Zirkulierende zellfreie DNA

Gewebebiopsien sind noch immer der Diagnosestandard, doch sie repräsentieren nur einen bestimmten Zeitpunkt und sind durch Wiederholbarkeit, Kosten und Zeit beschränkt. ccfDNA überwindet diese Hürden, indem sie Mutationsinformationen in Echtzeit bereitstellt, welche genutzt werden können, um in einem einfachen Bluttest Biomarker für Krebs und andere Erkrankungen nachzuweisen und zu überwachen.
Da ccfDNA häufig nur in geringen Konzentrationen mit seltenen Mutationen oder in fragmentierter Form vorliegt, benötigen Sie zuverlässige Tools, bei denen Sie auf Ihre nachgewiesenen Signale vertrauen können. Ganz gleich, ob Sie in der Biomarker-, Transplantations- oder NIPT-Forschung arbeiten – wir bieten Lösungen für die ccfDNA-Probenvorbereitung und -analyse mit höchster Qualitätssicherung an, die dem Goldstandard entsprechen.

Allgemeines

Was ist ccfDNA?

Viele Studien haben gezeigt, dass erhöhte Konzentrationen an ccfDNA, auch bekannt als ctDNA, im Blut von Patienten nachweisbar sind, die an verschiedenen Krankheiten und insbesondere Krebs leiden. ccfDNA unterscheidet sich insofern von normaler zellfreier DNA, als sie somatische Mutationen enthält, die als genetische Marker zur Ermittlung des Therapieansprechens und als Orientierungshilfe für Behandlungsentscheidungen verwendet werden können. Die Konzentration an mutierter ccfDNA kann auch bei der Nachversorgung von Krebspatienten und zum Nachweis minimaler Resterkrankungen hilfreich sein.

Wie lassen sich die Hürden bei der Isolierung von ccfDNA überwinden?

Unsere QIAamp MinElute ccfDNA und EZ1 ccfDNA Kits arbeiten mit einer einzigartigen Bead- und Säulen-basierten Methode, um zuverlässig hochwertiges Material aus Humanplasma oder -serum für die Forschung bereitzustellen. Sie bieten eine effiziente Wiederfindung fragmentierter DNA, skalierbare Probeneingabevolumen zwischen 1 und 10 ml, das Fehlen einer organischen Extraktion oder Ethanolfällung sowie die effektive Entfernung von Kontaminanten und Inhibitoren.

Ist es möglich, mehr als einen Analyten aus einer Probe zu isolieren?

Das QIAamp ccfDNA/RNA Kit ermöglicht die Koisolierung von ccfDNA und ccfRNA aus der gleichen Plasmaprobe und bietet eine ausgezeichnete Ausbeute und Qualität beider Analyten im gleichen Eluat.
Damit können Sie anhand einer einzigen Flüssigbiopsieprobe sowohl DNA- als auch RNA-Mutationen analysieren, oder die zusätzliche Sensitivität kann genutzt werden, um zu Forschungszwecken selten vorliegende Tumormutationen nachzuweisen.

Probennahme

Welches Blutvolumen muss mindestens entnommen werden?

Bei den auf dem Markt verfügbaren Kits sind 8–10 ml Blut je Entnahme erforderlich, um das Plasma und die ccfDNA weiter verarbeiten zu können. So erfordern auch die PAXgene Blood ccfDNA Tubes eine Blutentnahme von 10 ml. Dadurch wird bei korrekter Befüllung des evakuierten Röhrchens sichergestellt, dass ein Verhältnis von 0,15 ml des Additivs zur Zellstabilisierung pro ml Blut erreicht wird.

Was ist unter Blutentnahme zu verstehen – die Entnahme von Vollblut, Serum oder Plasma?

Bei der Probenentnahme sind die PAXgene Blood ccfDNA Tubes zur Entnahme von Vollblut bestimmt. Anschließend kann mit den Röhrchen auch ein Protokoll zur Verarbeitung von Plasma verwendet werden. Die ccfDNA kann dann manuell mit dem QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit – oder automatisch mit dem QIAsymphony PAXgene Blood ccfDNA Kit aufgereinigt werden.

Können zur Blutentnahme mit den PAXgene Blood ccfDNA Tubes Flügelkanülen verwendet werden?

Ja, die PAXgene Blood ccfDNA Tubes können mit Standardausrüstung zur Blutentnahme verwendet werden. Sie können auch im Handbuch zu den PAXgene Blood ccfDNA Tubes nachschlagen, um mehr über Verfahren zur Probenentnahme zu erfahren.

Probenstabilisierung und -vorbereitung

Welche Art der Blutstabilisierung sollte für die DNA-Extraktion und -Analyse mittels PCR verwendet werden?

Eine Modifikation der DNA durch quervernetzende Reagenzien ist nach Möglichkeit zu vermeiden. Die PAXgene Blood ccfDNA Tubes verwenden eine alternative, proprietäre Lösung zur Stabilisierung, die ohne Quervernetzung auskommt. Mit dieser Lösung können Sie die Freisetzung von gDNA sowie Hämolyse minimieren – was effektiv die Integrität Ihrer Probe schützt – und gleichzeitig DNA-Modifikationen vermeiden, welche die PCR-Ergebnisse beeinträchtigen könnten.

Werden Methylierungen der DNA im Blut aufrechterhalten?

Ja, die mit dem PAXgene Blood ccfDNA System aufgereinigte ccfDNA ist mit methylierungsspezifischen Assays, die die Behandlung mit Bisulfit erfordern, kompatibel. In diesem Poster vergleichen wir auch die Leistung von EDTA, Streck und PAXgene Blood ccfDNA Tubes an zwei Zeitpunkten – 0 Tage und 6 Tage – mit dem Agilent Bioanalyzer. Wir haben beobachtet, dass nach 6 Tagen die Streck-Proben eine Verschiebung des Haupt-ccfDNA-Peaks um 7–8 bp aufwiesen, was auf eine DNA-Modifikation durch Formaldehyd-freisetzende Reagenzien hindeutet.

Wenn Sie weitere Informationen wünschen, wenden Sie sich bitte an Ihren QIAGEN Mitarbeiter vor Ort oder unsere Abteilung für Technischen Service.