Enzymes for Molecular Biology, NGS, Black male and female scientists looking at mobile device in a laboratory setting
分子生物学用酶试剂

实验和检测用酶试剂

酶使您能够发现蛋白质与 DNA 结合的位点,测定转录物丰度,揭示单碱基置换,绘制外显子图谱,显示细胞凋亡,以及测量细胞内的 DNA 损伤。 
DNase I 足迹法
DNase I 足迹法
  • 使用 DNase I 进行的酶足迹法可以识别并表征 DNA-蛋白质相互作用
  • 通过 DNase I 对具有独特末端标记的 DNA 片段进行部分酶消化产生片段梯形条带
  • 在变性丙烯酰胺凝胶上的迁移表示从末端标记到酶剪切点的距离 
  • 结合后的蛋白质会阻止 DNase I 的结合,并在剪切梯形条带中留下可见的“足迹”
使用 FRET 进行的 Exo III 足迹法
使用 FRET 进行的 Exo III 足迹法
  • DNA 结合蛋白靶标与 FRET 探针的两个蛋白结合位点结合
  • 物理阻碍保护 FRET 对免受 Exo III 的酶消化,从而产生高 FRET 信号
  • 在没有靶标蛋白的情况下,裸 FRET 探针被 Exo III 降解
  • FRET 对的接近度被破坏,从而产生低 FRET 信号
通过 DNA 断裂原位标记检测细胞凋亡
通过 DNA 断裂原位标记检测细胞凋亡
  • TUNEL 基于 TdT 的酶活性在任何游离 3’-OH DNA 末端催化长单链 DNA 尾部
  • ISEL 使用酶 Klenow 片段或 T7 DNA 聚合酶通过填充反应来标记突出的 5’ DNA 末端

基于 T7 DNA 聚合酶的 ISEL 比其他基于酶的原位方法更快且更简单,与 TUNEL 相比还具有能够在更早阶段识别凋亡细胞的额外优势。

碱性彗星试验(单细胞凝胶电泳)
碱性彗星试验(单细胞凝胶电泳)
  • 测量真核细胞的 DNA 损伤以及环境遗传毒性
  • 检测 DNA 链断裂和碱不稳定性位点

使用 Endonuclease VIII 进行酶消化可特异性检测发生改变的嘌呤,这些位置被酶转化为断裂点。

定位单碱基置换
定位单碱基置换
  • 通过 RNase A 酶剪切 RNA:DNA 异源双链中的单碱基错配检测碱基置换 
  • 将与野生型 DNA 互补的标记 RNA 探针退火,用于检测含有疑似单碱基置换的 DNA 
  • 利用 Rnase A 剪切产生的单碱基错配
  • 通过凝胶电泳分析酶剪切产物的大小来确定错配的位置
测量和表征转录物
测量和表征转录物

使用核糖核酸酶保护实验测定转录物丰度并绘制 mRNA 末端以及内含子/外显子边界

  • 使用标记的反义探针与溶液中的 RNA 杂交
  • 使用 RNase A 消化总 RNA 以去除未杂交的物质
  • 沉淀所得材料并在变性聚丙烯酰胺凝胶上分离
  • 转移到膜上进行非同位素探针检测和进一步分析

酶试剂具有合成或消化核酸、在特定位点剪切核酸或从链上切除单个碱基的能力,这使得应用这些酶属性通过检测、实验和分析来回答问题成为可能。

酶试剂   活性 检测方案
79254
RNase-free DNase
(1500 Kunitz units)

非特异性剪切 DNA 以释放带有 5’-磷酸化
和 3’-羟基化末端的二核苷酸、三核苷酸和寡核苷酸产物
的核酸内切酶;作用于 ssDNA 和 dsDNA、染色质
以及 RNA:DNA 杂合体
DNA-蛋白质相互作用分析(DNA 结合蛋白的
足迹法检测)
X8020L
Exonuclease III
即将推出 以 3’→5’
方向从双链 DNA 中切除碱基的核酸外切酶
DNA-蛋白质相互作用分析 
(DNA 结合蛋白的足迹法检测)
19101
RNase A

在 C 和 U 残基处降解 ssRNA 的核糖核酸内切酶
  • 测定相对或绝对转录物丰度
  • 绘制 mRNA 末端和内含子/外显子边界
    (RNase 保护实验)
  • 通过在 RNA:DNA 杂合体中的单个碱基错配处
    剪切来绘制 DNA 或 RNA 中的单碱基突变
P7260L
T7 DNA Polymerase
即将推出  具有高合成速率和复制
保真度的 DNA 聚合酶;具有聚合酶结构域和
持续合成因子(E. coli 硫氧还蛋白)的双亚基蛋白
 DNA 损伤原位标记(细胞凋亡检测)
Y9080L
Endonuclease VIII
即将推出 Endonuclease VIII 作为 N-糖苷酶
(通过切除氧化性碱基损伤)和 AP 裂解酶(通过
随后剪切磷酸二酯主链)发挥作用,在 5’ 和 3’ 端
留下末端磷酸盐;参与氧化产生的 DNA 损伤的碱基
切除修复
通过单细胞凝胶
电泳(彗星试验)测量 DNA 损伤
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T7 DNA 聚合酶在分子生物学领域有什么作用?

T7 DNA 聚合酶本身具有低持续合成能力。它在掺入 <15 nt 后与引物–模板分离。感染 E. coli 后,T7 噬菌体附着至宿主蛋白硫氧还蛋白,作为其持续合成因子发挥作用。T7 DNA 聚合酶和硫氧还蛋白以一对一复合体形式结合,硫氧还蛋白与 T7 DNA 聚合酶的结合使聚合酶与引物–模板的特异性亲和力增加 80 倍。对引物–模板亲和力增加的结果是 T7 DNA 聚合酶能够将单链 DNA 上的引物延伸数千个核苷酸而不发生解离,从而允许连续合成长链 DNA。T7 DNA 聚合酶可用于通过去除残留的基因组 DNA 来纯化共价闭合环状 DNA 以及合成互补的 cDNA 链。 

另一个应用是通过标记双链 DNA 中存在的缺口来原位检测凋亡片段化 DNA。T7 DNA 聚合酶的高持续合成能力、强大的 3’→5’ 核酸外切酶活性以及耐受各种标记的三磷酸核苷的能力是应用于 DNA 损伤原位标记的最重要的特征。

什么是彗星试验?为什么它很重要?

体内彗星试验是一项符合 OECD 试验指南的既定遗传毒性试验。其标准形式能够检测 DNA 损伤,例如链断裂和碱不稳定性位点。通过在实验中包括额外的步骤,例如将 DNA 与损伤特异性酶一起孵育,可以提供关于 DNA 损伤的特定性质的重要信息。

修复实验的大多数应用都是在人体生物监测领域。人类每天都会接触到职业和环境中的致突变和致癌化合物。就职业接触而言,人们在一些工作中会接触到遗传毒性/致突变化合物,例如杀虫剂、染发剂、甲醛、抗肿瘤药物、有机溶剂等。

彗星试验技术基于单个拟核(细胞裂解和组蛋白剥离后附着在核基质上的 DNA)的电泳提供了彗星状图像,其尾部的强度取决于断裂的频率,而断裂可以放松超螺旋并允许包含断裂的 DNA 环发生迁移。使用损伤特异性核酸内切酶消化拟核可以允许检测不同的 DNA 损伤。

为什么在彗星试验中使用 Endonuclease VIII?

来自 E. coli 的 Endonuclease VIII (Endo VIII) 负责去除各种氧化损伤嘧啶碱基,包括胸腺嘧啶的辐射分解产物,例如胸腺嘧啶二醇和尿素。在彗星试验中使用这种酶来提示此类 DNA 损伤。Endo VIII 在碱基切除修复 (BER) 途径中发挥作用,并催化 N-糖苷键的水解(N-糖苷酶活性)。作为其结果,形成了修饰的游离碱和无嘌呤/无嘧啶 (AP) 位点。通过 β, δ-消除(AP 裂解酶活性)进行随后的 AP 位点剪切,并产生单链 DNA 断裂。该试验能够检测到断裂并确定病变。

使用 Endo VIII 进行的 DNase I 足迹法分析能够显示蛋白质与 DNA 的结合,其接触位点主要位于含损伤的链上。

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