病毒载体拷贝数定量以及 CAR-T 细胞治疗开发和生产。它还有助于自信地对治疗产品的质量进行验证。这对于在确保患者安全的同时开发有效且可重复的细胞和基因治疗至关重要。

了解 QIAcuity dPCR 如何以更高的速度、通量和可扩展性,在病毒滴度定量中产生与传统 ddPCR 方法相同的准确性和精确性。

微生物病原体无处不在,从健康到食品生产,关乎我们生活的方方面面。然而,微生物病原体在宏基因组样本、分离菌落或其他挑战性样本类型中的含量较低,这阻碍了这些病原体的特异性检测和监测。而数字 PCR 在识别广泛的微生物靶标方面具有较高的精确性和灵敏性,包括来自不同样本的细菌、真菌、寄生虫、病毒、抗生素耐药性和毒力因子基因等。

新的 dPCR 微生物 DNA 检测方案产品组合:

  • 可鉴定 > 680 个靶标基因
  • 在一个反应中可实现微生物 DNA 和病毒 RNA的共同检测
  • 每次反应最多可检测 5 个靶标基因
  • 遵循简单且快速的 dPCR 工作流程,约两小时即可完成
3D illustration of a e. Coli bacteria, microbiome, gut bacteria, gastro, microorganism
通过数字 PCR 实现病原体检测
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客户感言
客户之声

“当某个基因的拷贝数有很多且高度可变时,定量 PCR 的分辨率不够好。”哥德堡大学分子和临床医学系瑞典肥胖研究(Swedish Obese Subjects,SOS)的研究员和协调员 Johanna Andersson-Assarsson 博士这样说道。Andersson-Assarsson 表示,在某种程度上,数字 PCR 因其高分辨率而成为拷贝数分析领域中的革命性技术。“有多种可提供良好结果的数字 PCR 解决方案;我更喜欢 QIAcuity 系统是因为它具有简单快速的工作流程,在处理过程中用到的塑料吸头和孔板更少,这有利于保护环境。”

“我们使用环境 DNA(eDNA)来调查海洋和海岸生态系统中的物种分布。数字 PCR 在较低 DNA 浓度下具有更高的检出率,可应对这些生态系统中存在的高浓度的 PCR 抑制剂。我们最近订购了QIAGEN dPCR 平台,即 QIAcuity,因为该平台简便易用、速度很快。它能够以更高的准确性和灵敏性对来自入侵物种的 eDNA 进行定量,而无需依赖扩增效率。”瑞典哥德堡 SeAnalytics AB 首席执行官 Per Sundberg 说道。
“使用新型的、高通量 的QIAcuity Eight 进行实验,我们成功地在废水样本中检出了 SARS-CoV-2 的新变异株。”法国蒙彼利埃 I.A.G.E.总裁 Franz Durandet 说道。“我们的测试表明,QIAGEN 的这项快速、可扩展的技术可以为我们的环境和生物检测服务提供有价值的补充,我们将在不久的将来向我们的客户提供这些服务。”
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“当微生物生物量浓度较低时,qPCR是一个很好的量化工具,而dPCR是最好的方法。QIAcuity dPCR 仪器使我们能够始终如一地检测和定量土壤、岩石和水中的微生物。”美国科罗拉多州科罗拉多矿业学院土木与环境工程系 John R. Spear 教授这样说道。
在这张图中:Nicole Masters,研究生
“我们的实验室喜欢使用 QIAcuity 数字 PCR 系统对各种样本中的靶标基因进行绝对定量。其工作流程简单易学,并且能够产生令人难以置信的一致的和敏感的结果。”北卡罗来纳大学教堂山分校 (UNC) 的 Drew Capone(中间)及其同事这样说道。
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