La nouvelle référence en matière de PCR : la PCR digitale

Pour résumer, la PCR digitale permet de détecter les séquences rares, les variations du nombre de copies et les cibles microbiennes ; de quantifier les mutations rares, y compris à partir de biopsies liquides ; d’analyser des cellules individuelles ; de mesurer les charges virales ; d’analyser l’expression génique ; de quantifier les banques de séquençage à haut débit (NGS) et bien d’autres choses encore.

La PCR en point final, ou PCR classique, permet une analyse qualitative ou semi-quantitative tandis que la dPCR permet une quantification absolue, c’est ça la différence entre PCR et PCR digitale. La PCR digitale est plus rapide, plus précise et reproductible, elle permet le multiplexage, mais nécessite également un investissement initial plus important.

Les avantages de la PCR digitale sont notamment la quantification absolue de cibles sans courbes d’étalonnage ou de référence, une grande tolérance aux inhibiteurs de PCR, une grande précision indispensable pour détecter les changements de moindre ampleur, une sensibilité élevée, une limite de détection basse et une reproductibilité importante, tout particulièrement d’un laboratoire à un autre.

L’inconvénient de la PCR digitale est une plage dynamique légèrement moins importante que pour la qPCR. Cette méthode n’est pas idéale pour les grands amplicons.

Le logiciel de l’instrument QIAcuity ne permet pas la lecture et le traitement d’une plaque sans film. Si vous voulez réaliser un cycle à sec, utilisez une plaque scellée et configurez-la dans la QIAcuity Software Suite.

La précision de la PCR digitale varie selon les systèmes et applications de dPCR. Une étude comparative de la précision et de la sensibilité de la dPCR par rapport à la qPCR a démontré que la dPCR divisait par trois l’écart-type des réplicats. En termes de sensibilité de détection des mutations, la quantification avec la qPCR devient moins fiable à un taux de mutation de 10 % et à un taux de mutation de 0,1 % avec la dPCR.

On parle de PCR digitale parce qu’elle permet d’obtenir des résultats binaires marche/arrêt ou oui/non. Les dosages digitaux peuvent faire la distinction entre deux signaux seulement, pas plus. Ainsi, tout est noir ou blanc, il n’y a pas 50 nuances de gris. Pour la PCR digitale en particulier, le capteur fait la différence entre une fraction positive et une fraction négative et indique si oui ou non votre cible est présente dans la fraction.

Nos systèmes QIAcuity Digital PCR ont été développés sur la base d’une technologie reposant sur des nanoplaques, offrant des avantages signifiants par rapport à la technologie de PCR digitale en gouttelettes (ddPCR). Les fractions fixes intégrées dans la nanoplaque de la dPCR empêchent les variations de taille et de coalescence, contrairement à la méthode de la ddPCR. En outre, la mesure simultanée de toutes les fractions de l’échantillon en nanoplaques permet une lecture plus rapide. Les nanoplaques sont non seulement simples d’utilisation et faciles à pipetter, exactement comme dans la qPCR, mais aussi adaptées à l’automatisation frontale. Qui plus est, les nanoplaques bien scellées préviennent l’évaporation de l’échantillon et la contamination entre les puits. Le fractionnement, le thermocyclage et l’imagerie sont intégrés dans un instrument entièrement automatisé qui fournit des résultats en moins de deux heures contre plus de quatre heures pour d’autres systèmes de PCR digitale. De plus, des configurations évolutives et une capacité de multiplexage plus élevée permettent une adaptation facile de la PCR digitale QIAcuity à tous les types de laboratoires et d’applications. Grâce à la QIAcuity Software Suite, il est possible de concevoir des expériences de PCR digitale, de définir des échantillons et des mélanges réactionnels, de les attribuer à des nanoplaques et de les transférer à l’instrument QIAcuity. Après le cycle, vous pouvez analyser les données, créer des rapports et exporter les données pour les analyser à distance.

Le logiciel de l’instrument QIAcuity ne permet pas la lecture et le traitement d’une plaque sans film. Si vous voulez réaliser un cycle à sec, utilisez une plaque scellée et configurez-la dans la QIAcuity Software Suite.

Nos systèmes QIAcuity Digital PCR ont été développés sur la base d’une technologie reposant sur des nanoplaques, offrant des avantages signifiants par rapport à la technologie de PCR numérique en gouttelettes (ddPCR). Les partitions fixes intégrées dans la nanoplaque de la dPCR empêchent les variations de taille et de coalescence, contrairement à la méthode de la ddPCR. En outre, la mesure simultanée de toutes les parties de l’échantillon en nanoplaques permet une lecture plus rapide. Les nanoplaques sont non seulement simples d’utilisation et faciles à pipeter, exactement comme dans la qPCR, mais aussi adaptées à l’automatisation frontale. Qui plus est, les nanoplaques bien scellées préviennent l’évaporation de l’échantillon et la contamination entre les puits. Le partitionnement, le thermocyclage et l’imagerie sont intégrés dans un instrument entièrement automatisé qui fournit des résultats en moins de deux heures contre plus de quatre heures pour d’autres systèmes de PCR numérique. De plus, des configurations évolutives et une capacité de multiplexage plus élevée permettent une adaptation facile de la PCR numérique QIAcuity à tous les types de laboratoires et d’applications. Grâce à la QIAcuity Software Suite, il est possible de concevoir des expériences de PCR numérique, de définir des échantillons et des mélanges réactionnels, de les attribuer à des nanoplaques et de les transférer à l’instrument QIAcuity. Après le cycle, vous pouvez analyser les données, créer des rapports et exporter les données pour les analyser à distance.

Si vous utilisez l’instrument de dPCR QIAcuity Eight-plate, vous pouvez analyser jusqu’à 312 échantillons sur des nanoplaques à 24 puits et jusqu’à 1 248 échantillons sur des nanoplaques à 96 puits. Pour en savoir plus, cliquez ici.