Hinzufügen von internen Markern oder Endmarkierungen
DNA kann auf zwei Arten mit Enzymen markiert werden: an den Enden oder intern entlang des Moleküls. Nachweisbare Marker wie Fluorophore oder modifizierte Nukleotide können durch das Anhängen von 5’- und 3’-Gruppen mithilfe von Enzymen oder durch das Einbringen interner Marker durch direkten Einbau oder Postmarkierungstechniken mit einem geeigneten Enzym eingebracht werden.
Enzymstrategien für das Einbringen von Markierungen in Nukleinsäuren
Die Markierung durch die Aktivität eines Enzyms ist für viele Studien erforderlich, die das Ziel haben, die Funktionen und Dynamik von Nukleinsäuren in vitro und in Zellen zu erforschen. Für jede Stelle, an der markierte Nukleotide in DNA oder RNA integriert werden können, gibt es ein geeignetes Enzym, das diese Aktion katalysiert.
| Enzym | Aktivität | Markierungsaktion | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Endmarkierung | Direkter Einbau |
Durch zufälliges Priming |
Lückenmarkierung | Nick Translation |
||
| P7060L Klenow Fragment Demnächst verfügbar |
DNA-Polymerase mit 5’→3’- |
✘ Nein | ✔ Ja | ✔ Ja | ✘ Nein | ✘ Nein |
| P7010 Klenow (3’→5’-Exo-) |
DNA-Polymerase mit 5’→3’- Syntheseaktivität |
✔ Ja (3’ dsDNA) | ✔ Ja | ✔ Ja | ✘ Nein | ✘ Nein |
| P7260L T7-DNA-Polymerase Demnächst verfügbar |
DNA-Polymerase mit 5’→3’- Synthese- und 3’→5’-ssDNA- und -dsDNA-Exonuklease-Aktivität. [Die Doppelstrang-DNA- Exonuklease-Aktivität erfordert die Anwesenheit von Thioredoxin.] |
✔ Ja (5’ dsDNA) | ✔ Ja | ✘ Nein | ✔ Ja | ✘ Nein |
| P7050L DNA Polymerase I |
DNA-Polymerase mit 5’→3’- Synthese-, 5’→3’- und 3’→5’- Exonuklease-Aktivität |
✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein | ✔ Ja |
| RP810 TaqNova Stoffel DNA- Polymerase BLIRT |
Stoffel-Fragment-Derivate der Taq- DNA-Polymerase, denen die 5’→3’- Exonuklease-Aktivität fehlt |
✘ Nein | ✔ Ja | ✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein |
| P7620L TaqIT DNA Polymerase Demnächst verfügbar |
TaqIT ist ein Derivat der Taq- DNA-Polymerase, dem die 5’→3’-Exonuklease-Aktivität fehlt (Stoffel) |
✘ Nein | ✔ Ja | ✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein |
| P7070L Terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) Demnächst verfügbar |
Katalysiert die Anfügung von dNTPs an das 3'-Hydroxylende von DNA-Molekülen; verlängert stumpfe Enden, 5’-Überhänge, ssDNA und RNA |
✔ Ja (3’ ssDNA) | ✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein |
| P7180L T7 RNA Polymerase Demnächst verfügbar |
Synthetisiert RNA in 5’→3’ -Richtung des DNA-Templates |
✘ Nein | ✔ Ja (RNA) | ✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein |
| P7460L Poly(A) Polymerase Demnächst verfügbar |
Katalysiert die Anfügung von AMP aus ATP an das 3’-Hydroxylende der RNA für Poly(A)-Schwanz-RNA |
✔ Ja (3’ RNA) | ✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein |
| L6050L T4 RNA Ligase 1 Demnächst verfügbar |
Ligiert RNA- und ssDNA- Moleküle |
3’ (RNA und ssDNA) | ✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein |
| Y9040L T4 Polynukleotid- Kinase (PNK) |
Katalysiert den Transfer des γ-Phosphats von ATP an das 5´-Ende von Polynukleotiden oder Mononukleotiden mit einer 5´-Hydroxylgruppe |
5’ (ssDNA, dsDNA und RNA) |
✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein | ✘ Nein |
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