Sample to Insight workflow
Mikroorganismen und Mikrobiom

„Sample to Insight“-Workflow

Erstellen Sie Ihren kompletten Workflow für die Mikrobiomforschung

In der Mikrobiomforschung müssen Proben unterschiedlicher Herkunft analysiert werden, die sehr verschieden und oftmals stark kontaminiert sind. Daher kann es schwierig sein, zuverlässige und vertrauenswürdige Ergebnisse zu erhalten. Damit Sie die bestmöglichen Erkenntnisse über Ihre Mikrobiomprobe erlangen oder spezifische mikrobielle Ziele in Ihrer Probe nachweisen können, haben wir einen umfassenden Workflow entwickelt. Von Probenaufschluss und Nukleinsäurepräparation bis zur Sequenzanalyse mittels NGS oder Quantifizierung mittels digitaler PCR – erkunden Sie die nachstehenden Abschnitte und finden Sie eine geeignete Lösung für jeden Schritt des Mikrobiom-Workflows.

Diagram regarding microbiome samples on light blue background
Unser Team hilft Ihnen gerne weiter
Sprechen Sie uns gerne an, wenn Sie Fragen zum Workflow und zu unseren Produkten haben.
AllPrep PowerFecal Pro DNA RNA workflow

Bei der Entnahme einer Stuhlprobe reagieren die darin enthaltenen Nukleinsäuren und Mikroorganismen auf jede Variation des Sauerstoff- oder Wassergehalts oder der Temperatur. In Kombination mit einer übermäßig langen Lagerungsdauer vor der Nukleinsäureextraktion kann dies zum Anstieg und Abfall des Anteils bestimmter Spezies und zu einer Änderung der mikrobiellen Zusammensetzung führen.

Um möglichst genaue Erkenntnisse über Ihre Probe zu gewinnen, ist die Stabilisierung der Mikroorganismen und ihrer Nukleinsäuren daher ein wesentlicher Schritt. Unsere Lösungen zum Schutz der DNA/RNA halten Ihre Proben intakt und bewahren die mikrobielle Integrität.

Entdecken Sie Produkte zur Stabilisierung von Mikrobiomproben

PowerProtect DNA/RNA
sample collection stabilization rna
PowerProtect DNA/RNA
For stabilization and preservation of the microbial community profile and expression profile in stool samples over time
Powerlyzer_Tissuelyzer_II

Mikrobielle Proben enthalten oftmals komplexe Mischungen aus Mikroorganismen, ihren stabilen Zellwänden und Stoffwechselprodukten sowie anderen biotischen und abiotischen Molekülen. All diese Komponenten können verschiedene extrazelluläre Polymere sein und sind damit hoch divers. Diese Komplexität und Stabilität machen die Lyse mikrobieller Proben zu einer gewissen Herausforderung.

Um einen effizienten Aufschluss zu gewährleisten, ist eine mechanische Homogenisierung unabdingbar. Sie verhindert das Einbringen systematischer Messabweichungen in den Analyse-Workflow.

Mikrobielle Proben in 96-Well-Platten

Wie lassen sich schwierige Proben in einer 96-Well-Platte lysieren? Wie sollten überschüssige Beads entfernt und Platten versiegelt werden, um Leckagen und Kreuzkontaminationen zu vermeiden? Sehen Sie sich das Video an und finden Sie es heraus.

PowerBead Pro-Platten sind Teil der neuen Pro Kit-Technologie von QIAGEN. Mit einem verbesserten Bead-Beating-Prozess für den TissueLyser II bieten sie eine effiziente Hochdurchsatz-Methode zur Lyse von Bakterien und Pilzen. Sie eignen sich für die Isolierung von mikrobieller genomischer DNA aus allen Boden- und Stuhltypen und sind im DNeasy 96 PowerSoil Pro Kit enthalten.

Entdecken Sie Aufschluss- und Homogenisierungsprodukte für den Aufschluss von Mikrobiomproben

Vortex Adapters
instruments and automation accessories
Vortex Adapters
For maximizing homogenization with the Vortex-Genie 2 Vortex
Human biomedical research

Proben aus verschiedenen Quellen bringen einzigartige Herausforderungen mit sich, die auf ihre spezifische physikalische, chemische und mikrobielle Komposition sowie die enthaltenen Substanzen zurückzuführen sind. Aus diesem Grund sind unsere Kits zur Probenvorbereitung für die humanbiomedizinische Forschung für bestimmte Probentypen wie Darmgewebe, Stuhl, Abstriche und andere optimiert.

Darüber hinaus werden Inhibitoren während der Aufreinigung durch die patentierte Inhibitor Removal Technology® (IRT) entfernt. Das Ergebnis ist eine hohe Ausbeute an reinen Nukleinsäuren, die auch in anspruchsvollen nachgelagerten Anwendungen genutzt werden können.

Vorbereitung humanbiomedizinischer Proben – Highlights

DNA-Aufreinigung aus Stuhlproben
Das QIAamp PowerFecal Pro DNA Kit entfernt hartnäckige Inhibitoren und liefert saubere, sofort nutzbare DNA für jede nachgeschaltete Anwendung. Die DNA-Vorbereitung kann entweder manuell oder automatisiert mit QIAcube Connect durchgeführt werden.
Automatisierte DNA-Aufreinigung aus Stuhlproben mit QIAsymphony
Das QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit ermöglicht eine automatisierte, zeitsparende und standardisierte Extraktion inhibitorfreier DNA aus Stuhl- und Bodenproben. Das Kit ist für 192 Proben mit einer kontinuierlicher Prozessierung von 24 Proben pro Charge auf dem QIAsymphony System ausgelegt.
Automatisierte DNA-Aufreinigung von Stuhlproben auf dem QIAcube HT
Das DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit dient der einfachen, vollautomatischen Aufreinigung hochwertiger genomischer DNA aus Stuhlproben mittels QIAcube HT zur gleichzeitigen Verarbeitung von 24–96 Proben.
Aufreinigung von DNA aus Abstrichen und Körperflüssigkeiten
Das QIAamp DNA Microbiome Kit erleichtert die effektive Abreicherung von Wirts-DNA während des Aufreinigungsprozesses und maximiert die bakterielle DNA-Abdeckung bei NGS-Analysen.
RNA-Aufreinigung aus kontaminierten Proben

Mit dem RNeasy Powerfecal Pro Kit können Sie Gesamt-RNA aus Stuhl-, Schlamm- und Abwasserproben isolieren, die in der Regel hohe Konzentrationen an PCR-Inhibitoren enthalten. Das Kit arbeitet mit der Inhibitor Removal Technology der zweiten Generation, um Ihnen hohe Ausbeuten an reiner RNA bereitzustellen

RNA-Aufreinigung aus Biofilmproben
Bewältigen Sie ineffiziente Zelllysen mit dem RNeasy PowerBiofilm Kit. Durch die Kombination von mechanischer und chemischer Lyse mit der Inhibitor Removal Technology wird reine, inhibitorfreie RNA isoliert. Die so gewonnene RNA ist dann für weitere Analysen mit nachgeschalteten Anwendungen bereit.
Aufreinigung von DNA und RNA aus Stuhlproben
Das AllPrep PowerFecal DNA/RNA Kit und das AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA Kit ermöglichen die gleichzeitige Isolierung von DNA und RNA in separaten Eluaten aus einer Probe. Das Kit ist für Metagenom- und Metatranskriptom-Analysen mittels Next Generation Sequencing optimiert.
Aufreinigung viraler und bakterieller DNA und RNA aus Stuhlproben
Das AllPrep PowerViral DNA/RNA Kit wurde für die rasche und einfache Aufreinigung von viralen und bakteriellen Nukleinsäuren entwickelt – sogar aus Proben mit hohen Konzentrationen an PCR-Inhibitoren. Das Ergebnis ist virale und bakterielle DNA und RNA, die in den anspruchsvollsten nachgeschalteten Anwendungen genutzt werden können.
RNA-Aufreinigung aus Stuhl und Darmmaterial
Das RNeasy PowerMicrobiome Kit wurde für die Aufreinigung von Gesamt-RNA aus Stuhl, getrockneten Fäkalien, Darmmaterial, kontaminierten Wangenabstrichen und Sekreten entwickelt und isoliert RNA, die für die Nutzung in anspruchsvollen nachgeschalteten Anwendungen zur Verfügung steht.

Entdecken Sie Produkte zur Vorbereitung mikrobieller Humanproben

QIAamp PowerFecal Pro DNA Kits
dna purification genomic dna
QIAamp PowerFecal Pro DNA Kits
For the isolation of microbial DNA from stool and gut samples
DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit
dna purification genomic dna
DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit
For the isolation of microbial genomic DNA from soil and stool on the QIAcube HT
QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit
dna purification microbial dna
QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit
For the isolation of microbial genomic DNA from stool and soil on the QIAsymphony
AllPrep PowerViral DNA/RNA Kit
dna purification microbial dna
AllPrep PowerViral DNA/RNA Kit
For isolating viral or bacterial total nucleic acids from waste water and stool samples
AllPrep PowerFecal DNA/RNA Kit
dna rna purification multianalyte and virus
AllPrep PowerFecal DNA/RNA Kit
For simultaneous purification of genomic DNA and total RNA from stool samples
Rneasy PowerMicrobiome Kit
rna purification microbial rna
Rneasy PowerMicrobiome Kit
For the isolation of total RNA from stool and gut material
AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA Kit
dna rna purification multianalyte and virus
AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA Kit
For simultaneous purification of microbial DNA and total RNA from the same stool sample
RNeasy PowerFecal Pro Kit
rna purification microbial rna
RNeasy PowerFecal Pro Kit
For the isolation of microbial RNA from stool and gut samples, sludge, or wastewater
Sample preparation ENV AGR

Proben aus der Umwelt enthalten häufig komplexe Mischungen aus anorganischen und organischen Materialien wie Pflanzenmaterial, Insekten, Tierkot oder Mikroorganismen. Dies macht es außerordentlich schwierig, mikrobielle Umweltproben zu lysieren und zu bearbeiten.

Um zuverlässige Erkenntnisse zu gewinnen, sind unsere Probenvorbereitungskits für die Umwelt- und Agrarforschung für spezifische Probentypen wie Boden, Biofilm, (Ab)Wasser, Pflanzen und weitere optimiert.

Darüber hinaus werden Inhibitoren während der Aufreinigung durch die patentierte Inhibitor Removal Technology® (IRT) entfernt. Das Ergebnis ist eine hohe Ausbeute an reinen Nukleinsäuren, die auch in anspruchsvollen nachgelagerten Anwendungen genutzt werden können.

Vorbereitung von Umwelt- und Agrarproben – Highlights

DNA-Aufreinigung aus allen Bodenarten.
Das DNeasy PowerSoil Pro Kit isoliert eine hohe Ausbeute an reiner mikrobieller DNA aus allen Bodentypen, einschließlich Kompost, Ton und Mutterboden. Die DNA-Extraktion mit dem DNeasy PowerSoil Pro Kit kann automatisiert auf QIAcube Connect erfolgen.
DNA-Aufreinigung aus Bodenproben mit QIAcube HT
Das DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit ermöglicht die einfache, vollautomatische Aufreinigung von hochwertiger genomischer DNA aus Bodenproben. Mit dem QIAcube HT werden 24–96 Proben gleichzeitig bearbeitet.
DNA-Aufreinigung aus Wasser
Das DNeasy PowerWater Kit isoliert genomische DNA aus gefilterten Wasserproben, die frei von Salzen, Metallen, Huminstoffen und anderen organischen Materialien ist. Mit dem Kit kann selbst aus stark verunreinigtem Wasser hochwertige DNA isoliert werden. Die Aufreinigung kann auf dem QIAcube Connect automatisiert werden.
DNA-Aufreinigung aus Biofilmproben
Durch die Kombination von chemischen und mechanischen Lyseverfahren mit der patentierten Inhibitor Removal Technology (IRT) überwindet das DNeasy PowerBiofilm Kit die ineffiziente Zelllyse auch bei den schwierigsten Biofilmen. Die DNA-Aufreinigung mit diesem Kit kann auf dem QIAcube Connect automatisiert werden.
DNA-Aufreinigung aus pflanzlichen Zellen, Geweben und Samen
Das DNeasy Plant Pro Kit weist mehrere innovative Funktionen auf, die die Gewinnung hochwertiger DNA auch aus den schwierigsten Probentypen ermöglichen, darunter Erdbeerblätter, Weinblätter, Kiefernnadeln und verschiedene Samenarten. Das Kit kann auf dem QIAcube Connect automatisiert werden.
RNA-Aufreinigung aus Bodenproben
Mit dem RNeasy PowerSoil Total RNA Kit ist die Isolierung von Gesamt-RNA aus bis zu 2 Gramm Bodenmaterial ein Kinderspiel. Das Kit eignet sich für alle Bodenarten, vor allem aber für Proben mit einem hohen Gehalt an Huminstoffen wie Mist, Sediment und Kompost.
RNA-Aufreinigung aus gefilterten Wasserproben
RNA-Isolierung aus allen in Umweltwasserproben vorhandenen Mikroorganismen mit dem RNeasy PowerWater Kit. Das Kit isoliert RNA aus grampositiven und gramnegativen Bakterien, Algen und Pilzen. Die so gewonnene RNA kann dann in RT-PCR, qPCR, RNA-Seq und anderen nachgeschalteten Anwendungen genutzt werden.
RNA-Aufreinigung aus Biofilmproben
Optimieren Sie Ihre RNA-Isolierung mit dem RNeasy PowerBiofilm Kit. Die Kombination von mechanischer und chemischer Lyse mit der Inhibitor Removal Technology sorgt für eine effiziente Lyse und damit für die Isolierung reiner RNA, die frei von den für Biofilme typischen Inhibitoren ist. Die so gewonnene RNA ist dann für weitere Analysen mit nachgeschalteten Anwendungen bereit.
DNA-Aufreinigung mit unserem DNA-Isolierungsservice aus jeder Art von Probe
Mit dem DNA-Isolierungsservice von QIAGEN können Sie sicher sein, dass unsere jahrzehntelange Erfahrung in die Aufreinigung Ihrer Proben einfließt. Wir wählen das Kit aus, das sich für Ihre nachgeschaltete Anwendung am besten eignet. Es können Daten zur DNA-Quantifizierung und -Reinheit bereitgestellt werden.

Entdecken Sie Produkte für die Vorbereitung von Mikrobiomproben für die Umwelt- und Agrarforschung

DNeasy PowerSoil Pro Kits
dna purification microbial dna
DNeasy PowerSoil Pro Kits
For the isolation of microbial genomic DNA from all soil types
DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit
dna purification genomic dna
DNeasy 96 PowerSoil Pro QIAcube HT Kit
For the isolation of microbial genomic DNA from soil and stool on the QIAcube HT
RNeasy PowerSoil Total RNA Kit
rna purification microbial rna
RNeasy PowerSoil Total RNA Kit
For the isolation of high quality total RNA from all soil types
DNeasy PowerMax Soil Kit
dna purification microbial dna
DNeasy PowerMax Soil Kit
For the isolation of microbial DNA from large quantities of soil with low microbial load
DNeasy PowerLyzer PowerSoil Kit
dna purification microbial dna
DNeasy PowerLyzer PowerSoil Kit
For the bead-based isolation of DNA from tough soil microbes

Weniger manuelle Arbeitszeit dank automatisierter Probenvorbereitungssysteme

Die Probenvorbereitung ist ein wesentlicher Faktor für den Erfolg Ihres Mikrobiom-Workflows und dessen Reproduzierbarkeit. Wenn verschiedene Anwenderinnen und Anwender Nukleinsäuren aus Proben extrahieren, wächst die Wahrscheinlichkeit von Fehlern durch zahlreiche manuelle Interventionen. Dadurch kann es zu Variationen bei der Nukleinsäurequalität durch Abbau, Konzentration oder das Vorhandensein von Kontaminationen kommen, die Ihre Ergebnisse beeinträchtigen. Eine Möglichkeit, die Reproduzierbarkeit zu gewährleisten, ist daher die Automatisierung der Extraktion von Nukleinsäuren. Erfahren Sie mehr über die automatisierten Lösungen von QIAGEN für eine standardisierte und zuverlässige Probenvorbereitung.
QIAcube Connect
QIAcube Connect
Ermöglicht eine automatisierte, Spin-Säulen-basierte und über die QIAsphere App von außerhalb des Labors gesteuerte Nukleinsäureextraktion.
Näheres erfahren
QIAcube HT
QIAcube HT
Ermöglicht eine automatisierte Nukleinsäureaufreinigung im 96-Well-Format mit mittlerem bis hohem Durchsatz unter Einsatz der Silikamembran-Technologie.
Näheres erfahren
QIAsymphony SP
QIAsymphony SP
Ermöglicht eine vollautomatische Aufreinigung von DNA und RNA aus einer breiten Palette von mikrobiellen Proben mit verschiedenen Eingangsvolumen.
Näheres erfahren
EZ2 Connect
EZ2 Connect
Ermöglicht eine automatisierte Isolierung viraler Nukleinsäuren aus bis zu 24 Proben.
Näheres erfahren
Service für die DNA-Isolierung aus jeder Art von Probe
Von der Extraktion und Quantifizierung bis hin zu NGS und Analyse, unter Einsatz modernster Technologien.
Detektieren, identifizieren und quantifizieren Sie mikrobielle Ziele, Antibiotikaresistenz- oder Virulenzgene mit dPCR, qPCR oder NGS.

Gesamtgenom- und gezielte Sequenzanalyse mit Next Generation Sequencing

NGS analysis

Mit Next Generation Sequencing (NGS) ist es möglich, gleichzeitig tausende von Spezies innerhalb einer mikrobiellen Gemeinschaft zu analysieren. Damit hat das NGS die Art und Weise, wie wir das menschliche und das Umwelt-Mikrobiom untersuchen, komplett revolutioniert.

Die Auswahl der Reagenzien und Primer spielt eine große Rolle bei der Erstellung designierter NGS-Bibliotheken, um systematische Messabweichungen zu minimieren und die Lesetiefe zu maximieren. Um eine gleichmäßige Abdeckung und hohe Read-Qualität zu erreichen, bietet wir verschiedene Kits für die unterschiedlichsten Amplifikations- und Sequenzierungsbedingungen an.

NGS für Nachweis und Charakterisierung von Mikrobiomen und Mikroorganismen – Highlights

Metagenomische Shotgun-Sequenzierung
Das QIAseq FX DNA Library Prep Kit ist eine Komplettlösung, auf rein enzymatischer Basis für die Präparation von NGS-Bibliotheken für hochkomplexe DNA-Sequenzierungsanwendungen mit geringer systematischen GC-Messabweichung, hervorragender Coverage-Verteilung und geringer Duplikationsrate.
Gezielter NGS-Variantennachweis mit hoher Sensitivität
Detektieren und charakterisieren Sie mit den QIAseq xHYB Viral and Bacterial Panels verschiedene virale und bakterielle Ziele. Beseitigen Sie Daten-Engpässe und reduzieren Sie die Bearbeitungszeit dank der schnellen Datenanalyse und Varianteninterpretation.
16S/ITS-Profilierung
Die QIAseq 16S/ITS Region und QIAseq 16S/ITS Screening Panels bieten ein umfassendes und robustes Profiling von Bakterien- und Pilzgemeinschaften mit der Flexibilität, jede beliebige Kombination variabler 16S-Regionen von Bakterien und ITS-Regionen von Pilzen auf Illumina-Plattformen unter Einsatz von Phased Primern analysieren zu können
5S/16S/23S rRNA-Entfernung + Metatranskriptomik
Die QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kits entfernen die sehr häufig vorkommende bakterielle 5S/16S/23S rRNA aus Ihrer RNA-Seq-Bibliothek. Sie wurden für Proben komplexer mikrobieller Gemeinschaften entwickelt. Durch ihr überlegenes Verfahren ermöglichen die QIAseq Stranded RNA Library Kits die Erzeugung von Illumina-kompatiblen RNA-Seq-Bibliotheken aus Gesamt-RNA oder mit mRNA angereicherten Proben.
Genomische Dienstleistungen für die umfassende Erstellung der Profile von Bakterien- und Pilzgemeinschaften
Lassen Sie uns die Arbeit für Sie erledigen. Mit den 16S/ITS Microbiome Profiling Services können Sie rasch und sicher von herausfordernden Proben zu Erkenntnissen gelangen. Es kann jede Kombination von variablen 16S-Regionen und ITS-Regionen analysiert werden.

Entdecken Sie NGS-Produkte für die Mikrobiomforschung

QIAseq FX DNA Library Kit
next generation sequencing metagenomics
QIAseq FX DNA Library Kit
All-enzymatic whole genome and hybrid capture library preparation for Illumina instruments with minimal bias
Microbiome Profiling Service für anspruchsvolle Proben
Next Generation Sequencing und Analyse der 16S/ITS-Region mit Hilfe modernster Technologien.

Nachweis und Quantifizierung von Mikroorganismen mit digitaler PCR

Wenn mikrobielle Ziele in niedrigen Konzentrationen und in anspruchsvollen Proben enthalten sind, hat dies bisher ihre spezifische Detektion und Überwachung verhindert. Hier kommt die digitale PCR zum Einsatz:
Mit Ihrer hohen Präzision und Sensitivität ermöglicht sie nicht nur die Identifizierung eines breiten Spektrums an mikrobiellen Zielen wie Bakterien-, Pilz-, Parasiten-, Virus-, Antibiotikaresistenz- und Virulenzfaktorgenen aus verschiedensten Proben. Darüber hinaus erlaubt dPCR auch eine absolute Quantifizierung von Zielen, ohne dass Standardkurven benötigt werden.

Das neue dPCR Microbial DNA Detection Assay Portfolio:

  • Identifiziert > 680 Ziele
  • Kombiniert den Nachweis mikrobieller DNA und viraler RNA in einer Reaktion
  • Weist bis zu fünf Ziele pro Reaktion nach
  • Folgt einem einfachen und schnellen dPCR-Workflow in etwa zwei Stunden
QIAstat-Dx, QIAcuity, syndromic testing, digital PCR, dPCR, scan cartridge, Labworker handling the instrument, touch display, Julian Phillips, Amit Singh, Chaimae Safi, mask, wearing masks, labcoat
QIAcuity Digital PCR System
instruments and automation pcr instruments
QIAcuity Digital PCR System
Für digitale PCR-Anwendungen auf Nanoplattenbasis
ADNA, PCR plate, qPCR, adding DNA the colored MasterMix is turning from blue to green, visual control of correct pipetting, cat. no. 208054 QuantiNova SYBR Green PCR Kits (500), cat. no.208254 QuantiNova Probe PCR Kits (500) 05/2013, (PCR, Spin/Tube/Plate, Photography, Applications DNA (ADNA))

Spezifischer und sensitiver Nachweis von Mikroorganismen mit Real-time PCR

Beim Einsatz der Real-time PCR für die Identifizierung und das Profiling von Mikroorganismen sind zwei Elemente entscheidend: Sensitivität und Spezifität. Diese setzen einheitliche PCR-Effizienz und Amplifikationsbedingungen voraus. Unsere experimentell verifizierten qPCR-Assays für mikrobielle DNA ermöglichen Ihnen den Nachweis von Mikroorganismenspezies, Virulenzgenen oder Antibiotikaresistenzgenen mit einem einfachen qPCR-Workflow. Darüber hinaus können benutzerdefinierte Arrays zur Auswertung spezifischer Ziele von Interesse entwickelt werden.

Rotor-Gene Q
dna methylation methylation specific pcr
Rotor-Gene Q
For outstanding performance in real-time PCR
QIAamplifier 96
instruments and automation pcr instruments
QIAamplifier 96
For fast and high performance end-point PCR experiments in a 96-well format
Think outside the box
Komplexe mikrobielle Genomdaten verstehen

Nur mit gut strukturierten und eindeutigen Daten können Sie verstehen, was vor sich geht, und entsprechende Maßnahmen ergreifen. Das Volumen
und die Komplexität der Daten können jedoch überwältigend sein.

Aus diesem Grund gibt es QIAGEN CLC Genomics Workbench Premium, eine einfache und intuitive Bioinformatik-Plattform. Sie bietet verschiedene Tools und individuell anpassbare Workflows, um Ihnen den Sprung von Big Data zur Charakterisierung der Sie interessierenden Mikroorganismen zu erleichtern.

Entdecken Sie digitale Erkenntnisse für die Mikrobiomanalyse

QIAGEN CLC Genomics Workbench Professional
Für mikrobielles Profiling, Pathogen-Typisierung und Ausbruchsanalyse unter Einsatz modernster Bioinformatik
Erfahren Sie mehr
QIAGEN CLC Genomics Workbench
Für Analyse, Vergleich und Visualisierung von Next-Generation-Sequencing-Daten
Erfahren Sie mehr

Häufig gestellte Fragen zu Methoden der Mikrobiomforschung

Was versteht man unter 16S und ITS rRNA-Sequenzierung?

Die gängigste Methode zur Erstellung von Profilen mikrobieller Gemeinschaften ist die Sequenzierung des 16S ribosomalen RNA-Gens (rRNA) und der Internal Transcribed Spacer (ITS)-Regionen für Bakterien bzw. Pilze. Aufgrund ihrer universellen Verbreitung und ihres konservierten Charakters sind die 16S rRNA- und ITS-Gene gut etablierte genetische Marker, die zur Identifizierung und Klassifizierung von Bakterien und Pilzen genutzt werden.

Das 16S-rRNA-Gen umfasst sowohl äußerst konservierte als auch hypervariable Regionen. Die konservierten Regionen dienen als Primer-Bindungsstellen für die PCR-Amplifikation der variablen Regionen, und die variablen Regionen enthalten Sequenzen, die zur bakteriellen Identifizierung und Klassifizierung verwendet werden können.

Was versteht man unter metagenomischer Shotgun-Sequenzierung?

Im Gegensatz zur 16S rRNA- und ITS-Sequenzierung erfasst die metagenomische Shotgun-Sequenzierung das gesamte Genom aller in einer Probe vorhandenen Organismen.

Die metagenomische Shotgun-Sequenzierung erfasst die gesamten genetischen Informationen einer Probe; daher können die Daten für verschiedene Analysen genutzt werden, z. B. für die metagenomische Assemblierung und das Binning, die Erstellung von Stoffwechsel-Funktionsprofilen und die Erstellung von Genprofilen die Aufschluss über eine mögliche Antibiotikaresistenz geben.

Was ist Metatranskriptomik?

Die Metatranskriptomik untersucht das gesamte Genexpressionsprofil mikrobieller Gemeinschaften in natürlichen Lebensräumen. Sie ermöglicht die Quantifizierung der Genexpression und die Erfassung von deren Veränderungen als Reaktion auf verschiedene Bedingungen, z. B. die physiologischen und pathologischen Bedingungen in einem Organismus.