PCR digitale

Applications de dPCR sur nanoplaques

Principales applications de la PCR digitale sur nanoplaques

Grâce à sa sensibilité élevée, sa précision supérieure et sa quantification absolue, la PCR digitale permet de détecter des cibles peu abondantes, des cibles dans des mélanges complexes et des variants alléliques, ainsi que de suivre des changements de moindre ampleur dans les niveaux de la cible dans une large gamme d’échantillons et d’applications, comprenant :

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Tests Covid-19 dans les eaux usées domestiques

Wastewater
En raison de la composition particulièrement hétérogène des eaux usées, il est nécessaire de disposer d’une méthode capable d’identifier de très petites quantités d’ARN viral dans un mélange de molécules d’acides nucléiques non-cibles. La PCR digitale peut mesurer les faibles concentrations d’ARN du SARS-CoV-2 présentes dans les eaux usées avec une bonne précision et montre une bonne corrélation avec les résultats de la qPCR. En outre, la PCR digitale permet de distinguer et de quantifier avec précision les variants résultant de la mutation du virus dans un échantillon et fournit également une mesure précise du nombre de copies des génomes de type sauvage et des variants.
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Comment la dPCR peut détecter des séquences cibles dans des échantillons problématiques

Des échantillons environnementaux aux biopsies liquides, la qPCR est capable de quantifier des cibles génétiques en petites quantités. Mais pour les échantillons complexes présentant une faible concentration de molécules cibles, la dPCR peut être un choix plus judicieux, notamment grâce aux nouveaux systèmes à nanoplaques.
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La détection des mutations rares

La PCR digitale offre une meilleure sensibilité dans la détection et la quantification absolue de rares événements ou variants de séquence, parce que la quantification y est indépendante du nombre de cycles d’amplification. De plus, le partitionnement augmente le rapport signal sur bruit et diminue les taux de faux positifs lors de la détection des cibles de faible fréquence (variants alléliques, SNP) sur un fond d’ensemble de types sauvages.

Les nouvelles utilisations de la PCR digitale pour la détection des mutations rares comprennent :

  • L’identification du cancer résiduel en dessous des niveaux de détection actuels
  • La détection des nouvelles mutations et duplications dans le cancer
  • Le suivi des mutations rares induisant une résistance aux médicaments
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Rare mutation

Variation du nombre de copies

Copy variation

La PCR digitale peut facilement détecter des changements de moindre ampleur tels que les changements inférieurs à 1,2 fois dans les CNV de quatre à cinq copies, sans nécessiter de courbe d’étalonnage. La précision et la sensibilité de cette technologie permettent au système de distinguer les changements subtils du nombre de copies, et l’exactitude est moins sensible aux changements d’efficacité de l’amplification et à la présence d’inhibiteurs. Les nouvelles utilisations de la PCR digitale pour la variation du nombre de copies concernent la recherche sur le cancer (dépistage et suivi des biomarqueurs du cancer), la recherche sur les maladies neurologiques et les études de population.

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Analyse d’expression génique

La précision accrue de la PCR digitale peut offrir une meilleure résolution à de nombreux aspects de l’analyse d’expression génique. Elle permet de suivre les changements plus subtils dans les niveaux d’expression, même les changements inférieurs à un facteur deux. La PCR digitale permet aussi une quantification plus sensible des cibles rares ou de l’ARN provenant d’échantillons de départ très limités.

Les nouvelles utilisations de la PCR digitale pour l’analyse de l’expression génique comprennent :

  • L’étude des événements de méthylation
  • La quantification des niveaux de transcription
  • La mesure des changements dans les niveaux de miARN
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gene expression analysis

Thérapie cellulaire et génique

group of dividing cells

La PCR digitale permet une série d’applications de thérapie génique, notamment la mesure du titre du génome des vecteurs des virus adéno-associés (VAA) et du nombre de copies des vecteurs lentiviraux, le développement et la fabrication de thérapies par lymphocytes T à récepteur antigénique chimérique (CAR-T). Elle permet également de valider en toute confiance la qualité de votre produit thérapeutique. Cet aspect est essentiel pour développer des thérapies cellulaires et géniques efficaces et reproductibles tout en garantissant la sécurité des patients.

Découvrez comment la dPCR QIAcuity peut offrir le même niveau d’exactitude et de précision en quantification du titre viral que la méthode de ddPCR classique, mais avec une vitesse accrue et un débit et une flexibilité globalement supérieurs.

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Détection des agents pathogènes microbiens

Les agents pathogènes microbiens sont omniprésents, ils concernent tous les aspects de notre vie, de la santé à la production alimentaire. Mais leur présence à des taux faibles dans des échantillons métagénomiques, des colonies isolées ou d’autres types d’échantillons problématiques complique leur détection et leur surveillance spécifiques. C’est là que la PCR digitale devient intéressante, sa grande précision et sa sensibilité permettent d’identifier dans de nombreux échantillons un large éventail de cibles microbiennes, notamment les gènes bactériens, fongiques, parasites, viraux, d’antibiorésistance et de virulence.

Avec la nouvelle gamme de dosage de détection d’ADN microbien par dPCR :

  • Identifiez > 680 cibles
  • Combinez la détection d’ADN microbien et d’ARN viral en une seule réaction
  • Détectez jusqu’à cinq cibles par réaction
  • Suivez une procédure de dPCR simple et rapide en deux heures environ
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3D illustration of a e. Coli bacteria, microbiome, gut bacteria, gastro, microorganism
Détection d’agents pathogènes par PCR digitale
Découvrez les nouveaux dosages par dPCR qui permettent d’identifier rapidement des espèces microbiennes, des gènes d’antibiorésistance et des gènes de virulence dans de nombreux échantillons.
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Témoignages
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ce que disent nos clients

« Quand vous avez un gène qui est vraiment très variable avec un grand nombre de copies, la résolution n’est vraiment pas suffisante avec la PCR quantitative », explique le Dr Johanna Andersson-Assarsson, chercheuse et coordinatrice de l’étude Swedish Obese Subjects (SOS), Service de médecine moléculaire et clinique, Université de Göteborg. Andersson-Assarsson affirme que grâce à sa résolution, la PCR digitale a été une sorte de révolution dans le domaine de l’analyse du nombre de copies. « Il existe différentes solutions de PCR digitale qui donnent de bons résultats. Ce que j’apprécie dans le système QIAcuity, c’est la rapidité et la simplicité de la méthode et le fait que l’on utilise moins de pointes et de plaques en plastique, ce qui est bon pour l’environnement. »

« Nous utilisons l’ADN environnemental (ADNe) pour étudier la distribution des espèces dans les écosystèmes côtiers marins. La PCR digitale possède des taux de détection supérieurs pour les faibles concentrations d’ADN et peut tolérer les hautes concentrations d’inhibiteurs de la PCR présentes dans ces écosystèmes. Nous avons récemment commandé un système de dPCR QIAGEN, le QIAcuity, parce que nous l’avons trouvé particulièrement simple et rapide. Selon Per Sundberg, PDG, SeAnalytics AB, Göteborg, Suède, « Il peut quantifier l’ADNe des espèces invasives avec plus d’exactitude et de sensibilité, indépendamment de l’efficacité de l’amplification ».
« Lors d’un essai avec le nouveau QIAcuity Eight, nous avons pu détecter de nouveaux variants de SARS-CoV-2 dans des échantillons d’eaux usées domestiques », explique Franz Durandet, président d’I.A.G.E. à Montpellier. « Nos tests ont montré que cette technologie rapide et évolutive de QIAGEN peut être un complément précieux de nos services de tests biologiques environnementaux, et nous la proposerons prochainement à nos clients. »
dPCR, Nicole Masters, John Spear, QIAcuity, customer testimonial, Colorado School of Mines
« Quand on travaille avec de faibles concentrations de biomasse microbienne, la qPCR est un bon outil pour la quantification, mais la dPCR est la meilleure approche. L’instrument de dPCR QIAcuity nous permet de détecter et de quantifier de manière cohérente les micro-organismes présents dans le sol, la roche et l’eau », a déclaré le professeur John R. Spear, du département des sciences du génie civil et de l’environnement de la Colorado School of Mines, dans le Colorado (États-Unis).
Sur l’image : Nicole Masters, étudiante diplômée
« Notre laboratoire adore utiliser le QIAcuity Digital PCR System pour la quantification absolue de cibles à partir d’une large gamme d’échantillons. La méthode est simple, facile à apprendre et génère des résultats incroyablement cohérents et sensibles », ont déclaré Drew Capone (au milieu) et ses collègues de l’Université de Caroline du Nord à Chapel Hill, NC (UNC).
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Parfois, il s’avère plus pratique de développer vos ressources internes grâce à une expertise et des services sur mesure qui garantissent l’obtention de données de haute qualité. Explorez tout ce que nos Services de PCR digitale ont à offrir pour une quantification sensible et reproductible des acides nucléiques dans des applications de détection de mutations rares et de variation du nombre de copies.

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