dPCRとqPCRの選択 – 利点を調べて、研究目標に適しているか’確認してください
dPCRテクノロジーとqPCRテクノロジーを比較すると、主な違いは精度です。どちらも高感度で信頼性の高い核酸の検出と定量を提供しますが、2つのテクノロジーの主な違いは、アナログ無線を使用しているかデジタル無線を使用しているかで最もよく説明できるのだと、国立測定研究所の主任研究員Dr. Jim Huggettが述べています。「アナログ無線では、干渉が最小限で、目的のステーションに合うように、最初にダイヤルを微調整する必要があります。それでも、品質は受信に依存し、信号は静電気の干渉を受けます。それがqPCRです。信頼性はありますが、良い結果を得るには最適化が必要であり、それでも、バックグラウンドノイズに対処する必要があります。デジタル無線を使用すると、ステーションを呼び出すだけです。クリアな信号でステーションがあるかないかのどちらかです。後者はdPCRと同様に、正確なバイナリ結果を提供します。文字通りDNA分子の有無を数えます。結果の明瞭さと低いエラー率により、信じられないくらい高レベルの精度が得られます。デジタルPCRは、小さな量的差の測定に適しています。」
比較対照：qPCRとdPCR
| real-time PCR/qPCR | デジタルPCR |
|---|---|
| 定量的、相対的、または絶対的だが標準 曲線またはリファレンスサンプルが必要 |
定量的、絶対的および非標準または リファレンスが必要 |
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バルクPCR
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サンプル分割
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| 各サイクルでPCR増幅を測定 | PCRサイクル終了時に測定 |
| 1%を超える突然変異率検出率 | 突然変異率検出率≥0.1%（高い シグナル対ノイズ比） |
| 確立されたプロトコール | 高精度でラボ間の 高い再現性 |
いつ dPCR またはqPCRを使用しますか？
核酸定量に関連する分子生物学やゲノミクス研究に関して、科学者たちはしばしば、自分たちが岐路に立っていることに気づきます。研究目標を効率的に達成するために選択すべき定量技法は何か、より正確で堅実なデジタルPCR（dPCR）か、それともより標準化され、使い慣れた定量real-time PCR（qPCR）か。両テクノロジーには類似点がありますが、アプリケーションに依存して選択を行う利点と制限もあります。
アプリケーショングリッドに、いくつかの一般的なアプリケーションに対する各テクノロジーの適合性レベルを示します。
ドロップレットデジタルPCR（ddPCR）は、デジタルPCRの最も初期の形態の1つであり、上記アプリケーションのほとんどで、すでにqPCRを超える利点を提供できる可能性があります。ddPCRとqPCRの比較で、qPCRは広いダイナミックレンジを必要とするアプリケーションに適しており、ddPCRはより高い精度や分画の存在量分析が必要なアプリケーションに適しています。
ddPCRからナノプレートdPCRへの進化により、この技術の範囲はさらに広くなり、より多くのアプリケーションが含まれるようになりました。ナノプレートdPCRワークフローは、すべてのサンプルパーティションの同時読み取り、フロントエンドの自動化、qPCRのような容易なプレートセットアップにより、大幅に高速化されています。このスピードアップにより、精度、正確さ、感度を損なうことなく、スクリーニングやハイスループットのアプリケーションに適するようになりました。