GeneReader Platform

GeneReader は、複数のフローセル（1～4）を用いてバッチサイズにフレキシブルに対応することで、NGS ワークフローに新しい定義を与えました。この独創的なターンテーブルデザインにより、複数サンプルを個別、同時並行あるいは時間差を置いて配列決定できます（同時に40 サンプルまで）。ランダムアクセス、スケール変更に対応でき、費用効果性が高いので、シークエンサーに規定されることなく必要な時にサンプル処理ができます。GeneReader シークエンサーは完結型Sample-to-Insight ソリューションであるGeneReader NGS System の構成パートです。

GeneReader は、GeneRead QIAcube^® を用いてクローナル増幅したテンプレートに取り込まれた蛍光シグナルを同時並行に同定するシークエンシングケミストリーを統合した次世代シークエンシング（NGS）アプリケーションを行なうようにデザインされました。
GeneReader ソフトウェアは、シークエンシング・ランの設定、データ保存管理、ベースコール機能、FASTQ ファイルの作成をウィザード方式で実現します。
GeneReader はGeneReader NGS System の一部として検証されています。
GeneReader ワークフローは次の6 プロセス： シーケンス用プライマーのハイブリダイズ、フローセル準備、試薬調製、QCI Analyze 上での実験セットアップ、フローセルのローディング、ラン・スタート、実験後のメインテナンス用洗浄で構成されています。GeneReader シークエンシングケミストリーは、高い精度および費用効果のNGS ランを実現するユニークなターミネーター-dNTP を用いたSequencing-by-Synthesis（SBS）法を採用しています。
DNA ライブラリー調製後、GeneRead QIAcube を用いてクローナル増幅したDNA は、ビーズとスライド間の直接相互作用により固定化され、DNA シークエンシング用プライマーにアクセスされるようにGeneReader のフローセル上に高密度なアレイを形成します。除去可能な蛍光色素とターミネーターを有するユニークな設計のDNA 塩基を含む試薬とこのフラグメント・アレイを最初に反応させ、各ビーズの配列を読み取ります。これらの塩基は相補鎖上の塩基に従って合成されるDNA 鎖の末端に結合します。アレイは高解像度電子カメラによりスキャンされ、各アレイポジションでの４色の蛍光色素がそれぞれ測定され、記録されます。それぞれの色は、どの塩基（A, C, G, T）が前ステップのDNAフラグメント上に取り込まれたかを示しています。最後にアレイを蛍光色素及びターミネーターを除去する試薬と反応させ、その後、次の塩基が添加されます。このサイクルがGeneReader 上で繰り返されます。

GeneReader System は、GeneReader シークエンサー、ワークステーション、GeneReader ソフトウェア、キットやバッファーのバーコードをスキャンするためにワークステーションに接続した手持バーコードスキャナー（これらのデータはGeneReader ソフトウェアに自動的に取り込まれる）で構成されています。GeneReader ソフトウェアは、GeneReader パネル用に最適化されたワークフローで自動的に作動し、解析レポート（VCFファイル）を作成するQCI Analyze に即使用できる配列情報をFASTQ ファイルで提供します。

GeneReader は、GeneReader 専用のQIAGEN キットとご使用ください。