Enzyme für die RNA-Analyse | Reverse Transkriptasen und RNA-Ligasen

Alles rund um die RNA: Amplifizieren, Sequenzieren, Ligieren und Markieren

Es steht eine Reihe von Enzymen zur Verfügung, um RNA für die nachgeschaltete Analyse der Genexpression zu bearbeiten. Reverse Transkriptasen erzeugen aus einem Transkript komplementäre DNA (cDNA). Die cDNA kann markiert oder für Klonierungs- und quantitative Studien amplifiziert werden. RNA-Ligasen verbinden Basen, Markierungen und Adapter, RNA-Polymerasen fügen Ribonukleotide hinzu und Ribonukleasen entfernen sie.

RNA durch Amplifikation nachweisen und bearbeiten

Reverse Transkriptasen sind Enzyme, die einen DNA-Strang (cDNA) polymerisieren können, der komplementär zu einem ursprünglichen RNA-Template ist. RNA ist anfällig für den Abbau durch RNasen, und der Einsatz eines Reverse-Transkriptase-Enzyms zur Bildung von cDNA überwindet die Probleme der Arbeit mit mRNA. Die cDNA wird zum stabilen Template für eine Vielzahl von nachgeschalteten Anwendungen für RNA-Untersuchungen, wie beispielsweise für die Analyse der Genexpression. Für die Amplifikation des cDNA-Templates können reguläre PCR-, qPCR-, einstufige RT-qPCR- oder isotherme Verfahren genutzt werden. Nach der Amplifikation kann die Klonierung mit herkömmlichen Enzymprotokollen oder durch ligationsunabhängige Klonierung unter Nutzung der 3’→5’-Exonukleaseaktivität der T4-DNA-Polymerase erfolgen.

Alle Reverse-Transkriptase-Enzyme (RNA-abhängige DNA-Polymerasen) können wie nachstehend genannt eingesetzt werden:

		RNase H (+/-)	Spezielle Anwendungen
P7600L EnzScript	Demnächst erhältlich	Minus	Für lange cDNAs und Bibliotheken mit einem hohen Anteil an Volllängen-cDNA; Anwendungen, die einen Template-Wechsel erfordern, z. B. RNA-Seq
P7720L StableScript	Demnächst erhältlich	Minus	Für lange cDNAs; verbesserte Prozessivität, Inhibitorresistenz und Thermostabilität (optimale Temperatur von 55 °C)
205111 Omniscript Kit		Plus	Markierung für Microarrays; speziell entwickelt für die reverse Transkription mit beliebigen RNA-Mengen; optimierter Puffer; kein RNase-H-Schritt erforderlich

RNA-Polymerasen und -Ligasen

RNA-Polymerasen, oder genauer: DNA-abhängige RNA-Polymerasen, sind Enzyme, die RNA ausgehend von einem DNA-Template synthetisieren. Das Enzym Poly(A)-Polymerase verwendet einsträngige RNA als Primer, um einen Poly(A)-Schwanz an die RNA anzuhängen, indem es den Einbau von Adeninresten an den 3’-Enden der RNA katalysiert.

T4-RNA-Ligasen sind nützliche Enzyme für die RNA-Analyse, insbesondere im Vorfeld von Verfahren wie der Hochdurchsatz-RNA-Sequenzierung und Microarrays. Die T4-RNA-Ligasen 1 und 2 sind Enzyme, die eine Markierung, Zirkularisierung oder intermolekulare Ligation der RNA durchführen können, indem sie benachbarte 3'-OH- und 5'-PO4-Polynukleotide verbinden. Die Anbindung von Adaptern an RNA-3'-Enden mit T4-RNA-Ligase 1 ist ein hilfreicher erster Schritt für die Quantifizierung und Entdeckung von RNA durch RT-PCR und Hochdurchsatzsequenzierung.

		Aktivität	Anwendungen
P7180L T7 RNA Polymerase	Demnächst erhältlich	Synthetisiert RNA in 5’→3’-Richtung vom DNA-Template; spezifisch für den T7-Promotor	mRNA-Synthese in vitro Markierung von RNA-Sonden Gewinnung von RNA für RNA-Studien Expressionskontrolle mittels Anti-Sense-RNA sgRNA-Synthese
P7460L Poly(A)-Polymerase	Demnächst erhältlich	Katalysiert die Addition von AMP aus ATP an 3’-OH der RNA für Poly(A)-Schwanz-RNA	3'-Markierung von RNA mit ATP oder Cordycepin Poly(A)-Schwanzsynthese der RNA Poly(A)-Schwanz verstärkt die Translation von RNA nach Transfer in eukaryotische Zellen
L6050L T4 RNA Ligase 1	Demnächst erhältlich	Einzelstrang-RNA-Ligase; verknüpft auch einsträngige DNA-Moleküle	Ligation von einsträngiger RNA oder DNA 3'-Endmarkierung von einsträngiger RNA oder DNA
L6080L T4 RNA Ligase 2	Demnächst erhältlich	Ligiert Einzelstrangbrüche (nicks) der dsRNA; kann das 3’-OH der RNA an das 5’-PO4 der DNA in Doppelstrang-Hybriden ligieren	Verbindung mehrerer Oligonukleotide mittels Template Synthese von RNAs mit ortsspezifischen Modifikationen oder Markierungen Nick-Ligation der dsRNA Ligation von 3’-OH der RNA an 5’-PO₄ der DNA in einem DNA/RNA-Duplex
L6070L T4 RNA Ligase 2 (Truncated)	Demnächst erhältlich	Katalysiert die Bildung einer Phosphodiesterbindung zwischen einem prä-adenylierten 5’-Phosphat (DNA oder RNA) und dem 3’-Hydroxyl der RNA	Linker-Ligationen mit prä-adenylierter 5’-DNA an’ 3’-Hydroxyl der RNA Klonierung und Sequenzierung kleiner RNAs

Verdau und Schutz von RNA

Der Ribonuklease-Schutzassay (RPA) mit dem Enzym RNase A ist eine Technik zur Bestimmung der relativen bzw. absoluten Transkriptionshäufigkeit und zur Kartierung von mRNA-Enden und Intron/Exon-Grenzen.

Einzelbasensubstitutionen können mit einem einfachen Enzymverfahren nachgewiesen und lokalisiert werden, bei dem RNase A einzelne Basenfehlpaarungen in RNA:DNA-Heteroduplexen spaltet.

		Aktivität	Anwendungen
19101 RNase A		Endoribonuklease, die ssRNA an C- und U-Resten abbaut*	Bestimmung der relativen oder absoluten Transkriptionshäufigkeit Kartierung von mRNA-Enden und Intron/Exon-Grenzen (RPA) Kartierung einzelner Basenmutationen in DNA und RNA Entfernung von RNA aus Plasmid- und genomischen DNA-Präparaten Entfernung von RNA aus rekombinanten Proteinpräparaten
Y9220L RNase H	Demnächst erhältlich	Endoribonuklease, die die Phosphodiesterbindungen der an die DNA hybridisierten RNA hydrolysiert	Die RNase-H-Aktivität baut das RNA-Template eines DNA:RNA-Komplexes ab und setzt dabei einsträngige cDNA als Template für die cDNA-Zweitstrang-Synthese frei
Y9240L RNase Inhibitor	Demnächst erhältlich	Vom Schwein stammender, nicht-kompetitiver Inhibitor der RNase A, B und C; hemmt nicht die Aktivität der RNase H.	Schützt RNA vor Abbau; wird häufig als Schutzmaßnahme bei der enzymatischen Bearbeitung der RNA eingesetzt

Suchen Sie nach weiteren Enzymen?

Melden Sie sich jetzt an und informieren Sie sich frühzeitig über unser in Kürze erhältliches Gesamtportfolio!

Häufige Fragen zur RNA-Analyse

Haben Sie noch Fragen?

Benötigen Sie weitergehende Informationen zu unseren Enzymen?
Bauen Sie ein neues Labor auf? Die nächstgelegene Vertriebsvertretung freut sich auf Ihre Kontaktaufnahme.

Kontaktieren Sie uns