Choisir la PCR digitale ou la PCR quantitative – Découvrez les avantages et voyez si cela répond à vos objectifs de recherche
Lorsqu’on compare les technologies de dPCR et de qPCR, la principale différence est la précision. Si les deux technologies proposent une détection et une quantification particulièrement sensibles et fiables des acides nucléiques, leur principale différence est comparable à celle de la radio analogique par rapport à la radio numérique, d’après le Dr Jim Huggett, Principal Scientist, National Measurement Laboratory. « Avec une radio analogique, il faut d’abord tourner le bouton pour trouver la station souhaitée sans trop d’interférences. La qualité dépend de la réception et le signal subit des interférences parasites. Ça, c’est la PCR quantitative. Elle est fiable mais nécessite une optimisation pour un résultat correct, et même après, il faut faire face à un bruit de fond. Avec la radio numérique, il suffit de demander la station pour la trouver, avec un signal net, ou pas. Ça, c’est la PCR digitale, qui offre des résultats binaires précis. Elle compte littéralement les molécules d’ADN présentes ou absentes. La clarté des résultats associée à un faible taux d’erreur lui confèrent un niveau incroyablement élevé de précision. La PCR digitale est parfaitement adaptée pour mesurer des différences quantitatives plus faibles. »
Comparer et décider : qPCR vs. dPCR
| Real-Time PCR/qPCR | PCR digitale |
|---|---|
| Quantitative, relative ou absolue mais les courbes étalon ou les échantillons de référence sont nécessaires |
Quantitative, absolue et aucun étalon ni aucune référence n’est nécessaire |
|
PCR d'un volume d'échantillon important
|
Fractionnement d’échantillon
|
| Mesure l’amplification par PCR à chaque cycle | Mesure à la fin des cycles de PCR |
| Détecte un taux de mutation de > 1 % | Détecte un taux de mutation de ≥ 0,1% (rapport signal/bruit élevé) |
| Protocoles bien établis | Précision supérieure pour une reproductibilité supérieure parmi les laboratoires |
Quand utiliser la dPCR plutôt que la qPCR ?
Concernant leur recherche en biologie moléculaire et en génomique impliquant la quantification des acides nucléiques, les scientifiques se trouvent souvent à la croisée des chemins. Quelle technique de quantification choisir pour réaliser leurs objectifs de recherche avec efficacité : la PCR digitale (dPCR), plus précise et plus fiable, ou la Real-Time PCR quantitative (qPCR), plus normalisée et plus familière ? Les deux technologies présentent des similitudes mais aussi des avantages et des limites, le choix dépend ainsi de l’application.
La grille d’applications ci-dessous indique le niveau d’adéquation de chaque technologie avec certaines des applications les plus courantes.
La PCR digitale en gouttelettes (ddPCR), l’une des premières formes de PCR digitale, présentait déjà des avantages par rapport à la qPCR pour la plupart des applications susmentionnées. Dans le match ddPCR vs qPCR, la qPCR se révèle adaptée aux applications qui nécessitent une plage dynamique importante, tandis que la ddPCR est plus adaptée aux applications qui nécessitent une précision supérieure ou l’analyse de l’abondance des fractions.
L’évolution de la ddPCR en dPCR sur nanoplaques a élargi la portée de cette technologie afin d’intégrer davantage d’applications. La procédure de dPCR sur nanoplaques est nettement plus rapide grâce à la lecture simultanée de toutes les fractions d’échantillon, à l’automatisation frontale et à une configuration facile des plaques de type qPCR. Cette rapidité en fait une technologie adaptée au dépistage et aux applications à haut débit sans rogner sur la précision, l’exactitude et la sensibilité.
Des chercheurs présentent les avantages de la dPCR par rapport à la qPCR – Voyez l’exemple de quelques études qui ont fait appel à la dPCR pour dépasser les limites de la qPCR.
Passer de la qPCR à la dPCR – Grâce au QIAcuity Nanoplate Digital PCR System, toute la puissance de la dPCR devient accessible et plus abordable que jamais pour votre laboratoire.
-
Transformer l’expérience de la PCR
Imaginez que vous puissiez conserver la simplicité et le caractère familier de la qPCR, mais que vous puissiez bénéficier des gains de sensibilité et de précision de la PCR digitale, sans retarder l’interprétation des données scientifiques. Le QIAcuity, le système entièrement intégré de PCR digitale sur nanoplaques de QIAGEN, a été conçu pour répondre à vos besoins de recherche et dépasser les limites des méthodes actuellement disponibles. -
Comment fonctionne la dPCR sur nanoplaques de QIAGEN ?
Tout comme dans les expériences de qPCR, la préparation des échantillons comprend le transfert du Master Mix, des sondes et des amorces sur une nanoplaque à 96 ou 24 puits, suivi de l’ajout des échantillons. Le système intègre le fractionnement, le thermocyclage et l’imagerie dans un seul instrument entièrement automatisé qui permet aux utilisateurs de passer de l’échantillon aux résultats en moins de 2 heures. Il est possible d’effectuer l’analyse à distance sur la suite logicielle, qui fournit la concentration de la séquence cible en copies par microlitre et permet le contrôle qualité pour les échantillons positifs ou les contrôles sans matrice (NTC).
-
Dévoiler la magie du fonctionnement
Pour réinventer la familiarité et la simplicité d’utilisation tout en améliorant la résolution, nous avons développé ces nanoplaques avec un fractionnement supérieur afin de parvenir à un gain de précision et de sensibilité sans équivalent pour vos dosages. -
Pas de gouttelettes. Pas de cristaux. Pas de puces.
Les principaux avantages de la PCR digitale sur nanoplaques incluent notamment :
- Les plaques familières, simples d’utilisation, sont faciles à pipetter, exactement comme dans la qPCR
- Les fractions fixes empêchent les variations de taille et la coalescence
- Les nanoplaques scellées empêchent la contamination entre les puits
- Possibilité de lecture plus rapide grâce à la mesure simultanée de toutes les fractions d’un même échantillon
- Contrôle qualité intégré, on peut ainsi voir l’image de la plaque pour des signaux de fluorescence individuels issus des numérations de fractions positives individuelles
- Les plaques sont adaptées à l’automatisation frontale -
Simplifier la transition vers le digital
Il est temps de simplifier la transition à partir de la qPCR et de préparer vos applications de recherche essentielles à la PCR digitale. Oui, il vous suffit de 3 étapes simples pour obtenir le résultat de précision que vous voulez en moins de 2 heures : pipettez et chargez, laissez l’expérience se dérouler, puis analysez les résultats. En outre, le coût, la flexibilité et le débit ne sont plus des problèmes.
-
Transformer l’expérience de la PCR
-
Comment fonctionne la dPCR sur nanoplaques de QIAGEN ?
-
Dévoiler la magie du fonctionnement
-
Pas de gouttelettes. Pas de cristaux. Pas de puces.
-
Simplifier la transition vers le digital