Microbes et microbiome

Méthode Sample to Insight

Développez votre méthode complète de recherche sur le microbiome

Dans la recherche sur le microbiome, vous devez analyser des échantillons de différentes origines qui sont très diversifiés et souvent pleins de contaminants. Cela signifie qu’il peut être difficile d’obtenir des résultats fiables auxquels vous pouvez faire confiance. Pour obtenir le plus d’informations sur votre échantillon de microbiome ou pour détecter des cibles microbiennes spécifiques dans votre échantillon, nous avons développé une méthode complète. Du broyage des échantillons et de la préparation des acides nucléiques à l’analyse séquentielle par NGS ou à la quantification par PCR numérique, explorez les sections ci-dessous pour trouver une solution appropriée à chaque étape de la méthode d’étude du microbiome.

Notre équipe est à votre disposition

Nous vous invitons à poser vos questions sur la méthode et nos produits.

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Stabilisation d’échantillons

Lors du prélèvement d’un échantillon de selles, les acides nucléiques et les microbes à l’intérieur réagissent à toute variation de la teneur en oxygène ou en eau ainsi qu’à la température. Ceci, plus un temps de stockage important avant l’extraction des acides nucléiques, peut conduire à l’augmentation et à la chute de certaines espèces et changer la composition microbienne.

Par conséquent, pour obtenir les informations les plus précises sur votre échantillon, la stabilisation de ses microbes et de leurs acides nucléiques est une étape cruciale. Nos solutions de protection ADN/ARN maintiennent vos échantillons intacts et préservent l’intégrité microbienne.

Découvrez les produits pour la stabilisation d’échantillons de microbiome

ADN/ARN PowerProtect (1)

sample collection stabilization rna

PowerProtect DNA/RNA

For stabilization and preservation of the microbial community profile and expression profile in stool samples over time

Perturbation des échantillons

Les échantillons microbiens contiennent souvent des mélanges complexes de microbes, avec leurs solides parois cellulaires et leurs produits métaboliques, ainsi que d’autres molécules biotiques et abiotiques. Tous ces composants peuvent être différents polymères extracellulaires et donc très divers. Cette complexité et cette robustesse rendent la lyse des échantillons microbiens plutôt difficile.

Pour assurer une perturbation efficace, l’homogénéisation mécanique est cruciale et évite l’introduction de biais dans la méthode d’analyse

Échantillons microbiens sur des plaques à 96 puits

Comment lyser des échantillons difficiles sur une plaque à 96 puits ? Comment retirer les billes excédentaires et sceller les plaques pour éviter les fuites et la contamination croisée ? Regardez la vidéo pour le découvrir.

Les plaques PowerBead Pro font partie de la nouvelle technologie du kit Pro de QIAGEN. Avec un processus amélioré d'homogénéisation par billes ("bead-beating") pour le TissueLyser II, elles fournissent un haut débit et un moyen efficace pour lyser les bactéries et les champignons. Pour isoler l’ADN génomique microbien de tous les types de sol et de selles, elles sont comprises dans le DNeasy 96 PowerSoil Pro Kit.

Découvrez les produits de perturbation et d’homogénéisation pour la perturbation d’échantillons de microbiome

Produits d’homogénéisation (1)

instruments and automation accessories

Vortex Adapters

For maximizing homogenization with the Vortex-Genie 2 Vortex

Échantillons de microbiome humain

Les échantillons provenant de différentes sources présentent des défis uniques liés à leurs compositions physiques, chimiques et microbiennes ainsi qu’à leurs substances. C’est pourquoi nos kits de préparation des échantillons pour la recherche biomédicale ont une optimisation spécifique au type d’échantillon, tels que les intestins, les selles, les écouvillons et plus encore.

En outre, l’Inhibitor Removal Technology® (IRT) brevetée permet d’éliminer les inhibiteurs pendant le processus de purification. Il en résulte des rendements élevés en acides nucléiques purs, prêts à l’emploi, même dans les applications en aval exigeantes.

Télécharger le guide

Préparation des échantillons biomédicaux – points forts

Purifiez l’ADN à partir d’échantillons de selles

Le QIAamp PowerFecal Pro DNA Kit élimine les inhibiteurs tenaces et produit de l’ADN purifié, prêt à l’emploi, pour n’importe quelle application en aval. La préparation de l’ADN peut s’effectuer de façon manuelle ou automatisée sur le QIAcube Connect.

Automatisez la purification de l’ADN à partir de selles sur le QIAsymphony

Le QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit permet l’extraction automatisée, rapide et normalisée d’ADN exempt de tout inhibiteur à partir d’échantillons de selles et de sol. Ce kit est conçu pour l’analyse de 192 échantillons avec chargement continu de lots de 24 échantillons sur le QIAsymphony.

Automatisez la purification d’ADN dans les échantillons de selles sur le QIAcube HT

Le DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit permet la purification simplifiée et entièrement automatisée d’un ADN génomique de haute qualité dans les échantillons de selles à l’aide du QIAcube HT pour le traitement simultané de 24 à 96 échantillons.

Purifiez l’ADN à partir d’écouvillons et de liquides corporels

Le QIAamp DNA Microbiome Kit simplifie et assure l’efficacité de la déplétion de l’ADN de l’hôte pendant le processus de purification, tout en maximisant la couverture de l’ADN bactérien pendant l’analyse par NGS.

Purifiez l’ARN à partir d’échantillons contaminés

Avec le RNeasy Powerfecal Pro Kit, vous pouvez isoler l’ARN total à partir de selles, de boues et d’échantillons d’eaux usées qui sont généralement riches en inhibiteurs de la PCR. Le kit utilise l’Inhibitor Removal Technology® de seconde génération pour vous permettre d’obtenir des rendements élevées en ARN pur.

Purifiez l’ARN à partir d’échantillons de biofilm

Remédiez à l’inefficacité de la lyse cellulaire grâce au RNeasy PowerBiofilm Kit. La lyse mécanique et la lyse chimique sont associées avec l’Inhibitor Removal Technology afin d’isoler de l’ARN pur et sans inhibiteurs. L’ARN obtenu est alors prêt pour l’analyse subséquente dans les applications en aval.

Purifiez l’ADN et l’ARN à partir d’échantillons de selles

L’AllPrep PowerFecal DNA/RNA Kit et l’AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA Kit permettent l’isolement simultané de l’ADN et de l’ARN dans des éluats séparés à partir d’un même échantillon. Ce kit est optimisé pour l’analyse métagénomique et métatranscriptomique à l’aide du séquençage nouvelle génération.

Purifiez l’ADN et l’ARN viral ou bactérien à partir d’échantillons de selles

L’AllPrep PowerViral DNA/RNA Kit est conçu pour purifier simplement et rapidement les acides nucléiques totaux viraux et bactériens dans tous les échantillons, même ceux qui comportent une forte teneur en inhibiteurs de la PCR. Il permet d’obtenir de l’ADN et de l’ARN de virus et de bactéries prêts à l’emploi dans les applications en aval les plus exigeantes.

Purifiez l’ARN à partir de selles et de matières intestinales

Conçu pour la purification de l’ARN total à partir de selles, de matières fécales séchées, de matières intestinales, d’écouvillons buccaux contaminés et de sécrétions, le RNeasy PowerMicrobiome Kit permet d’isoler de l’ARN prêt à l’emploi pour les applications en aval exigeantes.

Découvrez les produits de préparation d’échantillons microbiens humains

Échantillons de selles (8)Écouvillons (6)Liquides corporels (1)Biofilm (2)Instruments (3)

dna purification genomic dna

QIAamp PowerFecal Pro DNA Kits

For the isolation of microbial DNA from stool and gut samples

dna purification genomic dna

DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit

For the isolation of microbial genomic DNA from soil and stool on the QIAcube HT

dna purification microbial dna

QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit

For the isolation of microbial genomic DNA from stool and soil on the QIAsymphony

dna purification microbial dna

AllPrep PowerViral DNA/RNA Kit

For isolating viral or bacterial total nucleic acids from waste water and stool samples

dna rna purification multianalyte and virus

AllPrep PowerFecal DNA/RNA Kit

For simultaneous purification of genomic DNA and total RNA from stool samples

rna purification microbial rna

Rneasy PowerMicrobiome Kit

For the isolation of total RNA from stool and gut material

dna rna purification multianalyte and virus

AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA Kit

For simultaneous purification of microbial DNA and total RNA from the same stool sample

rna purification microbial rna

RNeasy PowerFecal Pro Kit

For the isolation of microbial RNA from stool and gut samples, sludge, or wastewater

Échantillons environnementaux

Les échantillons prélevés dans l’environnement contiennent souvent des mélanges complexes de matières inorganiques et organiques comme des matières végétales, des insectes, des excréments d’animaux ou des microbes. Cela rend les échantillons microbiens environnementaux exceptionnellement difficiles à lyser et à traiter.

Pour obtenir des informations fiables, nos kits de préparation d’échantillons pour la recherche environnementale et agronomique ont une optimisation spécifique au type d’échantillon, tels que sol, biofilm, eau (déchets), plantes et plus.

Télécharger le guide

Préparation des échantillons en recherche environnementale et agronomique – points forts

Purifiez l’ADN, quel que soit le type de sol

Le DNeasy PowerSoil Pro permet d’isoler des quantités élevées d’ADN microbien pur à partir de tous types d’échantillons de sol, dont le compost, l’argile et le sol arable. L’extraction de l’ADN à l’aide du DNeasy PowerSoil Pro Kit peut être automatisée sur le QIAcube Connect.

Purifiez l’ADN à partir du sol sur le QIAcube HT

Le DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit simplifie et automatise entièrement la purification d’un ADN génomique de haute qualité à partir d’échantillons de sol. Grâce au QIAcube HT, 24 à 96 échantillons sont traités simultanément.

Purifiez l’ADN dans l’eau

Le DNeasy PowerWater Kit isole l’ADN génomique exempt de sels, métaux, substances humiques et autres matières organiques à partir d’échantillons d’eau filtrée. Ce kit permet d’isoler de l’ADN de haute qualité, même dans l’eau comportant de fortes teneurs en contaminants. La purification peut être automatisée sur le QIAcube Connect.

Purifiez l’ADN à partir d’échantillons de biofilm

En associant des techniques de lyse chimique et mécanique avec l’Inhibitor Removal Technology (IRT), le DNeasy PowerBiofilm Kit permet de remédier à l’inefficacité de la lyse cellulaire dans les biofilms les plus problématiques. La purification de l’ADN à l’aide de ce kit peut être automatisée sur le QIAcube Connect.

Purifiez l’ADN des cellules, tissus et graines de plantes

Le DNeasy Plant Pro Kit est doté de caractéristiques innovantes permettant la récupération d’ADN de haute qualité dans les types d’échantillons les plus complexes, dont les feuilles de fraise, les feuilles de vigne, les aiguilles de pin et diverses sortes de graines. Ce kit peut être automatisé sur le QIAcube Connect.

Purification de l’ARN dans les échantillons de sol

Grâce au RNeasy PowerSoil Total RNA Kit, il est facile d’isoler l’ARN total à partir d’un maximum de 2 g de sol. Bien que le kit soit efficace avec tous types de sol, c’est avec les échantillons à forte teneur en substances humiques tels que le fumier, les sédiments ou le compost qu’il offre ses meilleures performances.

Purifiez l’ARN dans les échantillons d’eau filtrée

Isolement de l’ARN de tous les microbes présents dans les échantillons d’eau environnementale à l’aide du RNeasy PowerWater Kit. Ce kit permet d’isoler l’ARN des bactéries (Gram +/–), des algues et des champignons. L’ARN obtenu peut ensuite être utilisé en RT-PCR, qPCR, RNA-seq et dans d’autres applications en aval.

Purifiez l’ARN à partir d’échantillons de biofilm

Améliorez l’isolement de l’ARN grâce au RNeasy PowerBiofilm Kit. La lyse mécanique et la lyse chimique sont associées avec l’Inhibitor Removal Technology (IRT) afin d’accroître l’efficacité du processus de lyse pour isoler de l’ARN pur, exempt des inhibiteurs typiquement présents dans les biofilms. L’ARN obtenu est alors prêt pour l’analyse subséquente dans les applications en aval.

Purifiez l’ADN de tout type d’échantillon grâce à notre service d’isolement de l’ADN

Grâce au service d’isolement de l’ADN de QIAGEN, ce sont des décennies d’expertise sont mises qui sont mises au service de la purification de vos échantillons. Nous sélectionnerons le kit le mieux adapté à votre application en aval. Vous pouvez obtenir les données de quantification et de pureté de l’ADN si vous le souhaitez.

Découvrez les produits de préparation des échantillons de microbiome en recherche environnementale et agronomique

Sol (5)Eau (2)Biofilm (2)Plante (1)Instruments (3)

dna purification microbial dna

DNeasy PowerSoil Pro Kits

For the isolation of microbial genomic DNA from all soil types

dna purification genomic dna

DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit

For the isolation of microbial genomic DNA from soil and stool on the QIAcube HT

rna purification microbial rna

RNeasy PowerSoil Total RNA Kit

For the isolation of high quality total RNA from all soil types

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DNeasy PowerMax Soil Kit

For the isolation of microbial DNA from large quantities of soil with low microbial load

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DNeasy PowerLyzer PowerSoil Kit

For the bead-based isolation of DNA from tough soil microbes

Moins de temps de travail avec les systèmes automatisés de préparation des échantillons

La préparation des échantillons joue un rôle important dans la réussite et la reproductibilité de chaque méthode d’analyse microbienne. Lorsque différents utilisateurs extraient des acides nucléiques à partir d’échantillons, les risques d’erreurs découlant de multiples interventions manuelles augmentent. Cela peut conduire à des variations dans la qualité des acides nucléiques comme la dégradation, la concentration ou la présence de contaminants et avoir un impact sur vos résultats. Par conséquent, l’automatisation de l’extraction des acides nucléiques est un moyen d’assurer la reproductibilité. Découvrez plus en détails les solutions automatisées de QIAGEN pour une préparation des échantillons standardisée et fiable.

Analyse d’échantillons

QIAcube Connect

Permet l’extraction automatisée d’acide nucléique par colonne de centrifugation gérée depuis l’extérieur du laboratoire à l’aide de l’application QIAsphere.

QIAcube HT

Permet une purification automatisée des acides nucléiques de débit moyen à élevé en format 96 puits à l’aide de la technologie à membrane de silice.

QIAsymphony SP

Permet une purification entièrement automatisée de l’ADN et de l’ARN à partir d’un large éventail d’échantillons microbiens avec différents volumes d’entrée.

EZ2 Connect

Permet l’isolement automatisé des acides nucléiques viraux à partir de 24 échantillons.

Service d’isolement de l’ADN à partir de tout type d’échantillon

De l’extraction et de la quantification au NGS et à l’analyse au moyen de technologies avancées.

Analyse par NGS, dPCR, qPCR

Détectez, identifiez et quantifiez les cibles microbiennes, la résistance aux antimicrobiens ou les gènes de virulence par dPCR, qPCR ou NGS.

Génome entier et analyse de séquences ciblées avec séquençage nouvelle génération

Avec les méthodes de séquençage nouvelle génération (NGS), il est possible d’analyser simultanément des milliers d’espèces au sein d’une communauté microbienne. Pour cette raison, le NGS a complètement révolutionné la façon d’étudier le microbiome humain et environnemental.

Les réactifs et la sélection des amorces jouent des rôles importants dans la création de banques NGS conçues pour minimiser le biais et maximiser la profondeur de lecture. Nos différents kits satisfont aux différents besoins d’amplification et de séquençage afin d’obtenir des couvertures homogène et de hautes qualités de lecture.

NGS pour microbiome, la détection et la caractérisation microbiennes – point forts

Séquençage métagénomique shotgun

Le QIAseq FX DNA Library Prep Kit permet la préparation enzymatique intégrale d’une banque NGS pour le séquençage d’ADN de haute complexité avec un faible biais en GC, une distribution de couverture supérieure et un taux de duplication inférieur.

Détection de variants NGS ciblés, haute sensibilité

Détectez et caractérisez des cibles virales et bactériennes distinctes avec les QIAseq xHYB Viral and Bacterial Panels. Éliminez les obstacles liés aux données et réduisez le délai de traitement grâce à l’analyse rapide des données et à l’interprétation des variants.

Profilage 16S/ITS

Les QIAseq 16S/ITS Region Panels et QIAseq 16S/ITS Screening Panel permettent le profilage complet et robuste des communautés bactériennes et fongiques grâce à la possibilité d’interroger toute combinaison de régions 16S variables bactériennes et de régions ITS fongiques sur les plateformes Illumina à l’aide de phases d’amorces.

Élimination des ARNr 5S/16S/23S + métatranscriptomique

Les QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kits éliminent les ARNr 5S/16S/23S bactériens très abondants de votre bibliothèque RNA-seq. Ils ont été conçus pour les échantillons de communautés microbiennes complexes. Les QIAseq Stranded RNA Library Kits constituent une méthode supérieure pour générer des banques RNA-seq, compatibles avec les instruments Illumina, à partir d’échantillons d’ARN total ou enrichis en ARNm.

Services de génomique pour le profilage complet des communautés bactériennes et fongiques

Laissez-nous travailler pour vous. Grâce aux 16S/ITS Microbiome Profiling Services, vous pouvez obtenir rapidement et en toute fiabilité des informations pertinentes à partir d’échantillons problématiques. Il est possible d’interroger n’importe quelle combinaison de régions 16S variables et de régions ITS.

Découvrez les produits NGS pour microbiome

Séquençage du génome entier (1)Profilage 16S/ITS (2)Séquençage ciblé (1)Métatranscriptomique (2)

next generation sequencing metagenomics

QIAseq FX DNA Library Kit

All-enzymatic whole genome and hybrid capture library preparation for Illumina instruments with minimal bias

Service de profilage des microbiomes pour les échantillons problématiques

Séquençage nouvelle génération et interrogation des régions 16S/ITS à l’aide de technologies avancées.

Détection et quantification des microbes par PCR numérique

La présence de cibles microbiennes à de faibles concentrations dans des échantillons difficiles a entravé leur détection et leur surveillance spécifiques. C’est là que la PCR numérique est pratique :
Non seulement, sa grande précision et sa sensibilité permettent d’identifier dans de nombreux échantillons un large éventail de cibles microbiennes, notamment les gènes bactériens, fongiques, parasites, viraux, de résistance aux antibiotiques et de virulence. En outre, la dPCR permet la quantification absolue des cibles sans avoir besoin de courbes d'étalonnage.

La nouvelle gamme de dosage de détection d’ADN microbien par dPCR :

identifie > 680 cibles
combine la détection d’ADN microbien et d’ARN viral en une seule réaction
détecte jusqu’à cinq cibles par réaction
suit une méthode de dPCR simple et rapide en deux heures environ

QIAstat-Dx, QIAcuity, syndromic testing, digital PCR, dPCR, scan cartridge, Labworker handling the instrument, touch display, Julian Phillips, Amit Singh, Chaimae Safi, mask, wearing masks, labcoat

Instrument (1)Dosage (1)Kit (1)

instruments and automation pcr instruments

QIAcuity Digital PCR System

Pour les applications de PCR digitale sur nanoplaque

ADNA, PCR plate, qPCR, adding DNA the colored MasterMix is turning from blue to green, visual control of correct pipetting, cat. no. 208054 QuantiNova SYBR Green PCR Kits (500), cat. no.208254 QuantiNova Probe PCR Kits (500) 05/2013, (PCR, Spin/Tube/Plate, Photography, Applications DNA (ADNA))

Détection microbienne spécifique et sensible avec PCR en temps réel

Lors de l’usage de la PCR en temps réel pour l’identification et le profilage microbiens, deux éléments sont essentiels : la sensibilité et la spécificité. Celles-ci reposent sur une efficacité PCR et des conditions d’amplification uniformes. Nos dosages qPCR d’ADN microbien vérifiés expérimentalement permettent de détecter des espèces microbiennes, des gènes de virulence ou des gènes de résistance aux antibiotiques en utilisant une méthode de qPCR simple. En outre, des tableaux personnalisés peuvent être conçus pour évaluer des cibles d’intérêt spécifiques.

Instrument (1)Dosages (1)Kits (6)

instruments and automation pcr instruments

QIAamplifier 96

For fast and high performance end-point PCR experiments in a 96-well format

Informations numériques

Comprendre les données génomiques microbiennes complexes

Seules des données claires et bien structurées vous aident à comprendre ce qui se passe et vous permettent d’agir. Cependant, le
volume et la complexité des données peuvent exiger beaucoup de travail.

C’est pourquoi QIAGEN CLC Genomics Workbench Premium est une plateforme bioinformatique simple et intuitive. Elle offre divers outils et méthodes personnalisables pour faire ce saut du big data à la caractérisation de votre microbe d’intérêt.

Découvrez les informations numériques pour l’analyse du microbiome

QIAGEN CLC Genomics Workbench Professional

Pour le profilage microbien, le typage des agents pathogènes et l’analyse des épidémies à l’aide de la bio-informatique de pointe

QIAGEN CLC Genomics Workbench

Pour l’analyse, la comparaison et la visualisation des données de séquençage nouvelle génération

FAQ sur les méthodes de recherche sur le microbiome

Qu’est-ce que le séquençage de l’ARNr 16S et des ITS ?

La méthode la plus fréquemment utilisée pour le profilage des communautés microbiennes est le séquençage du gène de l’ARN ribosomique 16S (ARNr) et des régions ITS (Internal Transcribed Spacer) pour les bactéries et les champignons. En raison de leur distribution universelle et de leur conservation, le gène de l’ARNr 16S et les régions ITS sont des marqueurs génétiques bien établis, utilisés pour l’identification et la classification des bactéries et des champignons.

Le gène de l’ARNr 16S est constitué de régions hautement conservées et de régions hypervariables. Les régions conservées servent de sites de fixation des amorces pour l’amplification par PCR des régions variables, et les régions variables contiennent des séquences utilisables dans l’identification et la classification des bactéries.

Qu’est-ce que le séquençage métagénomique shotgun ?

Contrairement au séquençage de l’ARNr 16S et des ITS, le séquençage métagénomique shotgun couvre l’intégralité du génome des organismes présents dans un échantillon.

Le séquençage métagénomique shotgun couvre toutes les informations génétiques dans un échantillon. Par conséquent, les données peuvent être utilisées pour diverses analyses, p. ex. l’assemblage et le binning métagénomiques, le profilage métabolique et le profilage des gènes de résistance aux antibiotiques.

Qu’est-ce que la métatranscriptomique ?

La métatranscriptomique est l’étude du profil d’expression génique complet des communautés microbiennes dans les milieux naturels. Elle permet la quantification des niveaux d’expression génique et de leurs modifications en réponse à différentes conditions, p. ex. dans la comparaison entre les conditions physiologiques et pathologiques d’un organisme.