Adición de marcadores internos o marcajes en los extremos
Existen dos maneras de etiquetar ADN con enzimas: en los extremos o internamente a lo largo de la molécula. Los marcadores detectables tales como fluoróforos o nucleótidos modificados pueden ser introducidos mediante de la adición de grupos de 5’ y 3’ a través de la acción enzimática, y también mediante la introducción de marcadores internos a través de técnicas de incorporación directa o postetiquetado con una enzima adecuada.
Estrategias enzimáticas para añadir etiquetas a los ácidos nucleicos
Se requiere el marcaje por acción de una enzima en muchos estudios destinados a dilucidar las funciones y la dinámica de los ácidos nucleicos in vitro y en las células. Por cada sitio donde pueden añadirse nucleótidos marcados al ADN o ARN, hay una enzima adecuada que puede catalizar la adición.
| Enzima | Actividad | Acción de marcado | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Marcaje de extremos |
Incorporación directa |
Mediante primer aleatorio |
Etiqueta Gap | Nick translation | ||
| P7060L Klenow Fragment Próximamente |
ADN polimerasa con actividades de síntesis 5’→3’ |
✘ No | ✔ Sí | ✔ Sí | ✘ No | ✘ No |
| P7010 Klenow (3’→5’ exo-) |
ADN polimerasa con actividades de síntesis de 5’→3’ |
✔ Sí (ADNbc 3’) | ✔ Sí | ✔ Sí | ✘ No | ✘ No |
| P7260L T7 DNA polymerase Próximamente |
ADN polimerasa con actividad de síntesis de 5’→3’ y 3’→5’ en ADN de cadena sencilla, así como actividad exonucleasa para ADN de cadena doble. [La actividad de exonucleasa de ADN bicatenario requiere la presencia de tiorredoxina.] |
✔ Sí (ADNbc 5’) | ✔ Sí | ✘ No | ✔ Sí | ✘ No |
| P7050L DNA polymerase I |
ADN polimerasa con actividades de síntesis de 5’→3’ , 5’→3’ y exonucleasa 3’→5’ |
✘ No | ✘ No | ✘ No | ✘ No | ✔ Sí |
| RP810 TaqNova Stoffel DNA Polymerase BLIRT |
Derivados de Stoffel Fragment de ADN polimerasa Taq con una deficiencia de exonucleasa 5’→3’ |
✘ No | ✔ Sí | ✘ No | ✘ No | ✘ No |
| P7620L TaqIT DNA polymerase Próximamente |
TaqIT es un derivado con deficiencia de exonucleasa 5’→3’ de ADN polimerasa Taq (Stoffel) |
✘ No | ✔ Sí | ✘ No | ✘ No | ✘ No |
| P7070L Terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) Próximamente |
Cataliza la adición de dNTP al extremo de 3' hidroxilo de moléculas de ADN; extiende romos, salientes 5’, ADN de cadena sencilla y ARN. |
✔ Sí (ADNmc 3’) | ✘ No | ✘ No | ✘ No | ✘ No |
| P7180L T7 RNA polymerase Próximamente |
Sintetiza ARN en la dirección 5’→3’ fuera del molde de ADN |
✘ No | ✔ Sí (ARN) | ✘ No | ✘ No | ✘ No |
| P7460L Poly(A) polymerase Próximamente |
Cataliza la adición de AMP a partir de ATP a 3’ hidroxilo del ARN para ARN con adición de la cola de poli(A) |
✔ Sí (ARN 3’) | ✘ No | ✘ No | ✘ No | ✘ No |
| L6050L T4 RNA ligase 1 Próximamente |
Ligasas de moléculas de ARN y ADN de cadena sencilla |
3’ (ARN y ADNmc) | ✘ No | ✘ No | ✘ No | ✘ No |
| Y9040L T4 polynucleotide kinase (PNK) |
Cataliza la transferencia del γ-fosfato a partir de ATP al extremo 5´ de polinucleótidos o a mononucleótidos que llevan un grupo hidroxilo 5´ |
5’ (ADN de cadena sencilla, ADN de cadena doble y ARN) |
✘ No | ✘ No | ✘ No | ✘ No |
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Preguntas frecuentes sobre el marcaje de ácidos nucleicos
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