Enzymes, NGS, Caucasian female in wheelchair pipetting with a Black male and Asian female in background. Laboratory setting
분자 생물학용 효소

반응 클린업 및 수율 개선

훌륭한 관리자들은 닦고, 자르고, 다듬습니다

시약과 반응물이 남으면 다운스트림 과정을 방해할 수 있습니다. 다음 단계를 진행하기 전에 샘플을 정화하기 위해 올바른 효소 조제물을 사용하세요. 그다지 비밀이 아닌 몇 가지 첨가제를 사용하여 증폭 및 전사 속도를 높이고 품질을 향상하세요. 

절단과 잔여 시약 클린업을 위한 효소

엑소뉴클레아제 I, DNase I, RNase A, 프로테아제를 사용한 DNA 검체의 효소 클린업은 SNP 분석, 차세대 염기서열 분석, Sanger DNA 염기서열 분석 또는 기타 다운스트림 분석 전에 잔류 프라이머, 뉴클레오티드 및 효소를 제거합니다. 

TAGZyme DAPase 효소 및 TAGZyme 시스템은 내인적 DAPase 정지점을 포함하는 단백질(TAGZyme pQE-2 벡터를 사용하여 발현) 또는 조작된 글루타민 중단점을 포함하는 단백질에서 His-tag를 제거하는 데 사용됩니다.

효소   작용 응용
X8010L
Exonuclease I		 출시 예정 엑소뉴클레아제 I은 3’→5’ 방향으로 단일 가닥 DNA를
절단하여 5’-모노/디뉴클레오티드를 방출하고
이중 가닥 DNA 분자와 5’-종단점은
그대로 유지하며, 3’-종단 인산염의
존재에 의해 분해가 억제됨
  • SNP 분석 또는 Sanger DNA 염기서열 분석 전
    PCR 반응 시 단일 가닥 프라이머 제거
  • nested PCR 반응을 위한 단일 가닥 프라이머 제거
  • 선형 단일 가닥 DNA를 제거하여 샘플에 이중
    가닥 DNA만 남김
79254
RNase-free DNase
(1500 Kunitz units)
DNA를 비특이적으로 절단하여
5’-인산화 및 3’-수산화 말단을 가진 di-, tri-, 올리고뉴클레오티드 생성물을
방출하는 엔도뉴클레아제; ssDNA 및 dsDNA,
염색질 및 RNA:DNA 혼성체에 작용
  • RNA 클린업 및 농축 전 RNA 용액에
    포함된 DNA 제거
  • 단백질 샘플에서 DNA 제거
  • 라벨링 된 염기를 DNA에 통합하기 위한 첫 단계로 DNA에
    니킹(nicking) 하기
  • DNA-단백질 상호작용 분석(Footprinting 분석)
19101
RNase A
C와 U 잔기에서 ssRNA를 분해하는 리보핵산내부분해효소
  • 플라스미드 및 유전체 DNA 조제물에
    포함된 RNA 제거
  • 재조합 단백질 조제물에서 RNA 제거
  • DNA 또는 RNA에서 단일 염기 돌연변이 매핑
    (RNase 보호 분석)
19131
Proteinase K
QIAGEN Proteinase K는 부생 곰팡이인 Tritirachium album에서
분리한 subtilisin-type 프로테아제입니다
  • DNA 및 RNA 동정 절차에서 프로테아제 분해
  • Proteinase K는 높은 특이적 활성도를 가지고 있습니다. ; 광범위한
    온도와 pH 값에서 안정적이며, EDTA에 의해
    저해되지 않고, 짧은 분해 시간에 적합
19155
Protease
QIAGEN Protease는 재조합 바실러스 균주에서 분리한
세린 프로테아제로, Proteinase K의
경제적인 대체제입니다.		 다양한 출처의 천연 DNA 및 RNA를 분리하여
프로테아제 분해
34362
TAGzyme DAPase
Enyzme
TAGZyme DAPase (재조합 디펩티딜펩티다아제 I)
  • TAGZyme pQE 벡터를 사용하여 발현된 'stop poin'까지
    N-terminal His tag에서 순차적으로 디펩티드 제거
  • 다음을 위해 His-tag-free 단백질 생산:
    • 단백질 구조 결정
    • 치료용 단백질

수율 개선

증폭 및 염기서열 분석 반응에 DNA 결합 단백질을 사용하면 템플릿의 수율과 품질을 개선할 수 있습니다. 박테리오파지 T4의 32번 유전자 단백질(T4gp32)인 DNA 결합 단백질은 여러 가지 다양한 템플릿으로 PCR 증폭 효율을 높입니다. 또한, DNA 염기서열 분석 반응에 E. coli 단일 가닥 DNA 결합 단백질(SSB)을 사용하면 염기서열 분석 실행의 해상도를 높입니다.

RNA 조제물을 위한 반응 핵심 요소인 무기 피로인산가수분해효소(pyrophosphatase)로 처리하면 체외 전사 비율을 상승시킬 수 있습니다. 이 효소는 피로인산염을 두 개의 인산 분자로 분해하고, 피로인산염이 마그네슘과 침전하는 것을 방지합니다.

시약   작용 응용
Y9030L
E. coli ssDNA Binding
Protein		 출시 예정 단일 가닥 DNA에 높은 특이성으로 결합 ;
열 안전성
  • 프라이머 분리에 유용
  • PCR 특이성 향상에 유용
  • 문제가 있는 DNA 템플릿 염기서열
    분석 수행에 유용
Y9130L
T4 Gene 32 Protein		 출시 예정
 ssDNA 영역 안정화

일부 DNA 중합효소의 처리 능력(processivity) 향상
Y9380L
E. coli pyrophosphatase		 출시 예정
무기 피로인산염의 가수분해를 촉매하여
오르토인산염을 형성하는 무기 피로인산가수분해효소*
  • 전사 반응 시 RNA 수율 증가
  • DNA 복제 향상
Y9370L
Thermostable
pyrophosphatase		 출시 예정
 Thermostable pyrophosphatase는
무기 인산염의 가수분해를 촉매하여
오르토인산염을 생성하는 Sulfolobus acidocaldarius에서 유래한 재조합 효소†

PCR 진행 시 DNA 복제 향상에 유용

UDG 가닥 절단

UDG 매개 가닥 절단은 분자 생명공학에서 중요한 도구입니다. 디옥시우리딘의 단일 또는 다중 결합으로 화학적 또는 효소적으로 합성된 단일 및 이중 가닥 DNA에서 통제된 특정 위치 절단이 가능하도록 합니다. 

NGS 진행 전 인공물 제거
NGS 진행 전 인공물 제거
UDG 처리는 FFPE 종양 조직에서 uracil (deaminated cytosine) 인공물을 제거하고 차세대 염기서열 분석 전에 ancient DNA 에서 인공물을 줄입니다. 
PCR ‘캐리오버’ 오염 제거
PCR ‘캐리오버’ 오염 제거
열에 안정한 UDG는 1차 반응에서 dTTP를 dUTP로 대체하여 PCR 산물이 분해되기 쉬운 경우 PCR ‘캐리오버’를 제거합니다.
우라실 잔기에 갭 생성
우라실 잔기에 갭 생성
10x Uracil Cleavage System 효소 혼합물은 디옥시우리딘 잔기의 특정 위치에 단일 뉴클레오티드 갭을 생성할 수 있습니다.
UDG 처리는 염기서열 인공물을 줄이고, PCR carry over 를 제거하며, DNA에 특정한 갭을 생성합니다.
 효소   작용 응용

19160, G5010L
Uracil DNA
Glycosylase(UDG)

G5020L
Thermolabile UDG

 출시 예정
 Uracil DNA glycosylase (UDG)는 염기 절제 복구에 관여;
UDG는 우라실 함유 DNA에 무염기 부위를 형성;
우라실 함유 DNA 분해

  • DNA의 UDG 전처리는 차세대 염기서열 분석 및 다른 방법으로
    돌연변이 검출을 하는 동안 진짜 돌연변이 검출 능력에 영향을
    주지 않으면서 DNA 인공물을 감소시킴

  • FFPE 조제물에서 uracil (deaminated cytosine) 인공물
    제거

  • 열에 안정한 UDG는 1차 PCR 반응 혼합물에서
    dTTP를 dUTP로 대체할 때 PCR ‘캐리오버’
    오염을 제거

Y9180L
10X Uracil Cleavage
System		 출시 예정
 이 시스템은 Uracil DNA Glycosylase와 Endonuclease VIII의
두 가지 효소 성분으로 구성됩니다. 디옥시우라실이 포함된
합성 DNA 단편의 반응에 효소를 순차적으로 첨가하면
우라실 잔기가 있는 위치에 단일
뉴클레오티드 갭이 생성됩니다
  • 체외에서 효소적으로 우라실 뉴클레오티드 갭 생성
  • UDG는 RNA 기질에서 우라실을 절제하지 않는
    DNA 특이적 효소입니다. 디옥시우리딘 뉴클레오티드를
    올리고뉴클레오티드에 표적으로 결합하는 것은 DNA:RNA 혼성체에서
    DNA 절편 또는 DNA 템플릿의 특정 절단을 위해 효소
    시스템과 함께 사용할 수도 있습니다.
Y9080L
Endonuclease VIII		 출시 예정
 Endonuclease VIII은 N-glycosylase
(산화 염기 병변 절제에 의함)와 AP lyase(인산다이에스터
백본 순차적 절단에 의함)로 기능하며, 5’ 및 3’ 말단에
종단 인산염을 남김; 산화하여 생성된 DNA 손상의
염기 절제 복구에 참여 
  • 듀플렉스 DNA에서 손상된 피리미딘 절제
  • 단일 세포 젤 전기영동법(Comet 분석)을 통한
    DNA 손상 측정에 사용
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인공물 줄이기와 반응 클린업에 관한 FAQ

UDG와 엔도뉴클레아제를 처리하면 어떻게 DNA에 갭을 만드나요?

Uracil DNA Glycosylase는 우라실 염기를 인식한 다음 N-글리코사이드 결합을 절단하여 DNA에서 우라실을 제거하여, 결과적으로 무염기 부위(AP 부위) 형성합니다. 생체 내에서, UDG는 무염기 부위에 대한 친화력이 훨씬 높은 특이적 엔도뉴클레아제에 의해 대체될 때까지 AP 부위에 결합한 상태를 유지합니다. Endonuclease VIII 또는 Endonuclease III과 같은 효소는 AP 부위의 인산다이에스터 백본 3’ 및/또는 5’의 절단을 촉매하여 염기가 없는 디옥시리보스를 방출하여 단일 뉴클레오티드 갭을 형성하는 AP-lyase 활성을 갖습니다.

E. coli 단일 가닥 DNA 결합 단백질은 어떻게 DNA 수율을 개선하나요?

단일 가닥 DNA 결합 단백질(SSB)은 단일 가닥 DNA에 우선으로 결합하여 8-16개의 뉴클레오티드를 보호하는 네 개의 동일한 18.9kDa 소단위체로 구성된 사합체를 형성하지만, 이중 가닥 DNA에는 잘 결합하지 않습니다. 자연에서 SSB는 재조합 및 복구 기능뿐만 아니라 DNA 복제에도 참여합니다. 체외에서 SSB는 DNA 이차 구조를 완화하고 효소 처리 능력(processivity)을 향상함으로써 특정 DNA 중합효소 매개 반응을 자극하는 것으로 밝혀졌습니다.
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