Microbios y microbioma

Flujo de trabajo Sample to Insight

Cree un flujo de trabajo completo para investigación de microbioma

En la investigación del microbioma, es necesario analizar muestras de diferentes orígenes, muy diversas y a menudo muy contaminadas. Esto implica que puede ser difícil obtener resultados en los que pueda confiar. Para obtener la mayor información posible de su muestra de microbioma o para detectar elementos diana microbianos específicos hemos desarrollado un completo flujo de trabajo. Desde la rotura de muestras y la preparación de ácidos nucleicos hasta el análisis de la secuencia por NGS o la cuantificación por PCR digital; explore las siguientes secciones para encontrar una solución adecuada para cada paso del flujo de trabajo del microbioma

Nuestro equipo está aquí para ayudarle

Le invitamos a hacernos preguntas sobre el flujo de trabajo y nuestros productos.

Póngase en contacto con nosotros

Estabilización de muestras

Cuando toma una muestra de heces, los ácidos nucleicos y los microbios reaccionan a cualquier variación en el contenido de oxígeno o de agua así como de la temperatura. Esto, junto con un tiempo de almacenamiento prolongado antes de la extracción de ácido nucleico, podría provocar un aumento o disminución de determinadas especies y un cambio en la composición microbiana.

Por tanto, un paso crucial es la estabilización de los microbios y sus ácidos nucleicos de las muestras para poder obtener la información más precisa. Nuestras soluciones de protección de ADN/ARN mantienen sus muestras intactas y conservan la integridad microbiana.

Descubra los productos para la estabilización de muestras de microbioma

PowerProtect DNA/RNA (1)

sample collection stabilization rna

PowerProtect DNA/RNA

For stabilization and preservation of the microbial community profile and expression profile in stool samples over time

Rotura de la muestra

Las muestras microbianas a menudo contienen mezclas complejas de microbios, paredes celulares consistentes y productos metabólicos además de otras moléculas bióticas y abióticas. Estos componentes pueden ser diversos polímeros extracelulares y, por lo tanto, muy diversos. Dicha complejidad y consistencia hace que la lisis de muestras microbianas sea un reto.

Para asegurar una rotura eficiente, la homogeneización mecánica es fundamental y evita introducir sesgos en el flujo de trabajo del análisis

Muestras microbianas en placas de 96 pocillos

¿Cómo consigue lisar muestras difíciles en una placa de 96 pocillos? ¿Cómo debería retirar el exceso de microesferas y sellar las placas para evitar fugas y contaminación cruzada? Vea el vídeo para descubrirlo.

Las placas PowerBead Pro son parte de la nueva tecnología del kit Pro de QIAGEN. Proporcionan una forma eficaz y de alto rendimiento para lisar bacterias y hongos gracias a su proceso mejorado de barrido de microesferas para el TissueLyser II. Están incluidas en el DNeasy 96 PowerSoil Pro Kit para conseguir el aislamiento del ADN genómico microbiano a partir de todos los tipos de heces y de suelo.

Descubra los productos de disrupción y homogeneización para la disrupción de muestras del microbioma

Productos de homogeneización (1)

instruments and automation accessories

Vortex Adapters

For maximizing homogenization with the Vortex-Genie 2 Vortex

Muestras de microbioma humano

Las muestras de diferentes fuentes plantean retos únicos relacionados con sus composiciones físicas, químicas y microbianas distintivas además de como sustancias. Debido a esto, nuestros kits de preparación de muestras para investigación biomédica humana están optimizados para tipos de muestra específicos como de intestino, de heces y de exudados, entre otros.

Además, la Inhibitor Removal Technology® (IRT) patentada elimina los inhibidores durante el proceso de purificación. Esto da como resultado un alto rendimiento de los ácidos nucleicos puros para utilizarlos incluso en aplicaciones posteriores exigentes.

Descargar guía

Características destacadas de la preparación de muestras biomédicas humanas

Purificar ADN a partir de muestras de heces

El QIAamp PowerFecal Pro DNA Kit elimina los inhibidores difíciles y ofrece ADN limpio y listo para usar para cualquier aplicación posterior. La preparación del ADN puede hacerse de forma manual o automatizada en QIAcube Connect.

Purificación automatizada de ADN a partir de heces en QIAsymphony

El QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit permite la extracción automatizada, en menos tiempo y estandarizada de ADN sin inhibidores a partir de muestras de heces y de suelo. El kit está diseñado para 192 muestras con una carga continua de 24 lotes de muestras en QIAsymphony.

Purificación automatizada de ADN de muestras de heces en QIAcube HT

El DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit ofrece una purificación sencilla y totalmente automatizada de ADN genómico de alta calidad a partir de muestras de heces mediante QIAcube HT para el procesamiento simultáneo de 24–96 muestras.

Purificar ADN a partir de hisopos y líquidos corporales

El QIAamp DNA Microbiome Kit facilita la eliminación eficaz del ADN huésped durante el proceso de purificación y maximiza la cobertura de ADN bacteriano en el análisis NGS.

Purificar ARN a partir de muestras contaminadas

Con el RNeasy Powerfecal Pro Kit, puede aislar ARN total a partir de muestras de heces, lodo y aguas residuales. El kit utiliza la segunda generación de la Inhibitor Removal Technology® para proporcionarle ARN puro de alto rendimiento

Purificar ARN de muestras de biopelícula

Supere la lisis celular ineficaz con el RNeasy PowerBiofilm Kit. La lisis mecánica y la química se combinan con la Inhibitor Removal Technology para aislar ARN puro y sin inhibidores. El ARN resultante ya está listo para realizar más análisis con aplicaciones posteriores.

Purificar ADN y ARN a partir de muestras de heces

El AllPrep PowerFecal DNA/RNA Kit y el AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA Kit permiten un aislamiento simultáneo de ARN y ADN en eluidos separados a partir de una sola muestra. El kit está optimizado para análisis de metagenómica y metatranscriptómica mediante la secuenciación de próxima generación.

Purificar ADN y ARN vírico o bacteriano a partir de muestras de heces

El AllPrep PowerViral DNA/RNA Kit está diseñado para la purificación rápida y fácil de ácidos nucleicos bacterianos y víricos, incluso de muestras altas en inhibidores de PCR. El resultado es ADN y ARN de virus y bacterias listos para usar en las aplicaciones posteriores más exigentes.

Purificar ARN a partir de heces y material intestinal

Diseñado para la purificación de ARN total a partir de heces, heces deshidratadas, material intestinal, hisopos bucales contaminados y secreciones, el RNeasy PowerMicrobiome Kit aísla ARN listo para el uso en aplicaciones posteriores exigentes.

Descubra los productos para preparación de muestras de microbioma

Muestras de heces (8)Exudados (6)Líquidos corporales (1)Biopelícula (2)Instrumentos (3)

dna purification genomic dna

QIAamp PowerFecal Pro DNA Kits

For the isolation of microbial DNA from stool and gut samples

dna purification genomic dna

DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit

For the isolation of microbial genomic DNA from soil and stool on the QIAcube HT

dna purification microbial dna

QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit

For the isolation of microbial genomic DNA from stool and soil on the QIAsymphony

dna purification microbial dna

AllPrep PowerViral DNA/RNA Kit

For isolating viral or bacterial total nucleic acids from waste water and stool samples

dna rna purification multianalyte and virus

AllPrep PowerFecal DNA/RNA Kit

For simultaneous purification of genomic DNA and total RNA from stool samples

rna purification microbial rna

Rneasy PowerMicrobiome Kit

For the isolation of total RNA from stool and gut material

dna rna purification multianalyte and virus

AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA Kit

For simultaneous purification of microbial DNA and total RNA from the same stool sample

rna purification microbial rna

RNeasy PowerFecal Pro Kit

For the isolation of microbial RNA from stool and gut samples, sludge, or wastewater

Muestras del entorno

Las muestras del entorno a menudo contienen mezclas complejas de materiales orgánicos e inorgánicos como material de plantas, insectos, heces de animales o microbios. Esto provoca que las muestras microbianas del ambiente sean especialmente difíciles de lisar y trabajar.

Para obtener información fiable, nuestros kits de preparación de muestras para investigación ambiental y agrícola están optimizados para tipos de muestra específicos como de suelo, biofilm, agua (residual) y plantas, entre otros.

Descargar guía

Elementos destacados de la preparación de muestras ambientales y agrícolas

Purificar ADN a partir de todos los tipos de suelo

El DNeasy PowerSoil Pro aísla rendimientos altos de ADN microbiano puro a partir de todos los tipos de suelo, incluido compost, arcilla y capa vegetal. La extracción de ADN mediante el DNeasy PowerSoil Pro Kit puede automatizarse en QIAcube Connect.

Purificar ADN a partir de suelo en QIAcube HT

El DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit ofrece una purificación sencilla y totalmente automatizada de ADN genómico de alta calidad a partir de muestras de suelo. Con QIAcube HT, se procesan entre 24 y 96 muestras simultáneamente.

Purificar ADN a partir de agua

El DNeasy PowerWater Kit aísla ADN genómico a partir de muestras de agua filtradas, libres de sales, metales, sustancias húmicas y otros materiales orgánicos. El kit puede aislar ADN de alta calidad incluso a partir de agua con altos niveles de contaminantes. La purificación puede automatizarse en QIAcube Connect.

Purificar ADN de muestras de biopelícula

Al emparejar las técnicas de lisis química y mecánica con la Inhibitor Removal Technology (IRT) patentada, el DNeasy PowerBiofilm Kit supera la lisis celular ineficaz en las biopelículas más exigentes. La purificación de ADN con este kit puede automatizarse en QIAcube Connect.

Purificar ADN a partir de células de plantas, tejidos y semillas

El DNeasy Plant Pro Kit cuenta con varias características innovadoras que permiten recuperar ADN de alta calidad a partir de los tipos de muestras más difíciles, incluidas hojas de fresas, hojas de parra, agujas de pino y diversos tipos de semillas. El kit puede automatizarse en QIAcube Connect.

Purificación de ARN a partir de muestras de suelo

Aislar ARN total a partir de 2 gramos de suelo es fácil con el RNeasy PowerSoil Total RNA Kit. Mientras que el kit funciona con todos los tipos de suelo, destaca con muestras con un alto contenido en sustancias húmicas, como el estiércol, el sedimento o el compost.

Purificar ARN a partir de muestras de agua filtrada

El aislamiento de ARN a partir de todos los microbios presentes en muestras de agua ambiental con el RNeasy PowerWater Kit. El kit aísla ARN de bacterias (grampositivas o gramnegativas), algas y hongos. El ARN resultante puede utilizarse en RT-PCR, qPCR, RNA-seq y otras aplicaciones posteriores.

Purificar ARN de muestras de biopelícula

Impulse el aislamiento de ARN con RNeasy PowerBiofilm Kit. La lisis mecánica y la química se combinan con la Inhibitor Removal Technology para una lisis eficaz, que da como resultado el aislamiento de ARN puro de los inhibidores típicos de las biopelículas. El ARN resultante ya está listo para realizar más análisis con aplicaciones posteriores.

Purifique ADN a partir de cualquier muestra con nuestro servicio de aislamiento de ADN

Con el servicio de aislamiento de ADN de QIAGEN, tendrá la garantía de que se aplican décadas de experiencia a la purificación de muestras. Seleccionaremos el kit que mejor se adapte a su aplicación posterior. Es posible proporcionar la cuantificación de ADN y los datos de pureza.

Descubra los productos para preparación de muestras de microbioma ambiental y agrícola

Suelo (5)Agua (2)Biopelícula (2)Plantas (1)Instrumentos (3)

dna purification microbial dna

DNeasy PowerSoil Pro Kits

For the isolation of microbial genomic DNA from all soil types

dna purification genomic dna

DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit

For the isolation of microbial genomic DNA from soil and stool on the QIAcube HT

rna purification microbial rna

RNeasy PowerSoil Total RNA Kit

For the isolation of high quality total RNA from all soil types

dna purification microbial dna

DNeasy PowerMax Soil Kit

For the isolation of microbial DNA from large quantities of soil with low microbial load

dna purification microbial dna

DNeasy PowerLyzer PowerSoil Kit

For the bead-based isolation of DNA from tough soil microbes

Menor tiempo de intervención gracias a los sistemas de preparación de muestras automatizados

La preparación de las muestras es un factor muy importante en el flujo de trabajo de microbioma correcto y su reproducibilidad. Cuando diferentes personas extraen ácidos nucleicos de muestras, la posibilidad de error aumenta debido a las diversas intervenciones manuales. Esto puede conllevar una variación en la calidad del ácido nucleico en el resultado como la degradación, la concentración o la presencia de contaminantes la muestra. Por lo tanto, la automatización de la extracción de ácidos nucleicos es una manera de garantizar la reproducibilidad. Obtenga más información sobre las soluciones automatizadas de QIAGEN para una preparación de muestras estandarizada y fiable.

Análisis de muestras

QIAcube Connect

La QIAsphere App permite la extracción de ácido nucleico basado en columnas de centrifugación automatizada y puede gestionarse desde fuera del laboratorio.

Más información

QIAcube HT

Permite la purificación de ácidos nucleicos con un rendimiento automatizado de medio a alto en un formato de 96 pocillos utilizando tecnología de membranas de sílice.

Más información

QIAsymphony SP

Permite la purificación totalmente automatizada de ADN y ARN a partir de una amplia gama de muestras microbianas con una variación en los volúmenes de entrada.

Más información

EZ2 Connect

Permite el aislamiento automatizado de ácidos nucleicos virales en hasta 24 muestras.

Más información

Servicio de aislamiento de ADN a partir de cualquier muestra

Desde la extracción y la cuantificación a la NGS y el análisis, con tecnologías avanzadas.

Más información

Análisis por NGS, dPCR y qPCR

Detecte, identifique y cuantifique elementos diana microbianos, resistencia antimicrobiana o genes de virulencia por dPCR, qPCR o NGS.

Análisis del genoma completo y de secuencias específicas con la secuenciación de siguiente generación (NGS)

Los métodos de NGS permiten el análisis simultáneo de miles de especies dentro de una comunidad microbiana. Debido a esto la NGS ha revolucionado completamente el estudio del microbioma humano y ambiental.

La selección de reactivos y cebadores juega un papel importante en la generación de una genoteca de NGS adecuada para minimizar el sesgo y para maximizar la profundidad de lectura. Nuestros diversos kits se alinean con las diversas necesidades de amplificación y secuenciación para conseguir una cobertura uniforme y una alta calidad de lectura.

Elementos destacados de la NGS para la detección y caracterización de microbioma y de microbios

Secuenciación metagenómica indiscriminada

El QIAseq FX DNA Library Prep Kit es una preparación completa de una genoteca de secuenciación NGS totalmente enzimática para las aplicaciones de secuenciación de ADN muy complejas, con sesgo de GC bajo, distribución de cobertura superior y tasa de duplicación más baja.

Detección selectiva de variantes NGS de alta sensibilidad

Detecte y caracterice elementos diana de bacterias y de virus de manera separada con los QIAseq xHYB Viral and Bacterial Panels. Elimine los cuellos de botella de datos y reduzca el tiempo de espera con análisis de datos e interpretación de variantes rápidos.

Elaboración de perfiles 16S/ITS

QIAseq 16S/ITS Region Panels y QIAseq 16S/ITS Screening Panel ofrecen una elaboración exhaustiva y robusta de perfiles de comunidades bacterianas y fúngicas con la flexibilidad de interrogar cualquier combinación de regiones 16S bacterianas variables y regiones ITS fúngicas en plataformas Illumina mediante cebadores fásicos.

Eliminación de ARNr 5S/16S/23S + Metatranscriptómica

Los QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kits eliminan el ARNr 5S/16S/23S bacteriano, muy abundante, de su genoteca de secuenciación de ARN. Han sido diseñados para muestras microbianas de comunidades complejas. Los QIAseq Stranded RNA Library Kits ofrecen un método superior para generar genotecas de RNA-seq compatibles con Illumina a partir de muestras enriquecidas de ARN total o ARNm.

Los servicios de genómica para elaboración de perfiles exhaustivos de comunidades bacterianas y fúngicas

Déjenos hacer el trabajo por usted. Con los 16S/ITS Microbiome Profiling Services, podrá pasar con rapidez y confianza de muestras difíciles a información útil. Puede interrogarse cualquier combinación de regiones variables 16S y regiones ITS.

Descubra los productos de NGS para microbioma

Secuenciación del genoma completo (1)Elaboración de perfiles 16S/ITS (2)Secuenciación dirigida (1)Metatranscriptómica (2)

next generation sequencing metagenomics

QIAseq FX DNA Library Kit

All-enzymatic whole genome and hybrid capture library preparation for Illumina instruments with minimal bias

Servicio de elaboración de perfiles de microbioma para muestras difíciles

Secuenciación de última generación e interrogación de las regiones 16S/ITS con tecnologías avanzadas.

Más información

Detección y cuantificación de microbios con PCR digital

La presencia de elementos diana microbianos en niveles bajos en muestras difíciles ha impedido su detección y seguimiento específicos. En estas situaciones es donde la PCR digital resulta útil:
No solo gracias a su alta precisión y sensibilidad, que permite identificar una amplia variedad de elementos diana microbianos, incluyendo elementos de bacterias, fúngicos, de parásitos, de virus, de resistencia antibiótica y genes de factor de virulencia a partir de diversas muestras. Además, la dPCR permite la cuantificación absoluta de elementos diana sin necesidad de curvas estándar.

La nueva cartera de productos de dPCR Microbial DNA Detection Assay:

Identifica >680 elementos diana
Combina la detección de ADN microbiano y ARN vírico en una única reacción.
Detecta hasta cinco elementos diana por reacción
Sigue un flujo de trabajo de dPCR simple y rápido en unas dos horas

QIAstat-Dx, QIAcuity, syndromic testing, digital PCR, dPCR, scan cartridge, Labworker handling the instrument, touch display, Julian Phillips, Amit Singh, Chaimae Safi, mask, wearing masks, labcoat

Instrumento (1)Ensayo (1)Kit (1)

instruments and automation pcr instruments

QIAcuity Digital PCR System

Para aplicaciones de PCR digital basadas en nanoplaca

ADNA, PCR plate, qPCR, adding DNA the colored MasterMix is turning from blue to green, visual control of correct pipetting, cat. no. 208054 QuantiNova SYBR Green PCR Kits (500), cat. no.208254 QuantiNova Probe PCR Kits (500) 05/2013, (PCR, Spin/Tube/Plate, Photography, Applications DNA (ADNA))

Detección de microbios específica y sensible con una PCR en tiempo real

Cuando utiliza una PCR en tiempo real para la identificación y elaboración de perfiles microbianos, existen dos elementos clave: la sensibilidad y la especificidad. Estas dependen de la eficacia uniforme de la PCR y de las condiciones de amplificación. Nuestros ensayos qPCR de ADN microbiano verificados experimentalmente le permiten detectar especies microbianas, genes de virulencia o genes de resistencia a antibióticos mediante un sencillo flujo de trabajo qPCR. Además, es posible diseñar matrices personalizadas para evaluar elementos diana de interés específicos.

Instrumento (2)Ensayos (1)Kits (6)

dna methylation methylation specific pcr

Rotor-Gene Q

For outstanding performance in real-time PCR

instruments and automation pcr instruments

QIAamplifier 96

For fast and high performance end-point PCR experiments in a 96-well format

Digital Insights

Dándole sentido a los datos genómicos microbianos complejos

Solo los datos bien estructurados y claros pueden ayudarle a entender qué está sucediendo y le permiten pasar a la acción. Sin embargo, el
volumen y complejidad de los datos pueden ser abrumadores.

Es por eso que QIAGEN CLC Genomics Workbench Premium es una plataforma de bioinformática fácil e intuitiva. Ofrece varias herramientas y flujos de trabajo personalizables para pasar de los grandes datos a la caracterización del microbio de interés.

Descubra la información digital para el análisis de microbioma

QIAGEN CLC Genomics Workbench Professional

Permite llevar a cabo una elaboración de perfiles microbiana, una clasificación de los patógenos y un análisis de los motivos de desencadenamiento a través de recursos bioinformáticos de última generación.

Obtener más información

QIAGEN CLC Genomics Workbench

Permite analizar, comparar y visualizar datos de secuenciación de última generación.

Obtener más información

Preguntas frecuentes sobre métodos de investigación de microbioma

¿Qué es la secuenciación de ARNr 16S e ITS?

El método más común utilizado para la elaboración de perfiles de comunidades microbianas es la secuenciación del gen de ARN ribosomal (ARNr) 16S y las regiones de espaciador transcrito interno (Internal Transcribed Spacer, ITS) para bacterias y hongos, respectivamente. Debido a la distribución universal y la naturaleza conservada, el ARNr 16S y los genes ITS son marcadores bien establecidos que se usan para la identificación y la clasificación bacteriana y fúngica.

El gen ARNr 16S consta de regiones muy conservadas y también hipervariables. Las regiones conservadas sirven como ubicaciones de unión de cebador para la amplificación por PCR de las regiones variables, y las regiones variables contienen secuencias que pueden usarse para la identificación y la clasificación bacteriana.

¿Qué es la secuenciación metagenómica indiscriminada?

En contraste con la secuenciación de ARNr 16S e ITS, la secuenciación metagenómica indiscriminada cubre todo el genoma de todos los organismos presentes en una muestra.

La secuenciación metagenómica indiscriminada cubre toda la información genética de una muestra; por lo tanto, los datos pueden usarse para varios análisis, por ejemplo, los conjuntos y la agrupación metagenómica, la elaboración de perfiles de funciones metabólicas y de genes con resistencia antibiótica.

¿Qué es la metatranscriptómica?

La metatranscriptómica estudia el perfil completo de expresión genética de las comunidades microbianas en entornos naturales vivos. Permite la cuantificación de los niveles de expresión genética y sus cambios en respuesta a distintas condiciones, por ejemplo, condiciones fisiológicas frente a patológicas en un organismo.